总理衙门放弃继续与美国公使对峙，转而托付南洋大臣商议，其意无异于令其自行斟酌、做出一定的让步以了结此案，避免因此事恶化中美之间的关系。
南洋大臣沈葆桢就此案向李鸿章征求意见，李向沈发送信函，无奈地表示“该使所欲甚奢，总署虽说明此是了案，并非还债，然不还债，亦不能了案”，“究应如何设法、如何定数，高明自有权衡，乞随时详示为幸”[39]。这表明经过长期的拉锯战，无论总理衙门还是李鸿章都改变了对此案的最初认识，他们意识到美方不会因中方的坚持不认此账而善罢甘休，惟有承认租船事实、进行还债才能平息纷争。但他们同时显然又不情愿完全按照美国公使的意思行事，偿还来源不明且数额巨大的欠款，于是这难题便落在了沈葆桢身上。
1877年7月，西华直接给沈发出照会，告知派使馆参赞何天爵赴南京与其处理常胜军时期中美双方未解决的经济纠纷，其中便包括高桥轮船一案。他同时强调何天爵全权负责了结此案件，此举“正足显明本大臣有敦重睦谊之意也”[40]。美方同意总理衙门的建议重新与地方交涉，也体现了其与总署长期交涉不成后，试图另寻他途以求目的之实现。
何天爵此行的目的表面上虽说是商议，然而其实际行动上却毫无好言相商的意思。何抵达上海后，十分骄横地拒绝提取任何文件对此案进行重新调查，只是要求沈葆桢按美方的方案还款，提出“本银分毫不能让，两下只要商量息银若干，便可归结，余事不要提起”，还理直气壮地对沈言明“还钱何必查案？”[41]沈葆桢则义正辞严地回复案情不查清楚不能结案，否则本可在总署解决又何必前来大费周章？何天爵数次要求速速按其意结案都未得逞。
沈经过实地考察和听取上海官商的证言，对此案原委做了一定的调查和分析，他得出结论，即杨泰记曾向熙尔租用高桥轮船确实是事实，但在欠款数额上存在不实的问题。每月3 000两的租金实在过高，该船卖价只不过8 500两，显然不合理。他认为该数额是杨泰记与熙尔串通冒销之数，二人的目的是以契据丢失为由提出虚假的欠款数额，向吴前道索要欠款以分赃。在与黎兆堂的信函中，他气愤地指出“如果杨泰记尚在，虽军前正法，尚不足蔽辜”，并且认为案件之所以不能早结是因为上海官员的不称职，“此事实误于历任沪道之徒逞口舌，补究实情。抑知真伪不容掩乎！”[42]
基于此沈葆桢提出了折衷的处理办法，做出了一定的让步。他向何天爵言明，中方不能照美方要求的数额还款，但可以采取另一套还款方案，即船价按照双方进行买卖交易所规定的价格8 500两来计算，船价可以加利，每年每百两按十两计算；而租价则按照民间各类传言中的多者计算，即每月500两，计13个月，[43]租价不能加息。如此方案明显意味着希望双方各退一步，解决此案。(www.xing528.com)
沈葆桢的让步使第一次争论画下了句点，承认租船事实等于放弃了之前清政府坚持的立场，但迫于形势也实属无奈之举；[44]而就其所提方案而言，其规定偿款数额则大大低于美方原来的要求，符合总署的预期，因而总署评价是“沈大臣亦能体本衙门之意”，肯定了他在顾全中美情谊之下的折衷处理。李鸿章虽然认为美方可能不会同意此方案，但对于沈葆桢的处理方式也给予了肯定，称“两案皆允赔偿，已予以转圜之地，仅银数尚有争较，合龙当不远矣”[45]。
但这次让步却仍然不能令美方满足，何天爵再接到沈葆桢所定还款方案时就表示决不能遵从，后西华亦仍坚持要求按原方案还款，于是便引发了双方的第二场争论——偿款数额之争。清政府的第一次让步使得其在这场争论中不可避免地处于下风，沈的折衷方案在还款数额上多是准情酌理而言，而美方则因此得以用所谓的“证据”来予以反驳。西华认为由于沈已经承认了中方租船的事实，就等于肯定了被告证人证词的有效性，而他同时又以“不合常理”为由否认证词在欠款数额上的真实性，显然不具备说服力。西华抓住这一点向总理衙门展开激烈的攻击，“兹于租价则不肯照三千之数，而于卖价则欲按八千五百之数，岂非以当日所立之卖契为半实半虚耶”[46]？并表示要赴京直接同总理衙门再进行交涉。
面对如此诘问，总理衙门难以做出有力的辩驳，只好坦白“此事若据案情而论，实无法可以断结，惟欲顾全交谊”，才令南洋大臣提出折衷方案，并非理屈，并强调“此案若归本衙门办理，还是照旧辩论，仍不能了”[47]，惟有再与沈进行商议，而总署可致信其再宽让一步。此举引发了西华强烈的不满，他表示自己乃美国驻华公使，秉本国意旨前来商办此案，理应由总理衙门而非地方大臣负责，“不能想中国之一省，较通国犹大”，甚至暗示总理衙门是将美国驻华公使当作“专驻一省之钦使对待”[48]，要求其及早作出决定，反对再同南洋大臣协商。
总理衙门于是只好重新就偿款数额问题继续与西华争论，并坚持按沈案还款。西华对此感到无奈，只得表示将此事转报本国，在其任上未能了结此案，此次争论也自1877年12月之后暂告一段落，几年间双方再无照会往来。下一任美国公使安吉立[49]上任之后，又于1880年12月借中美修约之机再次要求办结此案。安吉立数次以两国之友好关系进行胁迫，要求清政府立即予以答复，态度十分强硬。而总理衙门仍只是故技重施，其多次交涉仍是毫无结果。
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