最惠国待遇与争议解决条款之间的联系是一个有争议的问题。在Maffezini案中，最惠国条款被用来绕过诸如要求在18个月的时间里寻求在当地法院解决争端一类的程序性限制。[119]仲裁庭在亚洲农产品公司案中确定的主张被普遍接受，其认为基础条约所涵盖的投资者可以援引东道国签署的另一个双边投资协定中所给予的更有利的实质性条件。[120]在其他一些案件中，仲裁庭也遵循这样的路径，允许投资者使用最惠国条款绕过不利的程序要求[121]，参照不同的公平和公正待遇标准扩大实质性权利[122]，或者适用于授予必要经营许可证义务[123]，而其他案件中的投资者则未能成功援引最惠国条款获得不同的和更有利的ICSID仲裁，以取代UNCITRAL仲裁。[124]在这两类案件之间可以划清界线：最惠国条款的适用必须限定于程序规则，但最惠国条款不能被用于取代国家对ICSID管辖权的同意。[125]
发达国家的双边投资协定会授权投资者自行决定是否援用“最惠国待遇”条款，享受第三方条约中更为有利的争端解决机制。比如，2004年《加拿大双边投资协定范本》第4条的“最惠国待遇”适用于争端解决机制。《中国—加拿大双边投资协定》第5条第3款规定，最惠国待遇条款“不能适用于投资条约和其他贸易协定中的争端解决机制”。一些中国双边投资协定试图阐明这个问题。《中国—新西兰自由贸易协定》第139条第2款规定，“为进一步明确，本条规定的义务不包含要求给予另一方投资者除本章规定内容以外的争端解决程序”。像这样排除最惠国待遇原则在争端解决条款中的适用也出现在《中国—东盟协议》中，“为进一步明确，本条规定的义务不包含要求给予另一方投资者除本章规定内容以外的争端解决程序”。[126]这种明确区分与一般的双边投资协定判例法理是一致的，即“参考必须是基于当事人援引其他协定中的仲裁条款的意愿是清晰和明确的”，以便投资者从其他双边投资协定中更广泛的同意条款中受益。[127](www.xing528.com)
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