立法法第一百条规定了法规审查启动后的沟通协商机制，并在《备审工作办法》第四章中细化规定。就沟通协商的主体而言，对系争法规进行审查和研究的主要机构（以下简要统称备案审查机构）是全国人大宪法和法律委员会、其他有关专门委员会和常委会工作机构（主要指全国人大常委会法制工作委员会，以下简称法工委），沟通对象是系争法规的制定机关。在公民、法人和其他组织提出的审查建议中，进行沟通协商的主要甚至唯一机构是法工委。在“潘洪斌案”中，法工委同浙江省人大常委会、杭州市人大常委会沟通中，不仅公众参与度不够，原因案件审理法院也无从获悉审查进程。全国人大常委会副秘书长信春鹰曾指出，“审查研究过程中，缺少听证、论证机制，公众参与程度较低”[13]，这种非公开的沟通协商程序会对据以提出审查建议的案件的审理法院产生一定影响。第一，法院无从得知备案审查机关是否已经受理审查建议，也无法预测备案审查机构作出审查研究意见的具体时间。第二，法院没有法定途径去获知备案审查机关与制定机关之间的沟通过程和审查研究意见，法院对系争法规的判断可能与备案审查的结果相悖。
以“潘洪斌案”为例，潘洪斌于2016年4月份提出审查建议和再审请求。再审过程中潘洪斌表明其已向全国人大常委会提出审查建议，但是浙江省高级人民法院仍在同年9月下旬作出驳回再审的裁定。与此同时，法工委在收到潘洪斌的审查建议之后即开展了审查研究，向杭州市人大常委会发函征求意见，并抄送浙江省人大常委会。2016年11月，杭州市人大常委会、浙江省人大常委会法工委有关负责人专程到北京报告条例制定和执行中的有关情况，听取对条例的审查研究意见。同年12月22日，全国人大常委会法工委作出复函，告知系争法规违反上位法的研究意见以及处理结果。案件再审程序与法规审查研究程序同时进行，互不影响，出现不同国家机关作出的认定相反的局面。(www.xing528.com)
《备审工作办法》在“审查程序”一节中增加了“可以”征求国务院有关方面、专门委员会、常委会其他工作机构的意见，通过座谈会、听证会、论证会、委托第三方研究等方式听取国家机关社会团体、企业事业组织、人大代表、专家学者以及利益相关方等群体的意见，询问审查建议人等方式。该规定虽然可以在一定程度上消解对备案审查过程透明性、公开性的疑虑，不过仍存在可以进一步完善的地方。其一，未考虑基于具体案件提出的公民审查建议的特殊性，未将审理案件的法院明确列入听取意见的范围，法院是否可以参与该过程有待于备案审查机构的决定；其二，即使备案审查机构征求意见的范围包括审理案件的法院，各种形式的听取意见也并非强制性要求，同样有赖于备案审查机构的作为。这两方面的高度不确定性使得法院难以通过法定途径获知备案审查进程的实际困难依然存在。
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