如前所述，伴随法院调解的重视与强调，司法实践中出现了严重的强迫选择调解、以判压调、久调不决等现象。此外，改革开放带来的经济、社会、文化等方面带来的巨大变化，法治建设以及权利意识的增强等，均使法院调解备受诟病。为此，针对法院调解制度实际运行中出现的这些问题，学者们纷纷对法院调解制度展开了思考和批判。例如，江伟、李浩指出：在市场经济体制下，被国外誉为“东方经验”的法院调解制度面临着新的社会条件和思想观念的挑战。随着法制社会基本要求的日益加强和民事、经济法律的不断颁行，偏重调解的负面效应逐渐显现，调解制度必须改革。[9]其后，李浩教授通过论述法院调解制度对实体法和程序法都有不同程度的“软化”现象，指出这一现象源于调解的性质，是内生于法院调解制度的，因而也是无法避免和克服的。因此认为，调解与严肃执法存在一种负相关关系，法院愈是偏重以调解方式处理民事、经济纠纷，就愈会偏离在民事诉讼中的严肃执法的目标。[10]随后，李浩教授进一步指出，将调解作为民事审判权运作的主导性方式，是我国民事诉讼制度目前仍存在的误区，为走出这一误区，需要按照依法审判的理念改造和重置民事审判权的运作方式，把判决作为人民法院处理民事诉讼的主导方式。为实现这一改革目标，需要把调解从审判程序中分离出去，使之成为与审判不同的另一种解决纠纷的制度。[11]
实践中强制调解、违法调解、片面追求调解率以及久调不决等问题严重，以及学界的批评，使立法者认识到，调解的实质是自愿不自愿的问题。此外，形势的发展变化在相当程度上改变了原来适合于调解型审判方式的社会条件。包括：诉讼类型的扩展，使纠纷解决的重心转移到保持一般规则的普遍性；纠纷解决的目的转移到形成新的经济秩序；更为重要的是，社会对法官信任的整体缺失使建立在对法官个人素质高度依赖基础上的审判方式的正当化机制难以为继。[12]
在司法实践中，对法院调解制度的改革成为20世纪80年代末开始的民事审判方式改革的重要内容之一。在观念上，重视诉讼调解被视为传统审判方式的特点，民事审判方式改革作为一种以改革传统审判方式为己任的改革活动也自然会淡化诉讼调解，司法政策上强调“该调则调，当判则判”，一定程度上，纠纷解决以司法为中心的观念得到认可。(www.xing528.com)
1991年《民事诉讼法》修改，调整了着重调解原则，确立了法院调解必须遵守“自愿、合法原则”。《民事诉讼法》规定：“人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。”此外，《民事诉讼法》增加了法院调解的程序性规定，诉讼调解制度开始弱化。法院调解制度的发展进入到强调自愿、合法原则的“该调则调，当判则判”阶段。
《民事诉讼法》实施以后，民事程序得到了进一步完善，尤其是在最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》出台后，由于证据规则方面更加细化，民事诉讼程序的刚性特征也得以强化，基于上述综合因素，诉讼调解弱化进入发展的低谷期。在司法实践中，诉讼调解结案率开始降低，各级法院调解结案率有所下滑。判决在诉讼中的比重逐渐上升，法院调解与判决间的关系得到平衡。但是司法实践中，调解仍然是一种重要的审判方式，尤其在简易程序中，调解结案是比较普遍的。由于长期着重调解的影响，法官对调解仍有较大的偏好。
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