决议环节是重大行政决策集体讨论决定制度的重中之重，以何种形式形成最终的讨论决定意见，是集体讨论决定制度的核心内容，也是集体讨论决定制度的精华所在。从上述实践分析来看，由于对决议规则的理解不明，导致实践中重大行政决策集体讨论决定制度经常发生错位。一般而言，在这种制度中主要有三种决议方式，它们分别是一致决定制、多数决定制以及首长决定制。这其中，一致决定制是指在与会人员对重大行政决策方案进行集体讨论表决之后，与会人员需要形成一致意见，并且这个一致意见必须作为最终的处理意见。这种决议方式的优点是非常民主，可以尊重到每一个与会人员，但缺点也非常明显，即对一些事实清楚但不复杂的重大行政决策方案，与会人员可能会形成一致意见，但对一些争议较大且非常复杂的重大行政决策方案，与会人员可能会难以形成一致意见，继而造成决策非常低效。多数决定制是指在与会人员对重大行政决策方案集体讨论后进行集体讨论表决之后，以多数人意见作为最终的处理意见。这种决议方式的优点在于它体现了集体讨论、集体决定的本质，在实践中的适用最为广泛，但多数决定制不利于确定责任，在集体决定错误时，容易导致集体责任的落空，实践中这种例子非常多。首长决定制是指决策机关的主要负责人在听取与会人员对重大行政决策方案的集体讨论意见后，在尊重多数意见的基础上最终决定处理意见。这种决议方式与行政机关长期以来所施行的行政首长负责制相配套，在遵循行政权之效率性的基础上尽可能地实现行政权作出过程的民主化。我们以为，一致决定制是民主化的一种极端做法，不应当适用于重大行政决策的作出。多数决定制也不尽完美，现实中甚至可能出现难以形成多数意见的情形，继而影响重大行政决策作出的效率，耗时耗力，与设立重大行政决策集体讨论决定制度的核心价值相违背。因此，上述这两种做法都不宜优先考虑。相反，首长决定制较为科学合理，应当作为重大行政决策集体讨论决定制度的决议规则。具体而言，如果形成了多数意见，则决策机关负责人应当在尽可能地遵循多数意见的基础上作出决定。（决策机关负责人拟作出的决定与出席的会议组成人员多数人的意见不一致的，应当在会上说明理由）同时，为适应客观情形的多变性，如果集体讨论出现两种相反的意见，并且持两种意见的人数相同，或者集体讨论难以形成多数意见，那么应当径直以决策机关负责人所持的意见作为最终处理意见。[26]
事实上，近些年，最新出台的一些地方重大行政决策程序法律文本已经注意到了这一问题，基本上都对重大行政决策集体讨论决定制度的决议规则进行了详细的明确和厘清。比如，《南通市人民政府重大行政决策程序规定》（2017年）第27条规定：“决策方案草案经市政府分管领导审核同意后，由市长决定提交市政府常务会议或者全体会议讨论。”第28条规定：“重大行政决策按照民主集中制和行政首长负责制相结合的原则，实行集体审议制度。市长根据市政府常务会议或者市政府全体会议讨论情况，对决策方案草案作出同意、不同意、修改、暂缓或者再次讨论的决定……”《德州市重大行政决策程序规定》（2017年）第24条规定：“决策方案草案经集体讨论，由政府行政首长作出同意、不同意、原则同意并适当修改、暂缓或者再次讨论的决定……”另外，国务院向社会正式颁布的《重大行政决策程序暂行条例（征求意见稿）》（2017年）第31条也明确规定：“决策事项应当经决策机关常务会议或者全体会议讨论，由行政首长在集体讨论基础上作出决定。讨论决策事项，应当保证会议组成人员充分发表意见，行政首长最后发表意见。行政首长拟作出的决定与出席的会议组成人员多数人的意见不一致的，应当在会上说明理由……”(www.xing528.com)
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