香港特别行政区保持原有的资本主义制度，实行高度自治，这是香港基本法的另一个重要内容。香港特别行政区高度自治权的内容包括四个方面：
（一）行政管理权。行政管理权是重要的国家权力，不论是单一制国家，还是联邦制国家，地方的行政管理权都是有限的。基本法第16条规定：“香港特别行政区享有行政管理权，依照本法的有关规定自行处理香港特别行政区的行政事务。”按照基本法的规定，除国防、外交以及其他基本法规定由中央人民政府处理的事务外，其他行政事务都由香港特别行政区依照基本法规定自行处理，这些不同于一般地方的高度自治的行政管理权，概括起来主要有：（1）保持财政独立。香港特别行政区的财政收入全部用于自身需要，不上缴中央人民政府。中央人民政府不在香港特别行政区征税。（2）实行独立的税收制度。自行立法规定税种、税率、税收宽免和其他税务事项。（3）实行独立的货币金融制度。（4）实行自由贸易政策。（5）单独的关税地区。香港特别行政区可以“中国香港”的名义参加《关税和贸易总协定》等。（6）自行制定教育、科学、文化、卫生、体育等方面的政策。
（二）立法权。在单一制国家下，地方一般不享有立法权或者只享有有限的立法权。在联邦制国家下，邦或州虽然享有较大的立法权，可以有自己的独立的法律体系，但其立法权限也受到限制。而香港特别行政区的立法权不仅大于单一制国家下的地方，而且也大于联邦制国家下的邦或州。基本法第17条规定：“香港特别行政区享有立法权。”香港特别行政区立法机关制定的法律虽然要报全国人大常委会备案（第17条），但备案不影响法律的生效。全国人大常委会对报送备案的香港特别行政区的法律有发回权，但是：第一，在程序上，全国人大常委会发回前，必须先征询其所属的由香港和内地各6名委员组成的香港基本法委员会的意见；第二，在内容上，发回的法律限于不符合基本法关于中央管理的事务及中央和香港特别行政区的关系的条款；第三，发回不作修改；第四，发回的法律立即失效，但“该法律的失效，除香港特别行政区的法律另有规定外，无溯及力”。这就是说，法律的失效一般不影响失效前根据该法律所作出的法律行为。
基本法第18条虽然规定列于基本法附件三的全国性法律在香港特别行政区实施，但是：第一，在程序上必须在征询全国人大常委会所属的由香港和内地各6名委员组成的香港基本法委员会的意见后才能列入附件三；第二，在内容上限于有关国防、外交和其他按基本法规定不属于香港特别行政区自治范围的法律；第三，列入附件三的法律需要由香港特别行政区在当地公布或立法实施。
（三）独立的司法权和终审权。在单一制国家下，一般地方都没有司法权。在联邦制国家下，邦或州虽然享有司法权，但一般没有终审权。香港特别行政区不仅享有独立的司法权，而且还享有终审权，这是当今世界独一无二的特例。独立的司法权，一是指香港特别行政区享有独立于内地的司法权，二是指法院独立进行审判，不受任何干涉，司法人员履行审判职责的行为不受法律追究。终审权，是指香港特别行政区的诉讼案件以香港特别行政区终审法院为最高审级，终审法院的判决是最终判决。(www.xing528.com)
（四）自行处理有关对外事务的权力。香港基本法在坚持外交事务属于中央人民政府管理的原则下，不仅允许香港特别行政区政府的代表可以作为中华人民共和国政府代表团的成员参加由中央人民政府进行的同香港特别行政区直接有关的外交谈判，而且还授予香港特别行政区可以自行处理有关对外事务的权力。主要是：（1）香港特别行政区可以在经贸文化等领域以“中国香港”的名义单独对外保持和发展关系。（2）香港特别行政区享有出入境管理权。（3）香港特别行政区可以在外国设立官方或半官方的经贸机构。
国家通过基本法授予香港特别行政区高度自治权，凡是依照基本法的规定属于高度自治范围内的事务，都由香港特别行政区自己管理。为了从法律上保障香港特别行政区行使自治权，基本法又特别作了以下几项规定：（1）“中央人民政府派驻香港特别行政区负责防务的军队不干预香港特别行政区的地方事务。”（2）“驻军人员除须遵守全国性的法律外，还须遵守香港特别行政区的法律。”（3）“中央人民政府所属各部门、各省、自治区、直辖市均不得干预香港特别行政区根据本法自行管理的事务。”“中央各部门、各省、自治区、直辖市如需在香港特别行政区设立机构，须征得香港特别行政区政府同意并经中央人民政府批准。”“中央各部门、各省、自治区、直辖市在香港特别行政区设立的一切机构及其人员均须遵守香港特别行政区的法律。”
从基本法的以上规定可以看出，香港特别行政区享有的高度自治权，无论是与我国的一般地方政权的权力，包括民族自治地方自治机关的自治权比较，还是与其他单一制国家的地方权力比较，都更为广泛。即使与联邦制国家的邦或州的权力比较，除个别方面，如制定宪法外，在其他方面，香港特别行政区也享有更为广泛、更为高度的自治权。
香港特别行政区高度自治的另一个重点，是指由香港当地人自己管理，中央不派人去管理，也不是由外国人来管理，而是实行“港人治港”。基本法规定：“香港特别行政区的行政机关和立法机关由香港永久性居民依照本法有关规定组成。”“香港特别行政区终审法院和高等法院的首席法官，应由在外国无居留权的香港特别行政区永久性居民中的中国公民担任。”基本法在有关章节中对香港特别行政区行政机关和立法机关的组成作了具体规定。这些规定，充分体现了维护国家主权和“港人治港”原则。邓小平同志1984年接见香港访京团时指出：“我们相信香港人能治理好香港。”“港人治港有个界线和标准，就是必须由以爱国者为主体的港人来治理香港。”
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