北方的十六国各少数民族政权，实行的是“胡汉分治”的二元化军事领导指挥体制。各少数民族政权的统治者，实际上都是所建立政权的主宰，与封建中央集权制下的皇帝没有本质上的区别。他们既以大单于的身份任部落组织的最高首领，又以“帝”“王”或“公”的称号领导和控制全国的武装力量。即一方面是以大单于为最高统帅，“单于台”下设左右辅和单于元辅的部落兵制；另一方面是沿袭魏晋的军事领导制度，设太尉、大司马、大将军等，都督中外诸军事等，统一领导全国的武装力量。这一制度保证了在建立政权过程中及完全汉化之前，少数民族政权一般采取“大单于”体制。起兵建立政权的少数民族首领，如出身匈奴族的后汉主刘渊、出身羯族的后赵主石勒、出身鲜卑族的前秦主苻健等，在起兵时均自称“大单于”，表示自己既是该民族的最高首领，同时也是最高军事统帅，有指挥本部族征战的绝对权力。这些少数民族建立政权后，大单于成了皇帝，以皇太子及皇子等亲信宗室担任大单于，代替皇帝行使对本部族的指挥。大单于虽然权力很大，但其权力仍来源于君主的授权。大单于系统的办事机构，称“单于台”，其下的高级官员有单于左右辅、单于元辅、左右贤王等。以大单于为首的“单于台”，既负责统治各少数民族人民，也是最高军事领导和指挥机构，负责管理军队和军队征伐之事。陈寅恪先生就指出：“胡人统治中国，全凭武力。单于台所在即本族主部所在。主部所在，即武力所在。五胡之间，常有奇怪的结果产生，即很强的部落，如果一战而溃，局面便很难收拾。如刘曜与石勒的洛阳之战，刘曜一败，长安便跟着失守。这说明长安单于台的匈奴主力部落，被刘曜带到了洛阳，在洛阳被石勒一举击溃之后，刘曜就再无余力维护他的国家前赵了。”[54]“单于台”系统之外，各民族政权还采用中原政权的军事制度，以加强对统治范围内汉族的统治。十六国时期，各民族政权都设置都督中外诸军事一职，且大多以宗室子弟担任。如刘渊时，任命其子刘宣为都督中外诸军事，领丞相，右贤王，“军国内外靡不专之”[55]。刘聪即位后，也任其子刘粲为都督中外诸军事。整个十六国时期，都督中外诸军事一职基本上同魏晋时一样，“尽可能内外兵权”，位高权重，成为君主之下全国最高军事统帅，受君主之命，有权指挥全国军队。
北魏初期，主要是皇帝和部落首领的两级指挥体制。道武帝定都平城后的整个北魏前期，在中央置八部大夫（后又称八部大人部），作为皇帝之下中央军政的中枢机关。八部大夫皆为拓跋族的部落首领，又称八部帅，共同辅佐皇帝处理军政事务，进行军事决策。宿卫中央的部队，则由都统长、幢将统领。都统长领殿内之兵，直接保卫皇宫，幢将则领兵宿卫禁中。太武帝拓跋焘即位后，仿照汉制，加强尚书省的权力，八部大夫渐渐边缘化，而尚书省中与军事有关的尚书，则成为太武帝时的中央军事领导机构。孝文帝迁都洛阳改制后，在中央设领军将军，一般由宗室担任，掌管国家军事力量的主体中兵中的禁卫军。领军将军之下，设左、右卫将军各一人，左、右卫将军之下，各设武卫将军二人。此外，京城周边的重要关塞，也由中兵驻扎防守，分由东、西、南、北四中郎将统领，并另设护军将军统领四中郎将，捍卫京城。中兵系统之外，中央还设五兵尚书专管军事行政事务，下设左中兵、右中兵、左外兵、右外兵、都兵等曹郎，各有职掌。
东魏、北齐时，中央军事领导指挥机构有所变化。东魏因为皇帝是傀儡，军政大权落到丞相高欢父子手中，因而朝廷中的军事职官系统没有实权，真正的中央军事领导机构是丞相府。高欢父子身为丞相，同时都督中外诸军事，代替皇帝成为实质上的全国最高军事统帅。丞相府内设内、外二曹专管兵事，内曹为骑兵曹，主管中兵即军队的主体鲜卑族兵；外曹为步兵曹，主管外兵即汉人诸兵事。高氏取代东魏建立北齐后，仿照北魏的中央军事领导指挥体制，设置领军将军等指挥中兵，另由五兵尚书及所属曹郎分管各项军事行政事务。(www.xing528.com)
西魏、北周的中央军事领导指挥体制不同于北魏、东魏而另成系统。西魏时，宇文泰以丞相府为最高权力所在，他自任丞相，都督中外诸军事，成为实际上的全国最高军事统帅，丞相府也成为西魏中央军事领导机构。丞相府中设有咨议、中兵、外兵等参军和各种属官，分别管理军事事务。同时，在军队指挥方面，西魏对主力部队的府兵，选择关陇地区有名望的人物来统领，但领导形式上，仍采用鲜卑旧日八部之制，设立八柱国大将军，宇文泰自任其一，都督中外诸军事，实为整个府兵系统的统帅，另设一虚职的柱国大将军。这样还剩六柱国，任命六人为柱国大将军，分头统领六军。六柱国之下，各设二大将军，大将军之下，又各设二开府，开府之下，又各设二仪同，以下还有大都督、帅都督、都督等职。周武帝即位后，为加强军权集中，将府兵收归自己亲自统率指挥，府兵成为名副其实的中央宿卫军。[56]
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