论及专家作用时不少学者提及要建立利益回避制度，即如果咨询专家与咨询事务存在利益关联时，其应当主动回避。[34]这种回避制度的建立，是为了避免利益冲突，确保程序公正。这与行政程序中的回避制度类似，源于 “任何人不得作为自己案件的法官” 的正当程序要求。《国家药品审评专家管理办法》 第21条就规定，国家药品审评专家若系被审评药品的研制参与者、指导者或为研制单位的领导或参与了相同品种的研制开发等，该专家应主动向药品审评中心申明并在审评中回避。国家药品审评专家若与被审评药品的申报单位、个人有任何其他利害关系，以及存在可能影响到科学、公正审评的其他情况时，也应在审评中回避。
然而，专家咨询不同于行政过程。行政过程之所以要建立利益回避制度，主要是为了防止利益冲突，避免行政官员公私不分。行政回避制度建立的前提在于行政官员是纳税人供养的公共官员，其需要为所有人提供均等的公共服务。而专家不是公共官员，而是以其深厚的专业素养提供专业性服务的人员，其无需如公共官员一般遵守平等性的道德义务。要求其进行利益回避欠缺法理上的正当性依据。即使专家与所从事的咨询业务存在一定的利益关联，从技术理性的角度考虑，其专家身份也不应被剥夺。因为特定专家可能在该领域非常稀缺，或者其具有的专业知识无可替代，他的回避将大大降低咨询活动的专业理性质量。(www.xing528.com)
为了平衡专家咨询中的利益冲突和专家理性要求，应当建立如下制度：一是专家被聘用时的利益关联报告制度。即专家获聘进行某项专业咨询时，必须通过书面方式向管制机关提供是否存在与咨询事项存在利益关联的报告。二是利益冲突的认定与处理。接受了咨询专家的利益关联报告之后，行政机关要判断咨询专家与咨询事项存在的利益关联是否构成利益冲突。如果构成利益冲突，原则上该专家不应获聘参与专家咨询。但是，如在某些情形下，即使存在利益冲突，只要其在专业知识方面具有不可替代性，某些专家仍可能作为咨询专家。三是存在利益冲突的专家参与咨询的条件。这主要包括：①专业上的无可替代。存在利益冲突的专家在专业方面的价值超越了其所涉经济联系可能产生的利益冲突的危害；②利益冲突的声明与公告，即行政机关在任命该专家为咨询委员时，必须向其他专家和公众声明该专家存在的利益冲突情形；③任职限制，主要指存在利益冲突的专家不得担任专家咨询委员会的主席或合作主席。四是如果在某些领域，专家数量非常充分，利益回避不会影响专家咨询质量时，可以考虑利益回避制度。
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