司法节制原则的不当适用，主要是指专家组或上诉机构对司法节制原则的适用违反了该原则的适用标准。若违反了强制性适用标准（尤其是目的标准），则实际上违反了《谅解》的规定，构成违法适用司法节制原则，在争端解决中通常被称为错误的司法节制（False Judicial Economy）。若只是违反了任意性适用标准，虽然未必违反《谅解》或其他世贸组织涵盖协定的明示规定，但是这种司法节制原则的适用或不适用则是不恰当的，除非专家组或上诉机构给出了如此行事的具有说服力的理由。总体而言，当不该用而用司法节制原则的时候，则是追求效率却忽视了公平；当该用而不用司法节制原则时，则可能违背了效率和公平这两个法的价值。
一般而言，“效率”是指“从一个给定的投入量中获得最大的产出，即以最少的资源消耗取得同样多的效果，或以同样的资源消耗取得最大的效果”。[1]公平，即正义、公正、公道，它往往“有着一张普洛透斯似的脸（a Protean face），变幻无常、随时可呈不同形状并具有极不相同的面貌”。[2]其中，有学者认为，正义是一种公正的体制。美国法学家庞德指出，正义意味着“一种体制，意味着对关系的调整和行为的安排”。[3]美国哲学家罗尔斯持有相同的观点。[4](www.xing528.com)
公平和效率都是法的重要价值。司法节制原则的适用体现的主要是对“效率”这一法的价值的追求。在世贸组织争端解决中，公平往往体现为争端解决这套机制。具体而言，即《谅解》中关于争端解决的各项规定。错误适用司法节制原则可能会导致争端不能得到完全解决，这就违反了《谅解》所规定的争端解决的目的，而专家组或者上诉机构也就没有遵循《谅解》所规定的职责。如果专家组或上诉机构错误适用司法节制原则，那么这就是过度追求效率而损害了公平（《谅解》所规定的争端解决机制）。此外，公平还意味着要符合平等原则，即同等情况同等对待，[5]司法节制原则的适用也应符合这一要求。下面将一一论述不当适用司法节制原则的各种表现。
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