安政四年（1857年）十月二十六日，老中堀田正睦在接见汤森·哈里斯之后，命有司讨论是否可以缔结条约。与此同时，堀田正睦派人探听各地大名对签订条约的态度。安政四年十一月十二日，堀田正睦将与汤森·哈里斯的谈话记录给御三家和主要的谱代大名看，征求他们的意见。安政四年十一月十五日，德川幕府召开会议，向一般大名征求意见。德川齐昭修书给堀田正睦，洋洋数千言。信中不乏爱国之情，但措辞傲慢。老中们看完信后不知所云。鸟取藩藩主池田庆德和生身父亲德川齐昭所见略同，依然提倡攘夷论，主张拒绝汤森·哈里斯的要求。福井藩藩主松平春岳和德岛藩藩主、明石藩藩主等一改以前的观点，主张开国论。外样大名岛津齐彬等主张对外开放是迫不得已的选择。这时，有人主张：
缔结条约是天下大事，最好在奏请朝廷之后再实施。
德川幕府采纳了这一建议。一直以来，天下大事都是幕府独断专行，从不请示朝廷。这一变化值得注意。早在嘉永六年（1853年），井伊直弼就建议幕府应该奏明朝廷和外国打交道的事情。安政四年（1857年）十二月，幕府在任命井上清直、岩濑忠震为全权代表和汤森·哈里斯进行谈判的同时，命京都所司代胁坂宅安通过关白九条尚忠禀奏朝廷下述事宜：
第一，允许日本和美国通商，并允许美国派驻领事到日本，派驻领事的场所和期限另定。
第二，从开放的港口中去掉下田，另选其他地点。
此外，幕府还派特使到京都禀奏外交谈判的经过，同时回答朝廷提出的问题。
安政四年十一月十五日，德川幕府通知所有的大名：“允许和美国进行贸易、外交活动，改革旧制。”并让大名们进行讨论，提出建议。德川齐昭大肆抨击德川幕府做的上述决定，甚至主张斩杀汤森·哈里斯，让堀田正睦、松平忠固这两位老中剖腹自杀。幸好德川齐昭的儿子德川庆喜在场劝谏父亲，让父亲写了道歉信，才平息了这场风波。幕府特使上奏朝廷：(www.xing528.com)
幕府与汤森·哈里斯谈判并答应其部分要求并非仅因为美国船坚炮利，而是因为这是不可阻挡的世界大势。汤森·哈里斯蛮横无理，要求日本开放十个港口，我方据理力争，大大减少了其数量，绝不把京都对美国开放。经过谈判可以避免爆发战争。
孝明天皇
岩濑忠震
朝廷中的公卿闻报后议论纷纷，都指责美国包藏祸心，想通过通商的方式蛊惑日本人民，主张攘夷。孝明天皇闻报后担心美国人会染指畿内及京都地区，嘱咐德川幕府一定要禁止外国人接近京都。德川幕府考虑到要改变宽永年间以来的闭关锁国的祖宗之法，事关重大，需要借助朝廷的权威，加盖太政官[2]官印将与外国交往并通商之事昭告日本全国。早在安政二年（1855年），幕府老中阿部正弘决定采纳德川齐昭的建议将寺庙里的大钟改铸成大炮时，就奏请朝廷使用太政官官印。当时，井伊直弼不赞成幕府借用太政官官印，因为这有损幕府的权威。而今，朝廷以太政官官印为后盾，指责幕府独断专行，朝廷和幕府的关系开始恶化。在此期间，幕府特使井上清直和岩濑忠震与汤森·哈里斯的谈判进展顺利，安政五年（1858年）正月十二日，日美双方达成协议。然而，要在条约上签字必须得到日本朝廷的批准。于是，堀田正睦带着川路圣谟、岩濑忠震上京游说朝廷的公卿。安政五年正月十八日，朝廷终于下旨在条约上签字。
[1]踏绘制度，是德川幕府为了探明外国人是否是基督教教徒而发明的仪式，踏绘有背弃基督教的意思，德川幕府禁止基督教时曾下令让所有民众践踏基督教圣像，违抗者会被处刑。
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