然而，英国人完全不采纳巫统之外的团体所提出的任何建议。1947年7月21日“马来亚联邦”白皮书公布，内容几乎和先前的宪政建议书一模一样，民情哗然。“全马联合行动理事会—人民力量中心”联盟仿效先前巫统反对马来亚联盟的模式，在新马各地举行示威游行，抗议马来亚联邦宪政建议书。他们在各大城市举行群众大会，展现各族群对《人民宪章》的支持。
1947年10月20日是英国国会辩论马来亚联邦宪政议案的日子，为了对英国施加压力，“全马联合行动理事会—人民力量中心”联盟在同一天号召新马全境城镇发动罢市（Hartal）。罢市取得空前成功，但是英国殖民政府将罢市归咎于马来亚共产党（MCP）渗透的共产主义作乱，在半岛境内实行大搜捕。最终，全马来亚职工总会被禁，工运支持者不得不转入地下，加入马共，民盟自动解散，马来国民党退出跨族群政治联盟，“全马联合行动理事会—人民力量中心”联盟瓦解，这表明马来亚第一个跨族群的联盟及其诉求无法为时代所接受，而英国对全马联合行动理事会的镇压更是促使左翼支持者转向马来亚共产党。
在一片争议声中，1948 年 1 月 21 日马来统治者和英国政府签署了“马来亚联邦”条约。“马来亚联邦”取代“马来亚联盟”，于1948 年 2 月 1 日成立，新加坡不在新的联邦中。新联邦的政府体制与战前的体制相近，但是新联邦是中央管制九个马来亚土邦、马六甲和槟榔屿。最高行政长官的称呼由“总督”改为“最高专员”（High Commission）。最高专员基本权利义务与先前的总督类似，要保护马来人的特殊利益，并维护苏丹的权威。苏丹恢复战前的地位，宗教权和马来传统权仍归苏丹管理。英国则控制马来亚的国防与外交。[24]
新的宪政体制设立了中央行政机构以及立法机构，机构委员由最高专员委任。立法机构有50名委员，包括马来人22名、华人14名和印度人7名。各州设立州行政议会，以州务大臣为行政首长，英国专员担任顾问。[25]马六甲和槟城由当地的英国专员担任行政首长。此外，马六甲、槟城以及吉隆坡设立地方议会，负责地方事宜，三地议会的议员一部分由英国专员委任，一部分由当地政党社团推荐。[26](www.xing528.com)
公民权的申请全面收紧，分成两类。第一类是自动取得公民权，第二类是通过申请而获得公民权。第一类人包括了全境的马来人，在马来亚出生的英籍民以及其他出生时父亲已是马来亚联邦公民的人。第二类申请者须符合多项条件：在马来亚出生，并在申请前15年中在马来亚至少住满10年；任何人在申请前20年中有15年居住在马来亚联邦；品行良好；马来语和英语水平达标。公民权条文承认马来亚是马来人的国家（Tanah Melayu），马来人是原住民，公民权只授予那些视马来亚为唯一家乡的人 。
有关公民权的规定对非马来人十分不利。据1947年人口统计，全国人口是490万（4,908,000），马来人有约240万（2,427,853），华人有约188万（1,884,647），印度人有约53万（535,092），其他族群有约60万（60,408）。[27]“马来亚联邦”宪制实施后两年，根据《马来亚年报：1950》估计，全国自动符合资格以及通过申请成为公民的有320万人，其中250万是马来人，华人只有50万，印度人以及其他族群只有23万。[28]由此可见，马来人基本都成为了公民，然而华人以及印度人有资格成为马来亚联邦公民的只占少数。实际上，非马来人社会，尤其是华人社会，除了左翼领袖以及海峡华人比较关注公民权议题外，大部分人还是希望保留双重国籍的身份。这一方面是由于华人的文化自豪感，另一方面也是为了便于经商。马来亚联邦实施后，大部分华人也不热衷申请公民权，直到1956年，林连玉促成“全马华团争取公民权大会”，华人社会才开始关注公民权运动。[29]
从“马来亚联盟”到“马来亚联邦”的演变，被视为是马来民族主义发展的分水岭。巫统所代表的单一族群政党模式之所以成功，一方面是因为满足了英国延续殖民统治的需要，另一方面也是英国殖民政策所造成的直接后果。马来民族主义的兴起，源于殖民者所传播的“马来民族”概念，这些概念从思想和文化上极大影响了马来知识分子和民众。[30]而去殖民化则促进了马来民族主义的发展和壮大。马来亚联邦更注重维护马来人利益，是巫统成立后取得的第一次重大政治胜利，这加强了巫统是马来人代表的身份，“巫统就是马来人，马来人就是巫统” 的观念深入人心，奠定了后来巫统长期主导马来西亚政治的基础。
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