司法鉴定实验室的管理是通过对鉴定过程的管理完成鉴定质量控制的。质量管理是通过过程管理完成的，过程是体系的基础。[29]从微观上看，实验室的质量控制涵盖检材的接收、移送、保存、实验室处理、分析结果的记录、残废材料的处理与保存、出具鉴定意见等一系列鉴定工作流程。从宏观上看，鉴定过程的产生过程主要分为鉴定人的信息输入、信息加工、推理、判断与决策四个阶段。其中涉及鉴定实验室的环节主要是信息输入和信息加工，而推理、判断与决策两个环节主要是由鉴定人通过对加工过的中间信息进行再处理，凭借自己的知识、技能、经验，形成最后的结论。实验室处理检材/样本的过程，就是将原始信息通过仪器转化成鉴定人可以识别、理解的中间信息的过程。例如，在是否酒驾的血液酒精测试中，血液中蕴含着酒精浓度的原始信息，但是任何人都无法直接获取该信息，必须借助仪器对原始信息解读，形成血液酒精含量的数值，再由人根据法律规定的血液酒精含量标准进行是否存在酒驾行为的判断。
我国在实验室行政管理上采用隶属于侦查机关的鉴定机构和面向社会服务的鉴定机构并行的管理模式。其中，侦查机关内设鉴定机构模式造成的“自侦自鉴”问题是我国学者争执了很久的热点问题之一。我国学者对“自侦自鉴”问题持有支持和反对两种截然相反的观点。郭华教授列举了支持自侦自鉴的原因及自侦自鉴的优点，其中包括：其一，在侦查初期确定犯罪嫌疑人的侦查活动中，往往需要经过多次鉴定；其二，数据库比对侦查活动提取的证据时，通过比对信息确认证据价值，如通过DNA 比对确认或者排除犯罪嫌疑人；其三，根据侦查活动的特点，内设鉴定机构在鉴定效率、鉴定成本上更为经济。[30]我国学者们对自侦自鉴的攻击主要集中在：其一，自侦自鉴违反了鉴定的中立性原则；其二，自侦自鉴在鉴定管理层面造成鉴定司法部和公安机关的双重管理，容易导致管理混乱、权责不明；其三，自侦自鉴混淆了鉴定与司法鉴定，侦查阶段的鉴定是侦查机关自行启动的鉴定，是针对案件中的专门性问题的侦查手段[31]，而司法鉴定应当由中立的第三方做出，这种鉴定意见才具有证据效力[32]。
美国的一些学者[33]主张实验室应脱离执法机构。但美国酒精烟草火器和爆炸物局的肯尼斯·梅尔森（Kenneth E.Melson）在以司法部的名义发言时公开反对这个建议，Meridith May 以国际警察主任协会的名义发表声明也强烈反对法庭科学实验室独立。同样，指纹分析、研究与技术科学工作组（Scientific Working Group on Friction Ridge Analysis，Study and Technology，SWGFAST）、美国酒精烟草火器和爆炸物局、国际警察主任协会都公开反对将实验室剥离出执法机关，创造私有化的检验实验室或剥离的实验室体系将只会产生购买鉴定结果的市场化气氛，与刑事调查工作完全隔绝的实验室可能更意味着商业上的成功，却远远满足不了执法调查的需要。[34](www.xing528.com)
我国的《司法鉴定管理决定》取消了审判机关内设的鉴定机构，但是没有取消侦查机关内设鉴定机构的权力。这么做究竟是为什么？有何利弊？如果要控制由于内设鉴定机构形成的偏见，应该采取哪些措施？这些是本节将要回答的问题。为了更全面地回答上述问题，首先简介欧美国家管理鉴定实验室的不同模式。
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