斯坦因在第一次中亚探险之后，便着手进行第二次探险的计划和准备工作。他很想将这一次的探险，扩展到中国西北的甘肃敦煌去。
因为早在1879年，匈牙利地理学会会长洛克齐曾深入中国内地进行地质考察，到过敦煌。他作为一个外国人，首次窥探了莫高窟无与伦比的艺术。1902年，他在德国汉堡举行的国际东方学会议上，向英、德、法、俄等国“学者”，报告了敦煌佛教艺术的美妙、宏伟，引起了与会各国学者们的注意。斯坦因当时也参加了会议，听了洛克齐的报告，他的野心开始萌动。
当时这个匈牙利出生的英国雇员，正就任于英国驻印度西北边境的总视学。他的第二次到中国的计划，时间为两年，地区上扩大到甘肃敦煌。行前议定：由印度政府和英国大英博物馆共同提供经费，共筹集到26000卢比；以后带回文物的分配比例是印度政府1／5，英国大英博物馆2／5。于1905年底计划被批准。
1906年4月20日，斯坦因开始了他的第二次中亚探险之行。6月8日抵达新疆喀什，在一个名叫马继业的回族男子协助下，物色了汉文功底较好而又懂得英语的湖南人蒋孝琬，当了他的翻译兼秘书。
1907年2月11日，斯坦因结束了在米阮遗址的大规模发掘，于2月21日动身向甘肃进发。
1907年3月12日，斯坦因一行经过在沙漠戈壁中的长途跋涉，在寒风刺骨中，第一次进入了丝绸之路上的历史重镇——敦煌县城。他原计划在敦煌待10天，简单地考察一下千佛洞，再返回罗布泊去发掘。
到达敦煌县城以后，他在一位从迪化市迁来敦煌定居的维吾尔族商人萨希伯克那里，听到了千佛洞前几年发现藏经洞的事。这消息，使他大为振奋。
3月16日，斯坦因匆匆地赶到千佛洞。当时，俗称下寺的太清宫住持王道士带着两个徒弟出外化缘去了。藏经洞已装上木门，上了铁锁，钥匙由王道士亲自掌管。斯坦因无法进入，心情很是沮丧。
他和他的师爷蒋孝琬正在发愁之际，有一个小和尚来到他们面前。斯坦因让蒋孝琬问问小和尚知不知道藏经洞的事。
蒋孝琬：“小师傅，你就在这千佛洞吃斋吗？”
小和尚点了点头。
蒋孝琬：“你贵姓，怎么称呼你？”
小和尚：“我叫唐古特。”
蒋孝琬：“唐师傅，你不是汉族人吧？”
小和尚：“我是藏族。”
蒋孝琬：“你到这里多长时间了？”
小和尚：“快5年了。”
蒋孝琬：“那你知不知道，这里发现了一个什么洞？”
小和尚：“藏经洞，我知道。”
蒋孝琬：“藏经洞在什么地方？”
小和尚指着七佛殿说：“就在那儿。不过，洞窟又安了门，上了锁，钥匙由王道士亲自保管，不让别人进去。”
蒋孝琬：“那藏经洞里都有些什么东西？”(www.xing528.com)
小和尚：“藏经洞东西可多了。写经、绘画、佛灯、法器都有，满满一洞子。”
蒋孝琬：“你见过那里边的东西吗？”
小和尚：“见过。王道士曾把一份手稿借给祠堂里一个人看过。我知道那份手稿在什么地方。”
蒋孝琬把这个意外的消息用英语告诉了斯坦因。斯坦因非常高兴，要看一看那份手稿。
于是，蒋孝琬对小和尚说：“唐师傅，我们可不可以看看那份佛经？”
小和尚：“可以。你等等，我给你取去。”
小和尚飞快地跑回住房，拿来了他暂时代为保管的那一卷写经。
斯坦因看后用英语对蒋孝琬说：“这份高约1英尺、长可能有15码的写经，很美。而且保存得十分完好。蒋师爷，你看这卷写经怎么样，是不是很古？”
蒋孝琬：“是的。从字迹和纸质上看，至少是几百年以前的东西。”
斯坦因：“我们多给这小和尚一些银子，同他搞好关系，以后或许用得着他。”
蒋孝琬：“斯坦因先生，我想还是不要多给为好。因为给得多了，说不定会引起别人的注意，怀疑我们的动机，会给我们以后的工作造成麻烦。我们最好还是不要声张，秘密行事，这样比较稳妥。”
斯坦因点点头：“那就按你的意思办吧！”
蒋孝琬得到斯坦因的允诺，给了唐古特少许银子，表示对他的感谢。
由于王道士不在，斯坦因他们进不了藏经洞，故又回到敦煌县城。到县城后，他们首先拜访了地方官某大人和当地驻军首领，给他们送了香烟、美酒、自鸣钟以及从印度、新疆带来的稀罕之物，得到了他们的“大力协助”。
3月下旬开始，斯坦因又去敦煌以北的古长城烽燧遗址，劫获了705枚汉简。
5月15日斯坦因再次返回敦煌。他到达千佛洞那天，正好是佛诞，那里特别热闹，进香拜佛者和参观游览者成千上万。斯坦因在那里等了五天，怕犯众怒，未敢涉及藏经洞的事，只好进行照相和绘图。斯坦因的解释是：“市民村民来谒千佛洞者，数以千计。可知寺寓虽残，犹为礼拜之地。故余于此地就画壁造像，深加敬护，除照影绘图外，不敢有所希冀，恐伤人民之情。”
实际上，在人民普遍信仰佛教的敦煌地区，拆取民众礼拜的佛像佛画，必然是要犯众怒的。而且，庙宇虽然残破，并不等于别人可以随意拆取壁画和塑像。就像有个人家里的大门坏了，并不等于别人有权进屋取物。擅自闯入取物者，仍然是犯法的。斯坦因所说“恐伤人民之情”，似乎是他有权取而不取。而为他写传的密尔斯基却认同此说，并据以演释说：“斯坦因划出了界线，壁画和佛像是属于民众实际礼拜的，文书当然是属于学术研究的。”
于是，就得出结论：敦煌卷子是应当由斯坦因取走的了。这是怎样的一种逻辑呢？即使这种推理成立，那么又产生了一个问题，学术研究那时只存在于西方吗？斯坦因第一次来中国活动，在和田的丹丹乌里克发掘后，向他在学识上敬佩的和阗直隶州直州潘震展示所得各物时，潘震问他为什么要把这些东西运去欧洲？问了几遍，斯坦因始终未能饰词以对。
话又说回来了。为了不引起人们的注意，斯坦因只好又返回县城，在那里多待了几天。
5月21日，斯坦因和他的师爷蒋孝琬，测量师莱姆辛，还有一名护卫兵等一行人马，再次来到千佛洞。王道士及两个徒弟，还有另外一个藏族喇嘛，已经在那里迎候他们的到来。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
