日俄两国利害关系最密切。宽政年间以来，俄国就一直和日本打交道，想从日本捞取好处。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京听说马休·佩里来日本之后，到长崎要求日本优先和俄国缔结友好条约。然而，东欧形势发生突变，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京不得不半途而废回到俄国。结果，俄国在与日本缔结友好条约的进度上，落在了美国和英国的后面。
安政元年正月八日，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京离开长崎后去了上海。听说美国与日本签订《神奈川条约》后，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京于安政元年三月二十八日再次来到长崎。本来，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京和德川幕府的特使筒井政宪、川路圣谟约好，在长崎等二人的答复。然而，筒井政宪、川路圣谟没留下任何答复就回江户了。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京给筒井政宪、川路圣谟写了封信，并让水野忠德转交给筒井政宪、川路圣谟。之后，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京离开了长崎。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京的信中写道：
我将在安政元年六月在萨哈林岛等待幕府特使到来，就边界问题进行谈判。如果在这里等不到幕府特使，我就自己勘定边界，然后将结果通知日本政府。本来，我非常方便去江户进行边界谈判。然而，我尊重幕府特使的建议，在萨哈林岛等待幕府特使到来。
安政元年（1854年）三月，俄国已经与英国、法国断交，所以害怕被英法舰队消灭，不敢在长崎逗留，匆匆回到了萨哈林岛。安政元年五月左右，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京率领舰队来到了萨哈林岛，让副官给幕府特使筒井政宪、川路圣谟写了封信，托当地的日本官吏转交给筒井政宪、川路圣谟。这封信的内容是：
如果幕府特使不按照在长崎约好的时间来萨哈林岛，我将到离江户最近的港口进行最后的谈判。
安政元年秋天，俄国舰队在欧洲被英法舰队打得大败。安政元年九月，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京来到箱馆，写了一封信给幕府老中。安政元年九月二十八日，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京的这封信送到了江户，信中写道：
俄国与英法不和，我不得不离开日本海岸。不过，与英法的战事已经结束了，我马上去大阪，如果想在江户接见我，请尽快通知大阪。
安政元年九月十八日，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京率领舰队抵达大阪海面。京都、大阪的日本守军惊慌失措，误以为叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京要登陆攻打京都皇宫。大阪城代[2]土屋寅直苦思冥想退兵之策。大阪并非接待外国人的地方，土屋寅直急忙派人到江户请示德川幕府。德川幕府答复叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京说：“您可以来下田谈判。”
安政元年十月十五日，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京来到下田。德川幕府已经派筒井政宪、川路圣谟负责接待叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京。村垣范正考察虾夷地区结束，返回后也参加了会见叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京的仪式。当时，俄国正在和英法交战，英法舰队在东亚的海面上游弋。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京乘坐一艘军舰躲过了英法舰队的搜索，经日本的濑户内海来到下田。这时幕府特使还没到下田，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京所乘的军舰遇到海啸沉没了。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京一行如丧家之犬，登岸求助。停泊在下田的另一艘俄国军舰受损严重。日方也忙于救助下田的日本灾民。日方和叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京都决定中止谈判。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京请求德川幕府开放其他港口，让他修理军舰。德川幕府怜悯叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京的遭遇，答应选一个其他港口，但有的幕府官员指出：
我们担心叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京不喜欢下田港，希望日本开放其他良港，下田港已经对美国开放，再对俄国开放其他港口的话，其他国家会纷纷效仿，后患无穷。(www.xing528.com)
最终，德川幕府决定让俄国军舰在户田修理，这里修理船没有问题，但做港口不合适。然而，俄国军舰在中途又遇到暴风，军舰损坏严重，无法修理，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京一行到户田避难。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京并未绝望，虽然在异乡沦为难民，但在得到德川幕府的批准后开始在户田制造新的军舰，不出数月便建成了两艘军舰，可以回俄国了。当时，参与军舰制造的日本工匠学到了制造军舰的技术。
安政元年（1854年）十一月三日，幕府特使筒井政宪等在下田稻田寺和叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京就友好通商和勘定边界两个问题进行谈判。就友好通商问题而言，德川幕府以《神奈川条约》为基础与叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京谈判。就勘定边界问题而言，德川幕府主张择捉岛归日本所有，萨哈林岛以北纬50度为界，日俄各占一半。叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京一直要求日本与俄国通商。最终，德川幕府没有答应和俄国通商，只是签订了条约。日俄双方在边界谈判中没有取得一致意见，所以边界问题悬而未决。安政元年（1854年）十二月二十一日，日俄两国全权代表在下田长乐寺签订《日俄和亲通好条约》及其补充条文。其内容与《神奈川条约》基本相同，只不过日本对美国开放箱馆和下田两港，对俄国开放长崎和下田、箱馆。之后，安政三年（1856年）十一月十日，日俄在下田交换政府正式批准的条约文本。条约第六条规定：
在不得已的情况下，俄国可以在下田和箱馆设置官吏。
这一条规定在德川幕府内部引起了争论。《神奈川条约》中也有相似的内容，但是否派驻美国官吏并未确定，而在《日俄和亲通好条约》中派驻俄国官吏这一点几乎确定了。安政三年俄国就会派官吏到下田或者箱馆，这无异于引狼入室。筒井政宪、川路圣谟等就这一点事先没有请示德川幕府。阿部正弘看到这一条规定后大吃一惊，写信责成筒井政宪和叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京据理力争撤销这一条。当时，筒井政宪等已经离开下田前往户田参观叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京新制造的军舰去了。接到阿部正弘的信后，筒井政宪等并未遵命照办，而是于安政二年（1855年）正月三日回到江户，向老中们仔细汇报了与叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京签订条约的过程，并强调叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京态度强硬，在俄国派驻官吏这一问题上毫不让步。阿部正弘依然不肯答应，严令筒井政宪和川路圣谟删掉这一条。阿部正弘强烈反对俄国派驻官吏是考虑到政治上的因素。具体来说，德川齐昭强烈反对俄国派驻官吏。
安政二年二月二十三日，筒井政宪和叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京在户田就以下事宜进行了交涉：第一，就派驻俄国官吏一事而言，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京说已经将《日俄和亲通好条约》的文本托付给美国人送往俄国，已经无法变更了。看到筒井政宪很为难，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京表示如果其他国家不先派官吏，自己会派一个人回国要求俄国政府在这一点上做出让步。第二，就基督教问题而言，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京说：“我的使命中没有这项内容，恕我难以就此进行谈判。”结果，日俄双方交换了备忘录。日方在备忘录中指出：“幕府严禁在日本传播基督教。”叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京说：“俄国政府不干涉其他国家人民的信仰。”
安政二年（1855年）正月七日，美国使节亚当斯来日本与德川幕府交换《神奈川条约》的政府批准件，看到了叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京的窘状，和叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京达成了协议。不久，两名美国官员乘坐军舰来到下田，将留在户田的失魂落魄的一百五十名俄国士兵送回堪察加。安政二年三月五日，一艘法国船来到下田，获悉俄国士兵在户田后撤走了。在此期间，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京在户田建造的军舰已经竣工，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京于安政二年三月二十二日乘这艘军舰离开户田回俄国。离开之前，叶夫菲米·瓦西里耶维奇·普佳京写了一封信给幕府老中：
我在难中得到日方的帮助，深表感谢。俄国外交大臣听说此事后，让我表达对日方的谢意。为此，我们将留在下田的五十二门大炮赠送给日本。
[1]有司，指的是主管某部门的官吏。
[2]大阪城代，德川幕府的官职之一，是德川幕府在大阪城的代表，负责大阪城的城防，并统辖在大阪城值班的幕府役人。
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