石器时代分为旧石器时代和新石器时代。旧石器时代是人类历史的开始，其特征是原始人使用“砍砸器”——粗制的石器，进行简单的采集和狩猎活动。新石器时代的特征是：（1）农耕；（2）家畜的驯养；（3）制陶术；（4）磨光石器。[2]
马来半岛和婆罗洲的石器遗址主要沿河流分布，吉兰丹河流域、霹雳河流域、彭亨河流域、雪兰莪河流域、砂拉越河流域都有发现，而且旧石器和新石器遗址往往相层叠。
马来半岛和婆罗洲发现的旧石器时代遗址极少。在霹雳州哥打淡边的淡边（Tampanian）遗址，考古学家发现了鹅卵石和石片工具，现在学者认为它们产生于大约3万年前。[3]1996年马来西亚考古学家马吉德在霹雳的吉拉克村（Gelok）发现简陋的石器，学界认为这些石器产生的年代大约是10万年前，[4]这一发现将马来半岛有人类活动的历史大大提前。在砂拉越尼河洞穴发现“砍砸器”与骨针和骨刀，年代为3万—4万年以前。[5]在沙巴的马代有一系列洞穴的露天遗址，出土有尖的或卵形的双面石片，以及经过简单加工的石片和石核，有些工具的年代在18000—7000年以前，有些不能确定年代。[6](www.xing528.com)
马来半岛和婆罗洲发现的新石器时代遗址稍多些。位于马来半岛的瓜克帕（Gua Kepah）发现有刃部磨光或整体磨光的有柄石斧，属新石器早期。[7]1930年在彭亨的双溪立卑发现巨大的石锛，在吉打的华铃发现较小的石锛，疑似木匠使用的工具。在吉兰丹发现形式多样的斜刃石锛，在彭亨的淡柏林河畔（Tembeling）发现了一种新工具——单马令刀，它既不是手斧，也不是石锛，而是用于剥切兽皮的石片。[8]马来半岛最集中的新石器时代遗址当属吉兰丹的瓜却（Gua Cha）岩洞遗址，该遗址从20世纪30年代开始挖掘，获得许多有价值的遗物，有磨光的石斧、石锛、石箭头，还有大量陶器，如碗、钵、罐等，这些陶器是用转速很慢的陶轮制成的，其制作比马来半岛其他地方出土的陶器要精致得多。最重要的是还发现一对男女的遗骨，女的双手握着石环，脚边放着几个陶罐，内有蚝壳，可能是作勺子用的。男的左手边有石锛和石珠，右臂套有一石环，胸前和脚边有许多小陶罐，这些都是陪葬品。考古学家认为瓜却遗址的年代在1万年至3000年前。[9]此外，有学者认为从石器的形制和陶器纹饰来看，马来半岛发现的新石器与中国大陆东南沿海的新石器有密切关系。[10]在沙巴的武吉丁库拉洞穴发现红泥、陶片、贝壳串和鱼钩碎片，还有大量的黑曜石片，考古学家认为这些黑曜石片皆出自美拉尼西亚西部的新不列颠群岛上的塔拉塞亚，这为研究原始人的活动范围提供了某种令人振奋的依据。[11]考古学家从20世纪50年代开始在砂拉越的尼河洞内进行考古发掘，发现有石器、人类遗骨、贝壳、陶器、骨器、编织物、岩画、死船、饰物等。
新石器时代还出现原始艺术——岩画，马来半岛和婆罗洲也发现几处岩画遗址。一个是1878年在吉隆坡附近巴图山发现的石灰岩洞穴，岩壁上有岩画。还有1959年在霹雳州的依朴镇发现的50多幅岩画，以人物形象为主，还有抽象图案、手形和动物形，有的图像高达2米，风格独特。[12]砂拉越的尼河洞内发现洞的后面有岩画，绘有动物、人形、船队，还有由人和船组成的“灵魂之舟”（死船）。人们认为绘画内容与洞内出土的葬礼船有关。[13]
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