在衡州、辰州教案中，清政府对待洋教的态度不完全相同。在衡州教案发生之初，国内尚处于义和团运动期间，清政府希望借由反洋教的力量与各国进行抗衡，并未明确提出对反教活动的惩治。此时，作为湖广总督的张之洞，在两湖地区实施“东南互保”，并在衡州教案发生后多次敦促俞廉三迅速将教案议结。但作为湖南巡抚的俞廉三，或是出于对国内形势尚未明确的考虑，在处理之时并不积极。
受此影响，衡州教案结束后，清政府对俞廉三进行了处罚。1901年4月20日，清廷发布上谕：“湖南衡州教案现已议结，惟俞廉三办理此案不免迟缓，……应各予以处分，俞廉三、松寿均著革职留任。”[43]该事对俞氏冲击颇大，使其对待教案、洋务的态度有所转变。衡州教案结束后，俞氏上奏中央政府，请允熟悉洋务的蔡乃煌留任湖南处理对外事务：“蔡乃煌到湘以来，惩办一切事件，俱臻妥协。”[44]可见，衡州教案议结后，俞廉三开始重用善办洋务之事的官员。这些人才的选用在湖南地区后续的教案交涉中，发挥了重要的作用，对辰州教案也产生了深刻影响。
此外，在义和团运动后，清政府与各国政府签订了《辛丑条约》，条约中规定：“如再有怙恶不悛，私立仇教各会，持械格斗，公然劫掠，除为首之徒严密查拿尽法惩治外，其甘心从逆焚烧杀有据者，亦即按照惩办土匪章程治罪，决不宽待。”[45]此后清政府对于反洋教活动有镇压的义务，所有参加反教活动的团体或个人，都将以非法论处。若官员在处置过程中存在办案不力或有意放纵反教活动发展的行为，则将被革职，永不叙用。
在辰州民教冲突发生前，清政府曾明令沅陵地方官员对传教士进行保护。这点在英方记载中也有提及。[46]但从教案爆发的情形来看，管事官员并未落实此项规定，《选报》将其行为总结为四点：
一、教士被戕处相距数家之远，华官曾派有兵士在彼保护，而教士之祸仍不能救；
二、该教会后面本有兵一营，亦不赴救；
三、府县署与该教会相距颇近，极可援救而不救；
四、现任辰州县令于一千九百年在常德为县令时，亦系不肯救护洋人者，将来凡有洋人处不准此种人为知县，不知能否办到，此吾洋人等不可忍耐者。[47]
可见，案件发生前，清政府曾明令地方官员对传教士进行保护，但在案件爆发之时却并未实施，这也是俞廉三在教案发生后立即将该地主要文武官员予以革职的重要原因之一。在后续的处置过程中，受《辛丑条约》及衡州教案的刺激，俞廉三对涉事民众、官员的处罚力度进一步加大，对待洋务的态度也日臻成熟，一改衡州教案中处置拖沓的作风。由此可见，清政府对俞廉三由“消极缓慢”到“严惩、严厉镇压”态度转变的影响。
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