敦煌研究院的工作方针是六个字：“保护、研究、弘扬。”保护工作是放在首位的。
数十年来，在各级领导的支持下，敦煌文物研究所在石窟和壁画的保护方面做了大量工作。诸如，1956年到1984年，用挡墙支顶等方法，对莫高窟南区进行了4期崖体加固工程，彻底改变了这个地区崖体崩塌、交通不便的状况和流沙壅塞、洞破岩危的荒凉景象。采用边沿加固，泥浆粘贴、铆钉固定等方法，对高层洞窟壁画大面积脱落问题，进行了修复加固。以聚乙烯醇和聚酯乙烯乳液为黏合剂，对壁画大面积病害——龟裂起甲进行了修复，效果良好。并以同样的材料，对上千平方米的酥碱壁画进行了修复。60年代，对塑像进行了普遍检查和维修。对于松动、倾斜、糟朽的塑像，进行了扶正加固。
尽管40年来，抢救性的石窟加固和壁画塑像维修工作，在一定程度上改善了石窟安全状况，取得了比较好的效果。但是，樊锦诗认为，我们要保护的是一座山，而不仅仅是几个洞窟，几幅壁画和几尊塑像。而且，已经发现，有些保护措施并不是一劳永逸的。比如，过去“打过针”的壁画，据检查现在还有坏的。有些文物还会发生新病害。原因是，对一些与石窟有着密切关系的因素，比如石窟地质、工程及水文地质、大气环境，壁画颜料和胶结材料的种类、性质，壁画病害发生发展的内外因素及其机制等，仍然不甚了解。
敦煌壁画，由于使用了矿物颜料，故而色彩斑斓，历久不衰。但还有烟熏、刻画、偷盗、磨损等人为的破坏和崖面崩塌、崖体裂隙、环境污染以及壁画酥碱、起甲、变色、脱落、霉变等自然病害。加之，旅游开放，更是给石窟保护带来了许多新问题。
洞窟、壁画、彩塑等保护方面的新老问题，理所当然地被提到主管业务的副院长樊锦诗面前。(www.xing528.com)
她逐渐认识到解决这些问题的迫切性，也了解到它的成因是很复杂的，难度也是很大的。因为石窟保护是一个综合性的学科，涉及很多门类，诸如建筑、化学、物理、地质、水文、生物、沙漠以及环境科学等，牵扯面特别广。要解决这些问题，首先要有人，要有掌握现代科学技术知识的人。其次，要有仪器，特别是要有能够适合敦煌地方实际情况的仪器。
为此，她走访了不少科研单位，像兰州大学化学测试中心，兰化研究院，还有日本、美国的一些科研单位。她进一步体会到，保护工作到现在，确实需要一些新的手段，要对洞窟、壁画和彩塑实行科学保护。
为了做到心中有数，她亲自主持并经过她反复修改，制定了《敦煌研究院敦煌石窟保护研究与治理规划》。为了使它更科学、更合理、更具有可行性，敦煌研究院和中国文物保护技术学会于1989年9月在莫高窟召开了“全国石窟保护座谈会暨敦煌文物保护科研规划论证会”。
樊锦诗在这个会议上，向与会同志介绍了《敦煌文物保护科研规划》的内容及制定经过，代表们就规划体例、主导思想、总体目标、工作重点、主攻课题和实施条件及措施，进行了充分的、深入的论证。在所有重大问题上，均取得了一致意见。代表们指出：《规划》中有关电子计算机技术、加固工程、壁画病害等近期主攻目标，选题正确可行，措施得当，对有效地保护敦煌石窟这一世界文化遗产，具有重要而深远的意义。
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