皇帝名义上总领一切军政大权。除权臣当政的情况外，中央军事机构必须向皇帝负责，一切军事事务都要报请皇帝，军队的最高指挥调遣权尤其掌握在皇帝手中。但由于皇帝不可能亲自处理一切军事事务，所以，必须建立起一套以皇帝为核心的最高权力中枢机构。在整个三国两晋南北朝时期，皇帝通过委任中外都督诸军事和录尚书事，形成了军、政这两套皇帝特别授权的领导系统，一个是以都督中外诸军事为首的军事领导系统，另一个则是以录尚书事为首的行政领导系统。[7]这两大系统一方面作为皇帝的左右手，协助皇帝加强对政权和军权的控制，另一方面在皇权弱化的时候，权臣则会趁机把持军政大权，甚至以此篡夺皇位。纵观这一历史时期，权臣依靠掌握这两大系统而欺凌皇权甚至取而代之的实例多次出现。如董卓、曹操因为手握兵权，根本不把汉室皇帝放在眼里，可以对皇帝任意废立；司马昭、司马师因为掌握了军权，所以取曹魏而代之，建立西晋王朝；南北朝时，南朝宋、齐、梁、陈的开国之君都出身于统兵大将，并通过军事政变夺取皇位。为了避免军权旁落导致江山不保和社会动乱，历代帝王一直想方设法、不遗余力地集中军权，限制和削弱带兵大将的权力并采取各种方法加以严格监视。而兵权掌握在什么人手中，中央及地方军事领导指挥机构如何设置和权力如何分配，是首要问题。
曹丕代汉，自己当了皇帝后，直接掌握兵权，在中央军事领导指挥机构上，依靠尚书台、中书省这两个中央政务的总机构，协助皇帝决策，确保皇帝对所有军事事务的最高和最终裁决权。“知枢要者始领尚书事”，“自魏晋以后，亦公卿权重者为之”，[8]可见尚书台的重要性。尚书台下设中兵、外兵、骑兵、别兵、都兵五个部门，作为常设机构处理日常军务，五兵尚书因此而得名；在中央设置最高武官太尉、大司马、大将军，将管理权和指挥权分开，以太尉主持全国日常军事行政事务，大司马、大将军二者掌征伐。司马炎代魏立晋后，沿袭曹魏，以尚书台作为行政中枢，协助皇帝处理军政事务，并在尚书诸曹郎中，设左右中兵、左右外兵、别兵、都兵、骑兵等曹郎，主管日常军事行政事务。此后直到东晋，五兵尚书历时相沿，成为西晋主管全国军事日常事务的国家军事领导机关。[9]西晋虽仍设太尉、大司马、大将军，但只是虚职，属于荣誉称号，基本不再有实权，不再是汉魏时期那样掌管全国军政事务的高级武官。此外，两晋时期还设置都督中外诸军事一职，一旦担任此职，则受皇帝指派，有权指挥全国军队。在指挥权方面，则设中领军以统率京城内禁军，又设中护军以统率驻守京城外的禁军。至东晋后期，中领军专管京城内外宿卫军，中护军统领中央驻守地方要害之地的军队，称外军。西晋中央各级军事领导指挥机构都要依皇帝的命令行事，即使都督中外诸军事，在名义上也是代替皇帝行使军事权力。东晋时，权臣往往任此职，凭借手中的军权支配朝政，皇帝反而成为傀儡。东晋权臣多次叛乱，都是在这种形势下出现的。(www.xing528.com)
南朝的中央军事领导指挥机构，主要有中军和尚书省两大系统。在中央，尚书省作为中枢行政机关，下设六曹八座，分掌朝政，其中五兵尚书一人，专管军事行政事务。五兵尚书又下辖中兵、外兵、骑兵等曹郎，分别管理军队各项具体事务。遇有战事，由皇帝下诏，尚书下符，调遣指挥全国军队。对军队的指挥，则通过领军将军、护军将军来实现。但因为对掌握军权的领军、护军将军又不放心，所以南朝各代君主在利用寒人出身的大臣掌管机要的同时，又创设了制局监这一机构，由其宠幸的大臣负责，专门掌管军机事务，以便加强对军队的绝对控制。于是南朝的制局监成为与执掌中军的领军、护军将军平行的又一军事机关，担任制局监官职的人因与君主关系密切，更凌驾于正常军事指挥机关之上。同时，大将率军出征，皇帝还经常亲自指挥，“遥制兵略”[10]，并派人“衔中旨，临时宣示”[11]，导致前线将帅只得“仰听成旨”[12]。此外，南朝领军、护军将军之下，还设有一种总领全国中外一切军队的职务，即都督中外诸军事。凡任此职者，有权调遣指挥全国军队。当然，按正常的军事领导指挥体制，都督中外诸军事仍需要在皇帝授权后才能指挥军队，“但南朝任其职者大都是权臣，便可以此专权自大，独揽军事大权。南朝各代的开国君主都曾在前朝任此职位，从而凭借军权夺得皇位”[13]。总体上看，南朝各代君主为防止军权旁落，建立的指挥系统过于庞杂和混乱，制约了前方将领的自主权，对作战效率产生了很大的消极影响。
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