接着,波斯军队向这次起义的始作俑者步步逼近。三支陆军从小亚细亚中部高原挥师而下,开始掠夺沿岸地区。第一支陆军接连洗劫了达达尼尔海峡和马尔马拉海沿岸各城市。第二支陆军从萨迪斯发兵进攻希腊联盟最中部的城镇,并攻占了库麦和克拉左美奈。多数伊奥尼亚人绝望地隔岸观火,不敢贸然发起第二次陆上进攻。第三支陆军进入卡里亚,但在连胜两场战争后,在佩达苏斯战役中,被卡里亚和米利都人彻底击败。佩达苏斯战役是阿里斯塔格拉斯仅有的一次胜利。然而,当时他已经完全丧失信心,对自己轻率发动的进攻深感绝望。阿里斯塔格拉斯召集所有米利都人,提议全体移居别处——正如四十年前他们的特奥斯和福西亚亲族所做的一样。虽然米利都人拒绝了该提议,但阿里斯塔格拉斯却执意保全自己。因此,他集合亲随和家仆,弃国而逃。正如特奥斯人在邻近阿布德拉的地方建立了新定居点一样,阿里斯塔格拉斯向色雷斯海岸航行,希望建立一个新的定居点。公元前497年,阿里斯塔格拉斯在米尔启诺司登陆,随即和自己的跟随者一起全部被蛮族伊多尼安人杀害,因为阿里斯塔格拉斯进犯了伊多尼安人的领地。
此次反抗行动的煽动者希斯提埃伊欧斯最终来到伊奥尼亚时,看到的就是这样的情形。希斯提埃伊欧斯对大流士一世的影响并不如他想象中的那样强大。叛乱爆发时,大流士一世也没有派他去镇压。疲惫不堪地度过三年后,叛军主力终于被打败。当时,在萨迪斯,大流士一世终于为希斯提埃伊欧斯找到了事情做。
来到萨迪斯后,希斯提埃伊欧斯的计划破产,成了总督阿尔塔弗涅斯嘲讽的对象。阿尔塔弗涅斯说道:“鞋子是你缝的,阿里斯塔格拉斯不过是借来穿上了而已。”阿尔塔弗涅斯对自己计划的了如指掌让希斯提埃伊欧斯惊恐不已。他逃到了希俄斯岛,加入了叛军。但他发现,作为一位前任僭主和大流士一世的亲信,自己深受怀疑。没有哪个城市愿意如他所愿将他推上领袖地位。希俄斯岛人甚至一度囚禁了他;米利都也不承认这位旧主。幸运的是,莱斯博斯岛人最终给了希斯提埃伊欧斯八艘船,允许他驶往达达尼尔海峡,并委派他重新组织当地城镇里的反抗活动,因为这些城镇又重新效忠旧主。希斯提埃伊欧斯没有去达达尼尔海峡,而是驻扎在拜占庭。他向过往博斯普鲁斯海峡的商船征收昂贵的通行费,不再热心攻打波斯人。(www.xing528.com)
与此同时,距离战争结束的日子越来越近。阿尔塔弗涅斯舍弃了所有小型城镇,集中所有陆上兵力攻打伊奥尼亚的心脏地区米利都。同时,一支强大的腓尼基人舰队在特里欧庇昂岬绕行,并在迈安德河口对面抛锚停下。在仍然怀有自信并对重获自治抱有一线希望的九个城市,伊奥尼亚人和伊奥利亚人联合起来发起了最后一搏。在米利都前的拉德小岛上,伊奥尼亚人和伊奥利亚人停泊的三百五十三艘三层浆战船与波斯帝国的六百艘大船对峙。让雅典人颜面扫地的是,在伊奥尼亚人和伊奥利亚人与波斯帝国殊死一战时,居然没有一艘雅典船去帮助他们的盟友。
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