书院与科举密切相连，且越到后期联系愈加紧密。李兵《书院与科举关系研究》一书运用统计学的方法，证明了从宋代以来，“书院数量与进士数量的相关系数不断增大”，书院为科举的服务功能愈加明显，科举也反过来给书院以更多的影响。[28]问津书院与科举亦是如此。《问津院志》卷四《讲学·会课》载“会约四则”，其中说道：
帖括取士，不下四百余年矣。一题之文载在房墨者，盈千累百，每科必有一二人另番花样，愈出愈奇，无他，惟其新也……在先辈，则研习经史，穷极《性理》《语类》《或问》、诸子百家等书，乃能信今传后，久而益新。近乡、会试添设五经中额，论题出《性理》，正欲学者留心古学以作根柢，则文章不求新而自新……诗、字两学，虽曰末业，然近日应制以诗命题，有关黜陟……会中优取前列之文，不徧传共阅，彼此无益。阅卷发案毕，其优等应胜者领卷归，各自缮写四本，照原批点装订，送至书院汇斋，分上下东西四路，酌期递传，以示欣赏。[29]
从中可见清代问津书院的教育事业与科举制度联系之深，书院已然成为应科考的教育基地，问津书院走出的许多举人进士，成为先正乡贤。
另一方面，尽管书院与科举制度有着如此密切的联系，但问津书院的学者士人们对于科举是保持距离的，他们并不将书院视作科举的附属品。王会厘称：“当年同志，月望一聚，条规讲说，兢兢于实践躬行，文足载道，不徒以弋取科第见长。”[30]如所周知，理学作为书院的灵魂，并非一开始便代表了官方正学，而与晚明问津书院兴起密切相关的阳明心学，亦是曾受打压，书院与庙堂的关系并非始终融洽。不过，王会厘另一方面又希望问津书院也能有曾国藩、左宗棠、胡林翼那样的人物走出，能够“培国脉，挽时局，正学术，藉纡朝廷宵盰之忧”[31]，这反映了书院与朝廷休戚与共的关系。但无论如何，私人讲学仍是书院志叙述的重点。科举与书院密切的、直接的联系，在书院志的整体叙述，特别是最能传达士人意识的叙、记诸文中，经常是隐而不彰的。(www.xing528.com)
当然，科举对社会的巨大影响，不可避免地反映到了书院志的撰述当中。单就《问津院志》卷二《建置·建置姓氏》《管理姓氏》、《先正》卷五而言，中举、进士、仕宦都是必不可少的。如众多学者所论，科第功名作为明清社会的身份性标识，已渗入社会各个层面，院志的编纂当然也没有例外。士人在通过书院实现教化理想的同时，也会受到现实的影响，而正是诸层面的交织，形成了本文所说的“史相”。
最后要提及的是，当清季科举制面临内部危机与外部冲击而终于停废时，传统书院也走到了尽头。[32]科举废除造成社会（尤其是乡村社会）办学主体从公向私发生转变的同时，近代教育却远未普及，从而引发了一系列消极影响。[33]光绪《问津院志》虽修于20世纪之初，全书中虽偶有语及曾国藩、左宗棠等近代化先驱，却未曾提到时代背景的变化，甚至有意无意略载同、光年间事迹。就这一层面而言，王会厘在经历庚子西逃与“奉母讳里居”后编纂的《问津院志》，乃是发思古之幽情、吟伤今之离恨的史著。
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