“澳大利亚——鲑鱼案”与“美国——面筋案”涉及“特别法优于一般法”的不同适用，有学者提出，这可能违反了平等原则。[38]
上文提到，GATT和世贸组织专家组在适用司法节制原则时，其可能遵循着“特别法优于一般法”的法律适用方法来决定对哪一个问题适用司法节制原则。当专家组认定争议措施违反一项特别法之后，其可能不再审理争议措施是否还违反一项一般法。
同样是在“澳大利亚——鲑鱼案”中，在裁定争议措施违反《SPS协定》第5条第5款之后，专家组没有对这些措施是否还违反《SPS协定》第2条第3款第1句进行独立的调查。加拿大不满专家组在第2条第3款项下的诉讼请求上适用司法节制原则，于是对此提出上诉。[39]上诉机构发现，第5条第5款规定了关于风险评估和适当保护水平的具体权利义务，而第2条第3款则规定了一般的权利义务。由此可见，上诉机构认为，前者是一项特别法，而后者属于一项一般法。按照GATT以来的争端解决实践，专家组应当先审理争议措施是否违反《SPS协定》第5条第5款（特别法）；若已确认争议措施违反特别法，专家组可以考虑对第2条第3款（一般法）项下的诉讼请求适用司法节制原则。但是，专家组对这两个诉讼请求均未审理。根据《SPS协定》第5条第5款以及第2条第3款之间的关系，上诉机构认为，违反前者必然导致违反后者，但反之则不必然，但后者还规定了前者未规定的内容。因此，上诉机构认为，应当对争议措施是否违反《SPS协定》第2条第3款进行单独分析。由此认定专家组错误适用了司法节制原则。[40](www.xing528.com)
在“美国——面筋案”中，上诉机构的处理则有所不同。在该案中，欧共体认为，美国对从欧共体进口的面筋采取的最终保障措施违反了GATT和《保障措施协定》的若干条款。[41]在裁定美国采取的保障措施违反《保障措施协定》的第2条第1款和第4条第2款之后，专家组适用司法节制原则而不审理争议措施是否违反GATT 1994第19条第1款第1项以及《保障措施协定》第5条。[42]申诉方欧共体不满专家组在GATT 1994第19条第1款第1项上适用司法节制原则，于是对此提出上诉。[43]不难发现，《保障措施协定》第4条是关于“严重损害或严重损害威胁的确定”的特别规定，GATT 1994第19条则是关于保障措施的一般规定。在此情况下，前者是一项特别法，后者是一项一般法。但是，欧共体发现，后者（一般法）也规定了前者（特别法）所未规定的内容——关于“不能预见的情况”。尽管如此，上诉机构还是维持了专家组适用司法节制原则的裁决，因为其认为，在认定争议措施违反《保障措施协定》第2条第1款和第4条第2款之后，争议措施实际上已经没有合法依据。[44]
上述两个案件都涉及“特别法优于一般法”的运用。上诉机构对性质类似的案件作出了不同的裁决，虽然上诉机构和专家组确实没有遵循先例的义务，但是这个裁决的不一致性却与历年来上诉机构的实践不一致，对类似的案件作出不同的裁决，因此对不同案件当事方的公平待遇问题就由此而生。[45]
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