北碚境内水系以嘉陵江为骨干，两岸接纳了大小支流多条。较大支流有左岸的明家溪、郑家溪（车盘溪），右岸的璧北河（运河）、梁滩河（龙凤溪）、山王沟。它们分别经东阳、黄桷、夏溪口、文星塆、毛背沱注入嘉陵江。山王沟则在柏鹤村西纳一小溪后转东南汇入嘉陵江。此外，还有一些较大的独立小支流注入嘉陵江，如小湖溪、吴粟溪、木头溪、狮子溪、红花溪、马鞍溪、童家溪等。
据北碚水文站（在北温泉）对嘉陵江的水文监测，北碚多年平均水位为179.37米，平均最高水位195.97米，最低水位176.97米。水位的变化特点是陡涨陡落，变幅大。洪峰过境时水面最快一小时可涨1米多，一天之内可涨10米以上，一次洪峰过程3～5天，由起涨到封顶最大变幅，有时接近20米之多。在西大附中凌江园，以碚石为参照，可见水涨水落之快。
嘉陵江水量极为丰富，年径流总量在359亿至1030亿立方米之间，多年平均径流量为675亿立方米。流量变化与水位相似，暴涨暴落，变化急骤。在汛期5至10月中的7、8、9月，断面平均流速达6.08米/秒，而中泓流速则可达7.22米/秒。从一般情况看，含沙量与水位流量相对应，汛期含沙量大，江水浑浊，汛期一过，水位降落，流速减缓，水流含沙量减少。以各月历年平均含沙量统计，7月最大，达3.66千克/米3，2月最小，为0.021千克/米3。
图1-15 西大附中勤朴楼墙壁上的洪水位记录标记(www.xing528.com)
北碚的地下水受地质构造所制约，有五种基本的地下水储藏类型：松散堆积物孔隙水，埋藏于阶地、河漫滩的砂砾石中，为孔隙潜水；碎屑岩裂隙孔隙水，贮存在砂岩裂隙中，泉点大多出露于砂岩中；红层承压水，发育在侏罗系的上下沙溪庙组、自流井组和珍珠冲组等碎屑岩组成的地层中，岩性为一套紫红色泥岩夹厚度不稳定的砂岩，其中砂岩是含水层；裸露型岩溶水，发育于石灰岩区能出露的地下水，主要在观音峡背斜轴部；埋藏型岩溶水，岩溶地下水处于埋藏状态，地下水来源以岩溶区纵向补给为主，主要分布在温汤峡背斜南部甘家槽一带。
北碚地下水年径流总量为0.1783亿立方米，按照化学成分区分，北碚地下水有五种水质类型。除硫酸盐中性硬水不宜饮用外，其余四种可作饮用水。
表1-3 北碚地下水的化学性质与分布
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