应付国库集中支付结余是指国库集中支付中，按照财政部门批复的部门预算，当年未支付而需结转下一年度支付的款项采用权责发生制列支后形成的债务。
国库集中支付结余是预算单位国库集中支付预算指标数与实际支出数的差额，是预算单位尚未使用的预算资金额度。如果预算单位经批准的可使用预算资金额度由于政策性因素或用款进度等原因在当年未支用，而需要结转下一年支付使用，此时财政总预算会计需要采用权责发生制基础确认一项支出，同时确认一项应付国库集中支付结余负债。第二年实际使用时，财政总预算会计转销应付国库集中支付结余负债。
为核算应付国库集中支付结余业务，财政总预算会计应设置“应付国库集中支付结余”总账科目。并应当根据管理需要，按照政府收支分类科目等进行相应明细核算。该科目采用权责发生制核算政府财政列支的预算单位尚未使用的国库集中支付结余资金。该科目期末贷方余额反映政府财政尚未支付的国库集中支付结余。
应付国库集中支付结余的主要账务处理如下：
（1）年末，对当年形成的国库集中支付结余采用权责发生制列支时，借记有关支出科目，贷记“应付国库集中支付结余”。
（2）以后年度实际支付国库集中支付结余资金时，分以下情况处理：
①按原结转预算科目支出的，借记“应付国库集中支付结余”，贷记“国库存款”科目。
②调整支出预算科目的，应当按原结转预算科目作冲销处理，借记“应付国库集中支付结余”，贷记有关支出科目。同时，按实际支出预算科目作列支账务处理，借记有关支出科目，贷记“国库存款”科目。(www.xing528.com)
【例题5-1】 某预算单位当年一般公共预算用款额度为7900000元，当年通过国库集中支付的数额为5500000元。
（1）年末，政府财政需要采用权责发生制列支的数额为2400000元。
借：一般公共预算本级支出 2400000
贷：应付国库集中支付结余 2400000
（2）下年初，运用恢复的预算额度为预算单位支付相关费用2400000元。
借：应付国库集中支付结余 2400000
贷：国库存款 2400000
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