上舉《洙泗考信録》、《潜室劄記》，叢書本基本是按底本原樣刊刻，似未參校他本，既少更動文字，亦不改變卷次。在《畿輔叢書》中，還有抽刻、重編兩類情况。
叢書本清魏裔介《魏文毅公奏議》，係以清康熙魏氏刻本《兼濟堂文集》（全書二十四卷，定州市博物館藏本存卷七至一二）爲底本，抽刻奏疏部分（卷九至一一）而成。叢書本卷末光緒十三年王灝跋語稱：“右《奏議》三卷，兼濟堂文集本也。……夫奏議自屬史類，别集義主文辭，係分重輕，流變亦異，裒録家往往併入文集，非古也。”由於《兼濟堂集》亦在王灝的刊刻計畫之内，再鑒於“屬史類”的奏議應與“主文辭”的其他詩文相區分，是故王灝决定將《奏議》單獨抽刻（這種做法同樣也屬於上文所討論的刻書主持者的個人意圖的體現）。
經比對，叢書本《奏議》分卷與篇目次序與底本《文集》基本相同。但將《請褒録幽忠疏》移至《請急行蠲賑以恤灾黎疏》前，《請續褒故明申太僕遺忠疏》移至《興教化以正風俗疏》後，删去《敬舉應謚之臣疏》（以上《奏議》卷一、《文集》卷九），《請法天以行仁政疏》後增入《實舉劾以重銓選疏》（以上《奏議》卷二），删去《槐水驛馬議》，并增入《文集》所無的《驚聞新命難安疏》、《奏爲恭謝天恩疏》（以上《奏議》卷三、《文集》卷一一）。
與以上變動相關的底本批語，有如下幾處：其一，《請褒録幽忠疏》批語稱“入申端湣集，不抄”。其二，《敬舉應謚之臣疏》批語曰“删去”（見圖9）。其三，《請續褒故明申太僕遺忠疏》批語稱“刻入申端湣集，不抄”。其中，《敬舉應謚之臣疏》，如批語所指示，被删去不收。而《請褒録幽忠疏》、《請續褒故明申太僕遺忠疏》，批語原意是要將這兩篇與明人申佳允有關的文字作爲附録，收入《申端湣公文集》（案，叢書本《申端湣公文集》有卷末一卷，收録《明史》本傳、《年譜》、陳子龍《申節湣公傳》、殷嶽《行狀》等），而不收入《奏議》。但寫樣時又改變了想法，仍入《奏議》，而不入《申端湣公文集》。至於底本批語未曾提及而實際增入《奏議》的三篇，宜是在寫樣階段添入的。
至於叢書本魏裔介《兼濟堂集》，情况則複雜得多。魏氏别集在清代多次編刻，唯有叢書本爲九卷，與他本卷數皆不同。從定州市博物館收藏的底本實物來看，叢書本至少是以清龍江書院刻本《兼濟堂文集選》（存卷一〇至二〇，以下稱“龍江本”）、清康熙魏氏刻本《兼濟堂文集》（以下稱“魏刻本”）兩種爲底本，從中摘選拼合重編而成。
首先，叢書本《兼濟堂集》有一個奇怪的現象，全書九卷，但標記卷數自卷四始，卷一二終。前三卷并非原缺或後佚，實際就是前述《奏議》三卷。案，魏刻本卷一一（即相當於《奏議》卷三）首葉有貼簽朱筆批語“兼濟堂集卷三，照前式寫”（見圖10），指寫樣時卷端須改作此，“照前式”則指題名應按《叢書》的統一格式，改爲“地名+作者名”的形式。由此可知，王灝原定叢書本爲十二卷，以《奏議》爲前三卷，并按此完成了最初寫樣；但後來審校寫樣時，决意抽出《奏議》改名單行，但僅將《奏議》卷端書名挖改，而原先的後九卷未作挖改（推測是因爲若挖改，不僅需要改動卷端，還要逐一挖改各葉版心，工作量相當大），於是便形成了以卷四爲首卷的奇怪面貌。
圖9 審校者指示删去《敬舉應謚之臣疏》，此文不見於叢書本《奏議》
圖10 魏刻本中的審校者批語，可知叢書本《奏議》以魏刻本爲底本刊刻，且按王灝的最早規劃，并非單行，而是作爲《兼濟堂集》的前三卷
既然叢書本《兼濟堂集》是不遵循任何既有分卷的重編本，那麽編刻時就必先謀劃重編的卷次結構、子目編排。以下對叢書本及其兩種底本的卷次結構，列表分析：
續表
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如表所示，這三種刻本均爲分體編排。在總體的卷次結構與文體排列上，叢書本顯然參照了龍江本，與之基本一致；叢書本卷一至三爲奏議（即後來改名單行的《魏文毅公奏議》），對應龍江本卷一至二的奏疏，卷四至六爲序，對應龍江本卷四至八的序，卷七爲書、記，對應龍江本卷九至一〇的書、尺牘，等等，以下不贅。但在具體文體的篇目次序上，叢書本却又主要參照魏刻本，如叢書本從卷九起爲“墓表 墓誌銘”，與同爲此體開端的魏刻本卷一七、龍江本卷一二相比較，便可知此點（如下表）[8]。
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在編校過程中，審校者在兩種底本上留下了不少痕迹；除去上舉《洙泗考信録》諸例中的指示修改格式之類的批校以外，更爲突出的是關於選録重編綴合的批示。如，龍江本卷一四收“論”三十一篇，卷前目録有貼簽批語（見圖11），稱：
抄訖，以下照舊本十二卷有點題目，抄爲一本。
“舊本”即指魏刻本。檢視之，魏刻本卷一二前半爲策問，後半爲論，論的前七篇（《致知在格物論上》至《治道論》）爲闡發經義，後二十二篇（《戰國四公子論》至《明季利弊論》）爲論史，無以上《黄帝論》等五篇。同時，在卷前目録及正文的部分篇題上有朱筆加點。由此可知，上引批語意指將龍江本有而魏刻本無的《黄帝論》等五篇以及從魏刻本中選出的論（即篇題加點者），構成叢書本的論部分。所謂“抄爲一本”，大概就是《畿輔叢書》的寫樣本。再看與之對應的叢書本卷一一，以《黄帝論》等五篇爲首，下接《戰國四公子論》至《明季利弊論》等史論，之後再接《致知在格物論》等論經義者七篇。凡魏刻本中未加點也就是未入選的篇目，叢書本則無，如魏刻本中《茅焦論》未加點，即不見於叢書本。入選篇目的次序與魏刻本保持一致，而與龍江本不同。如龍江本《孟子論》後爲《留侯論》，叢書本《孟子論》後接《戰國四公子論》，《留侯論》則在《漢高帝論》後，與魏刻本相合。不過，魏刻本中論經義者在前，論史者在後，叢書本恰反之，審閲者未在批語中指示改動，這或許是前文所述的另行約定或事後更改。
綜言之，以卷次篇目不同的多個版本同時作爲底本，經剪裁綴合而成的重編本的編刻過程，是相當複雜的。審閲者須比較各本之間的篇目出入，確定此有彼無的篇目全收抑或摘選，各本的共有篇目又應收入哪些，以何者爲底本，同時還要規劃重編之後的卷次編排。儘管重編而成的新本與任一底本皆不一致，但它仍會受到不同底本或大或小的影響。比如，叢書本《兼濟堂集》的卷數與兩種底本皆不同，但在總體編排（即文體排列次序）上却明顯仿效了龍江本。而某一文體内部的“小排列”，則更多參考了魏刻本。這既是由於魏刻本收録各體篇目普遍多於龍江本，另一方面也是其編輯思路更獲認同。如龍江本的“論”將論史與論經義者混雜編排，魏刻本則先經後史，叢書本的審閲者顯然更喜愛後者的眉目清晰，雖改爲先史後經，不相混雜的思路則一。至於具體文本，情形就更加複雜，比如叢書本的“論”，《黄帝論》等五篇是以龍江本爲底本，其餘諸篇則以魏刻本爲底本。這些細節問題，非經勘驗底本，難知其詳。
圖11 龍江本卷一四卷前目録的審校者批語，指示將此五篇舆魏刻本卷一二的加點篇目一起抄録，以備刊刻
圖12 魏刻本卷一二的卷前目録，標題上朱筆加點者表示被撰中，這些篇目均見於叢書本《兼濟堂集》
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