（一）形式审查
菲律宾知识产权法第42条、专利法实施细则修正案第603条规定，一件满足菲律宾专利法及其细则规定的专利申请将被确定申请日，申请日后1个月之内支付了规定费用的，将进入形式审查阶段，否则申请将被视为撤回。
发明专利申请形式审查的内容包括：
（1）请求授予菲律宾专利的内容；
（2）具有公约优先权要求的优先权文件（即申请号，申请日和优先申请的国家，仅针对要求优先权的情形）；
（3）如果申请人不是发明人，是否提交了授权证明；
（4）权利转让契据；
（5）是否支付了所有费用；
（6）申请人的签名；
（7）发明人的证件以及合乎格式的附图。
菲律专利条例修正案第1405条至第1407条规定，实用新型注册登记申请的形式审查包括：
（1）实用新型的可注册性；
（2）权利请求的内容；
（3）优先权文件；
（4）授权证明（针对申请人不是制造者的情形）；
（5）权利转让证书；
（6）缴纳费用；
（7）申请人的签字；
（8）制造者的身份证明；
（9）说明书、权利要求书及摘要的内容，合乎格式的附图。
实用新型的形式审查报告邮寄日期起2个月内，申请人可以修改申请、自愿撤销申请、将该申请转换为发明专利的申请。在审查报告邮寄日起2个月内未能对该报告作出回复的，将导致该申请的撤回。(www.xing528.com)
菲律宾专利条例修正案第1506条至第1507条规定，工业设计注册登记申请的形式审查包括：
（1）设计的可注册性；
（2）注册的请求内容；
（3）优先权文件；
（4）授权证明（针对申请人不是制造者的情形）；
（5）转让证书；
（6）支付所有费用；
（7）申请人签名；
（8）设计人的证件；
（9）说明书内容，符合格式的附图。
工业设计的形式审查报告邮寄日起2个月内，申请人可以修改申请或主动撤回申请。未在审查报告邮寄日起2个月内对其作出回应的，将导致该申请的撤回。
菲律宾对实用新型和工业设计注册申请只进行形式审查，并接受快速注册手续，只要符合形式要求并支付了所需费用便可注册，不需要实质审查。（专利条例修正案第1405条、第1505条）
（二）实质审查
菲律宾的发明专利申请需要进行实质审查。发明专利申请人应在专利公布日起6个月内向专利局提出实质审查的书面申请，并按时缴纳相应费用，否则该专利申请将被视为撤回。实质审查申请的撤回不可恢复，也不退还任何费用。
发明专利申请的实质审查由专利局审查该申请是否符合授予专利权的形式条件和实质条件，包括对申请的文件是否齐备、是否涉及国外专利申请，以及发明的可专利性、新颖性、创造性、实用性等，即审查专利申请是否符合知识产权法第21条至第27条以及第32条至第39条规定的条件。（菲律宾知识产权法第48条）
审查员通过允许仅基于本申请公开所涵盖的有效专利权利要求的排他性保护公众利益的，申请人或其受让人可以提交理由以获得对该申请更广泛的保护和排他。审查员会向申请人提供改进其申请或通过更正或其他方法澄清专利权利要求的机会，审查员提出的在审查过程中解决的问题会成为一个对该事项的行政规定，从而加强对该专利有效性的合法推定。
实质审查中，审查员基于现有技术参考文献的驳回只是初步的。由于对于发明的权利要求可以根据现有技术和其他考虑以多种方式来起草，驳回的内容可以仅涉及权利要求且不一定是申请人的发明，申请人可通过书面回应为其申请辩护或介绍更正方案。审查员通过作出澄清说明和建议改进与更正，来加强专利申请的有效性的合法推定。
审查时，审查员会对申请进行彻底研究，并对寻求获得专利的发明主题的相关可得到的现有技术进行彻底调查。审查中会完整考虑符合申请的成文法和规则，以及要求保护的发明的专利性，除非另有说明，否则还会同时考虑形式要件问题。审查员会将审查情况通知申请人，阐明所有不利情况或异议或要求的原因，给予申请人相关资料或参考，以帮助申请人判断对他的申请采取后续行动的适当性。
审查员的审查会尽可能可行地综合且全面地提出所有实质问题，但如果有关于限制要求、申请中的主要缺陷及类似的问题，审查员在进行实质审查之前可以限制对该类事项的行动。直到发现权利要求是正当的，审查员才有必要提出形式要件。
审查员按照提交的顺序进行审查，针对审查员驳回申请的决定，申请人可以在最后驳回通知的邮寄日期起4个月内向专利处处长提出上诉。审查员进行审查时，要对该申请和现有技术进行检索。（专利条例修正案第901条、第902条、第904条、第907条、第908条）
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