水军起源于春秋时期，在秦汉时期有所进步。而到了魏晋南北朝时期，水军建设迎来了一个快速发展的时期，臻于成熟和完善。
水军，顾名思义，就是以舟船为武器和运输工具，在内河和沿海组织作战的军队，早期又称“舟师”“船军”。最早的三皇五帝时期，舟船是用于交通运输。“《易》曰：刳木为舟，剡木为楫，舟楫之利，以济不通。”[97]夏、商、周三代，中原王权开始向东南方向延展，商代已见用兵东南夷的记载，周武王伐纣更是用舟船于军事涉渡，“武王伐殷，先出于河，吕尚为将，以四十七艘船济于河”[98]。春秋时期，冶铁和造船业的发展，为水战创造了物质条件，水军由此出现。《左传·襄公二十四年》（前549）记载，“夏，楚子为舟师以伐吴，不为军政，无功而还”[99]。其中临江傍河的吴、越两国，已经开始进行水上交战。公元前482年，越王勾践“乃发习流二千人，教士四万人，君子六千人，诸御千人，伐吴”[100]。总体上，春秋战国时期作战方式是以车战为主，水军主要存在于吴、越、楚和北方的齐国，尚为初始萌芽状态。
秦汉时期造船业兴盛发达，水上独立作战的能力得到了较大的增强，水军越来越为统治者所重视，出现了专门的水军“楼船军”。“高祖命天下郡国选能引关蹶张，材力武猛者，以为轻车、骑士、材官、楼船，常以立秋后讲肄课试，各有员数。平地用车骑，山阻用材官，水泉用楼船。”[101]后世学者分析认为，“盖三者之兵，各随其地之所宜。以汉史考之，大抵巴蜀、三河、颍川诸处止有材官，上郡、北地、陇西诸处止有车骑，而庐江、浔阳、会稽诸处止有楼船。三者之兵，虽各随其地之所宜，而郡国之兵，其制则一”[102]。汉代的水军已经从步骑兵种中完全独立出来，成为常备军。(www.xing528.com)
进入三国时期，“水军”的称谓正式出现，也兼称“舟师”“舟军”。如建安十四年（209）曹操攻合肥，“十四年春三月，军至谯，作轻舟，治水军。秋七月，自涡入淮，出肥水，军合肥”[103]。整个三国时期，魏蜀吴都有水军，尤以吴为最。黄龙二年（230），孙权派大将卫温、诸葛直到达夷洲和亶洲，“遣将军卫温、诸葛直将甲士万人浮海求夷洲及亶洲。亶洲在海中，长老传言秦始皇帝遣方士徐福将童男童女数千人入海，求蓬莱神山及仙药，止此洲不还。世相承有数万家，其上人民，时有至会稽货布，会稽东县人海行，亦有遭风流移至亶洲者。所在绝远，卒不可得至，但得夷洲数千人还”[104]。嘉禾二年（233），孙权为结好辽东半岛的公孙渊，派舰队缘海航抵辽东半岛，“三月，遣舒、综还，使太常张弥、执金吾许晏、将军贺达等将兵万人，金宝珍货，九锡备物，乘海授渊”[105]。吴国置“水军督”职，掌帅水军驻防。
西晋为灭吴，完成全国统一，曾大治水军，“武帝谋伐吴，诏濬修舟舰。濬乃作大船连舫，方百二十步，受二千余人。以木为城，起楼橹，开四出门，其上皆得驰马来往。又画鹢首怪兽于船首，以惧江神。舟楫之盛，自古未有。濬造船于蜀，其木杮蔽江而下”[106]。太康元年（280），王濬发兵巴蜀攻丹阳，针对“吴人于江险碛要害之处，并以铁锁横截之，又作铁锥长丈余，暗置江中，以逆距船”的战术，“濬乃作大筏数十，亦方百余步，缚草为人，被甲持杖，令善水者以筏先行，筏遇铁锥，锥辄着筏去。又作火炬，长十余丈，大数十围，灌以麻油，在船前，遇锁，然炬烧之，须臾，融液断绝，于是船无所碍”[107]，展示了当时水战的激烈程度和战术水准。东晋政权偏安江南，更是以水军为立国根本。晋元帝去世后，晋明帝着手加强都城防御，于太宁元年（323）设立了“都督石头水陆军事”职位，“以特进华恒为骠骑将军、都督石头水陆军事”[108]。南朝出现“水军主”“上流水军都督”“都督水陆诸军事”“大都督总水陆诸军事”“缘江都督”等官职，表明水军地位更显突出。
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