作为海上丝绸之路的中心之一，马来半岛和婆罗洲也吸引了来自各国的移民，有些移民是匆匆过客，有些移民则在此生根，融入马来西亚的历史发展中。
1. 布吉斯人
布吉斯人是这一时期对马来西亚历史发展影响最大的移民群体，18世纪甚至被称为“布吉斯人时期”。[71]布吉斯人原来居住在苏拉威西岛西南部，随着荷兰人占领望加锡，布吉斯人的香料贸易和海盗行径受到遏制，他们开始四处迁徙，17世纪末他们进入马来半岛、苏门答腊、婆罗洲，据荷兰人的《吧城日志》记载，1680—1681年巴生河谷和雪兰莪河谷已有许多布吉斯人的居住点。[72]布吉斯人具有几个突出的特点，使他们得到马来诸王国苏丹的欢迎。一是他们的航海技术，布吉斯人早就航行在海上，能绘制航海地图，航海知识十分丰富；二是他们的经商能力，这与航海技术是联系在一起的，他们航行在群岛的贸易点进行交易，槟榔屿的英国殖民官莱特曾说：“他们是东北群岛中最好的商人……他们的货物价值非常高……所有的商业居民都盼望他们到来。”[73]三是他们的勇敢和作战能力，他们充当雇佣军，在战场上冲锋陷阵；他们也充当海盗，经常袭击爪哇海岸、苏门答腊和马来半岛。在马来统治者看来，如果招徕到布吉斯人进行经商和战斗，就能大大加强自己的政治、经济和军事实力。
1699年弑君事件后柔佛陷入内乱，出现三股势力，即廖内的吉斯尔王公，东海岸的阿卜杜勒 · 沙里尔苏丹和雪兰莪、林吉港的布吉斯人，三方争斗的结果，布吉斯人获胜，成为柔佛王国的实际主人，完全操纵柔佛的政治。其他布吉斯人在雪兰莪、林吉、巴生等地操纵政权，彼此之间战争不断，到18世纪中叶，上述地区被廖内的布吉斯人控制，1740年雪兰莪终于成为布吉斯人的国家，这标志着他们在马来半岛建立了稳固的势力基础，为他们控制柔佛提供了可靠的后方和兵源供应地，雪兰莪被视为副王（布吉斯人担任）的领地。尽管马来人视布吉斯人为外来者，没有统治的合法性，但“马来人是鳖脚的战士”[74]，加上他们四分五裂，内斗不止，完全不是布吉斯人的对手，只能听任布吉斯人的摆布。虽然18世纪50年代有几年布吉斯人被逐出柔佛权力核心，但1760年他们重新牢牢控制柔佛王权，“马来人在政府中不再有任何影响。”[75]布吉斯人的得势不仅引起马来人的嫉妒，也引起荷兰人的恐惧，他们视桀骜不驯的布吉斯人为一大威胁，竭力打击，柔佛苏丹也不能忍受自己处于“妻子”的地位，双方合作消除布吉斯人的控制，经过多次战争，荷兰人终于击败布吉斯人，1784年荷兰与柔佛苏丹签约，禁止布吉斯人担任副王，驱逐布吉斯人，此后布吉斯人对柔佛政治的影响减弱。
2. 米南加保人
米南加保人对马来半岛的政治经济也有较大影响。米南加保人来自苏门答腊，早在马六甲王国时已在此地定居，17世纪大量移入，改信伊斯兰教。[76]他们在马来半岛的居住点被称为“米兰陶（merantau）”，主要分布在森美兰，该地名义上是柔佛的属地，但米南加保人似乎对苏门答腊的故乡更加忠诚。18世纪末米南加保人发生激烈的权力斗争，在荷兰人的调解下，1785年艾哈迈德 · 伊卜尼 · 拉阇 · 帕扬成为苏丹，他是森美兰的第一位统治者，也就是说，米南加保人主导森美兰的局面终于确立。
3. 中国人(www.xing528.com)
华人也在这一时期移民马来半岛。马六甲王国时期华人已来此定居，据费信记载，马六甲“男女椎髻，身体黝黑，间有白者，唐人种也。”[77]华人与当地人通婚，形成峇峇华人，“间有白者”，就是他们的后代。葡萄牙人埃雷迪亚（G. de Eredia）1613年绘制马六甲城区图，标明中国村、漳州门和中国溪三处地名，即华人的聚居区，“一般认为，这三个地方在满剌加时期就已存在。”[78]但华人的数量没有记载。荷兰人占领马六甲后，急需重建该城，他们认为华人是最好的劳动力，因此，如果“能找到八百到一千个华人，那将是非常有用的。”1678年马六甲人口还是很少，华人只有426人，占总人口的8.7%，所以荷兰驻马六甲的总督博特强调，“这个地方必须要有大量的人口，特别是勤勉的中国人，以便可以继续必要的土地垦殖和其他交通与贸易。”[79] 到1750年，马六甲华人人口增长到2161人，大都是峇峇。[80]马六甲有青云亭和甲必丹管理华人事务，举凡宗教祭祀，排解华人争端，维护当地治安，沟通殖民当局与华人社会的关系，都由甲必丹出面。从葡属时期到1824年英殖民当局取消甲必丹制度，马六甲共存在13位甲必丹。[81]
马来半岛其他地方也有不少华人谋生。在吉兰丹的华人为数不少，“嘉靖（1522—1566年）末，海寇余众遁归于此，生聚至二千余人，行劫海中，商舶苦之。”[82]到18世纪末，随着金矿发现和胡椒种植，“中国至此者岁数百，闽人多居埔头（港口，即今哥达峇鲁），粤人多居山顶，山顶则淘取金砂，埔头则贩卖货物，及种植胡椒。”[83]国王设立华人甲必丹管理中国人，到埔头的外来人口先纳洋银一枚，居住在此一年者也要交纳丁口银，在山顶淘金要返回中国者，要到埔头交纳黄金一两，才能离开，年老者减半，如确实贫穷，甲必丹帮助陈情免除。丁加奴的华人主要从事种植胡椒，18世纪中叶该地胡椒园大多属于华人。柔佛也有不少华人，他们主要从事商业贸易。据英国人汉密尔顿（Alexander Hamilton）所见，“那些勤勉的人都是华人，他们居住在‘自己的’城镇里；在柔佛境内的华人约有千家，而且他们绝大多数经营着国际贸易。”[84]廖内的华人也从事槟榔种植业，18世纪末廖内有4000名潮州人和1000名闽南人。[85]同一时间，霹雳、雪兰莪的锡矿场也有为数众多的华人从事开采工作。莱特占领槟榔屿后，鼓励种植香料，一个华人从亚齐引进胡椒树苗，并种植成功。[86]以后，“闽粤到此种胡椒者万余人，每岁酿酒贩鸦片及开赌场者，榷税银十余万两。” [87]
同时婆罗洲也有华人进入，据西方人记载，“1520年葡萄牙人初抵婆罗洲时，当时文莱极为繁荣，沿岸地区华人居住极多，产业兴旺，中国帆船往来频繁。”[88]华人在婆罗洲从事胡椒种植，与当地妇女通婚。据杜逊族的传说，华人与当地妇女通婚，后代即为杜逊族，今日杜逊族也过农历新年，习俗一如中国，他们的服饰和水稻种植也同中国。
4.印度人和阿拉伯人
印度人和阿拉伯人也开始定居马来半岛。1678年马六甲的印度人（包括穆斯林和印度教徒）有547人，[89]一些印度人进入马来宫廷，担任王室商人、书记官或翻译。在一些地区尤其是吉打，“富有的印度人社团形成强有力的组织，他们的利益并不总是与统治者相一致。” [90]阿拉伯商人在马来半岛随着贸易的扩大而增多，17世纪阿拉伯人在马来半岛已有定居区，最受尊敬的是来自哈德拉毛的赛义德，他们由于是圣裔，又精通神圣的语言阿拉伯语，还有伊斯兰教方面的精深知识，因而获得广泛尊敬。他们主要定居在亚齐、吉打、马六甲、巴达维亚、爪哇北部沿海等地，马来统治者乐于将公主嫁给他们，18世纪末一位马来—阿拉伯混血的王子阿里甚至成为萨科的统治者。阿拉伯人的影响很大，荷兰驻马六甲的殖民官员认为阿拉伯人已渗入马来社会的各个角落，而且，按英国人的说法，阿拉伯人“不愿意服从任何权威……不论是好朋友还是危险的敌人。” [91]
外来移民不断进入和融入是马来西亚历史发展的重要特征之一。这一时期来自印度尼西亚群岛的布吉斯人和米南加保人因为信仰伊斯兰教，与马来人通婚，操马来语，渐渐融入马来社会。而华人、印度人和阿拉伯人也开始移入和定居，但人数较少，影响相对较小。
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