目前，对于行政调解主体的理解，主要在以下三个问题上仍存在较大争议和模糊不清的地方：
（1） 关于行政调解的主体是否仅指行政机关。目前人们提到行政调解主体时，往往认为是行政机关，但实际上行政机关在行政法中是一个较为宽泛的概念。对于作为行政调解主体的 “行政机关”仅指狭义上的行政机关，还是包括其他具有法律、法规、规章授权的组织，并没有取得一致的意见。有的学者认为，行政调解主体是指国家行政机关，因为 “行政调解是行政机关基于行政管理的职责，是行政的决策、控制、协调、监督等职能的题中应有之义”，因此，行政调解就是行政机关依法履行职能的行为。[32]实践中，也有一些地方规章将行政调解规定为行政机关的活动，例如 《广州市行政调解规定》 第2条明确规定：“本规定所称行政调解，是指行政机关在职权范围内，以法律、法规、规章为依据，通过协调和劝导，促使各方当事人平等协商，自愿达成协议，解决争议纠纷的活动。” 另外一种观点认为，行政调解的主体不应限于国家行政机关，而应当扩大至行政主体，包括法律、法规授权的具有公共管理职能的组织。[33]这种观点也在诸多的地方规章中得到体现，有的明确规定行政调解，就是指 “行政机关或者法律、法规授权的组织（以下统称行政机关），根据法律、法规、规章的规定，通过协调和劝导，促使各方当事人自愿达成协议，解决纠纷的活动”，如 《辽宁省行政调解规定》；有的则规定实施行政调解的主体包括行政机关与法律、法规授权具有管理公共事务职能的组织，如 《北京市行政调解办法》 《贵阳市行政调解暂行规定》 《武汉市行政调解暂行办法》 等；还有的规章规定实施主体包括行政机关委托的执法机构，如 《邯郸市行政调解办法》。
（2） 具体负责调解工作的机构不明确，调解人员的专业化程度不足。一般来看，实践中实行 “谁主管、谁负责” 的原则，对行政调解进行规范的文件中，一般都规定由政府的法制办构具体负责本辖区行政调解工作的推进、指导、协调和监督，各个行政机关应确定具体的行政调解机构及行政调解人员，也就是 “由政府法制机构总体上负责、下级政府或部门进行配合” 的模式。(www.xing528.com)
如前所述，之所以强调行政调解作为化解民事纠纷的手段，主要原因之一是行政调解的专业性，诸如拆迁补偿、医疗事故、环境侵权等纠纷的处理都具有很强的专业性，对调解人员的专业技术能力提出了较高要求。然而，并非所有的行政机关都有专门的调解机构，有的机关设立了专门调解机构并配备了专业的调解人员，有的机关并没有，致使实践中当事人不知道应当向哪个具体部门申请调解；即使在配备了专门调解人员的机构，调解人员的素质也参差不齐。
（3） 调解主体的管辖模糊。对于行政调解的级别管辖，现有规定也存在许多不明确的地方。例如，实践中，有的案情复杂，有的案情简单，是否所有民事争议全部由纠纷发生地的基层主管机关管辖并无明确规定，当事人在选择行政调解的管辖机关上存在很大的随意性，如何确定行政调解的上下级分工是实践中需要解决的一个问题。在职能管辖方面，一般由具有管理权限的相关行政机关负责行政调解，如治安领域的调解由公安机关负责，商标权纠纷由工商行政管理部门负责。然而，当某一纠纷涉及多个领域时，由于缺乏明确的实体与程序规定，各部门会出现相互推诿的情形，导致行政调解无法实际进行。
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