1961年6月13日东姑宣布马来西亚联盟计划的构想后，印度尼西亚外交部长苏班德里奥 （Subandrio）曾公开声明印度尼西亚政府对这项计划没有兴趣。马来西亚计划提出时，印度尼西亚正忙于向荷兰讨回西伊里安领土，无暇他顾。在美国的斡旋下，1962年8月15日印度尼西亚与荷兰签订条约，结束了荷兰在西伊里安的统治。印度尼西亚总统苏加诺这才将注意力转向马来西亚计划。[98]
苏加诺曾推动了第三世界不结盟运动以及万隆会议的召开，成为区域内反殖民主义的代表。他认为马来西亚计划意味着西方殖民势力在区域内的复苏，作为英美军事要塞的新加坡更是对印度尼西亚构成直接威胁。此外，苏加诺有大印度尼西亚（Indonesia Raya）构想，这个构想涵盖了婆罗洲三邦。[99] 在这些因素的主导下，印度尼西亚宣布一系列对抗马来西亚计划的政策 （Konfrontasi）。1962年12月8日，反对马来西亚计划的文莱人民党发动军事政变，试图以武力推翻英殖民政府。东姑指责印度尼西亚在幕后支持文莱政变，两国关系交恶。1963年 4 月12日，印度尼西亚军队从加里曼丹越境攻打砂拉越边境打必禄（Tebedu）的警署，印马的政治对抗升级为边界上的游击战。1963年9月苏加诺扬言要用武力“粉碎马来西亚”（Ganyang Malaysia），[100]印度尼西亚的军事行动延伸至马来半岛和新加坡。
菲律宾政府也提出北婆罗洲的领土主权归菲律宾所有，理由是北婆罗洲曾是苏禄王国的领土。菲律宾媒体抨击东姑，批评马来西亚计划剥夺了菲律宾对北婆罗洲的主权，[101]菲律宾总统马卡巴加尔（Diosdado Macapagal）谴责这是延续殖民主义的做法。
1963年7月9日，在伦敦举行的马来西亚计划最后一轮谈判成功达成共识。马来亚、新加坡、砂拉越、北婆罗洲签署马来西亚条约。英国国会于1963年7月22日通过马来西亚法案，决定在1963年8月31日成立马来西亚。文莱代表最后没有签订马来西亚条约，主要是因为无法解决加入联合邦后文莱苏丹与其他九位苏丹权威高下的问题。另外，文莱苏丹也不想失去他对石油收入的支配权。[102]
为了消除印度尼西亚、菲律宾对马来西亚计划的反对，1963年8月5日，马来西亚、印度尼西亚以及菲律宾签署马尼拉宣言，成立马菲印区域组织（Maphilndo）。东姑，苏加诺以及马卡巴加尔议决上书给联合国秘书长吴丹（U Thant），请联合国派遣代表团调查婆罗地区的民意，以确保婆罗洲人民的意愿得到保障。
原定为1963年8月31日的马来西亚成立日延后，等待联合国代表团的调查报告。联合国组织九人调查团在8月15日至9月5日间，前往北婆罗洲和砂拉越多地了解民意。调查团于8月16日抵达古晋，8月27日自古晋到诗巫，两地都有成千上万的群众示威反对，在卫理中学更发生了警察与群众的冲突事件。[103]联合国调查团报告在9月14日公布，结果与柯波特报告类似，即大部分的婆罗洲人民支持马来西亚计划。(www.xing528.com)
1963年9月16日，四邦政治领袖同时分别在吉隆坡、新加坡、古晋、亚庇宣读马来西亚宣言。北婆罗洲恢复旧时的名称“沙巴”（Sabah），沙巴、砂拉越还有新加坡加入马来西亚。
图5-3 1963年9月16日，新加坡、砂拉越和沙巴分别宣誓加入马来西亚。
图片来源：《马来亚公报》（Federation of Malaya Official Year Book）
当天，印度尼西亚和菲律宾的大使撤离吉隆坡，印度尼西亚首都雅加达街头举行了声势浩大的游行示威，游行队伍除了向马来西亚大使递交抗议书外，还袭击英国驻印度尼西亚大使馆，焚烧英国国旗和大使的汽车，新加坡驻印度尼西亚使馆也遭到攻击。马来西亚政府宣布同印度尼西亚与菲律宾断绝外交关系。
马来西亚成立和马印对抗，进一步影响了马来西亚国内的局势，刺激了左翼政党对抗新生的马来西亚政府，影响了1964年的大选。
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