在过去的年代里，由于“左”的路线和思想影响，以及历次政治运动的纠葛，所里的老同志之间总有一些是是非非，恩恩怨怨。
对于过去的恩怨是非，段先生总是那样，“豁达大度，宽厚待人”。用他自己的话说：“批斗过我的人，过去就算了，该用的还是要用。”
段先生说：“我读过陶铸同志的一首诗，其中有两句：‘如烟往事俱忘却，心底无私天地宽。’
“记住这两句，就没有什么想不通的。何况是在运动中，有些人也是违心之论。”
因此，过去在所里反对过他、批斗过他的人，在他主持工作以后，该用的都被使用了。有的担任了所室一级的领导；有的评上了研究馆员、副研究馆员和馆员等专业技术职务；有的还被派出国，举办敦煌壁画展览，或者进行讲学。在对这些人分配住房，子女安排，发表文章，参加会议等方面，段先生都做到了一视同仁。
在文研所里，业务干部同行政干部之间，有时也出现一些摩擦。有的业务干部认为，行政后勤部门不得力，业务工作需要的东西，得不到及时供应。有的行政干部则认为，业务干部高人一等，我们是侍候人的。段先生经常给大家做工作。他说：“行政干部好比墙根的砖，成绩不易看见；业务干部的成绩，不管是临品还是论文，都是摆在面上的，谁都看得见。当然，研究所的成绩，主要表现在科研成果上，但每一件研究成果，又都有行政干部的一份功劳。如果没有行政干部的努力，研究成果也是出不来的。”
段先生善于带领一班人为繁荣敦煌事业辛勤地工作。他们建立了所务会议和所长碰头会议制度。
1984年秋，敦煌文物研究所同上海人民美术出版社签订了《关于编辑出版〈中国美术全集·敦煌分册〉的协议》。协议规定：上海人民美术出版社正式邀请段文杰先生主编这三本画册，并要求于1985年6月发稿。除中文外，还要用英、日两文出版。(www.xing528.com)
在讨论执行上述协议的所长碰头会上，段先生深有感触地说：“我们下决心把洞子里的东西搞清楚，我们就自由了。关于出书的事，我们所里全部包干，都要达到国家水平。一是要把图片选好、拍好；二是要把文字写好；三是要把汉翻英、汉翻日的文字翻译好。你不下水，如何能学会游泳？不实践就提不高水平。”
曾几何时，由段先生主编的《中国美术全集·敦煌分册》这部彩色巨著，已呈现在广大读者面前。
段先生说，我们这几年的工作，使我感到高兴，也感到难过。中宣部的领导表扬我们，说我们工作有成绩，出了几本书。但我们还差得很远，工作中还有问题，我非常难过。我们要冷静，要谨慎，这样才能前进。工作搞上去不易，下来很容易。如果真的掉下来了，我们就对不起党和人民对我们的期望。我们领导班子要和衷共济，搞好工作。
特别是1989年初，465窟壁画不幸被盗。段先生在大小会上，引咎自责。有时哽咽语塞，泣不成声。他说：“发生壁画被盗事件，是我们工作没有做好。上对不起祖先，中对不起祖国和人民，下对不起子孙后代。国家文物被盗，我们心情很不平静，我感到很惭愧。我们常说：‘爱窟如家。’现在家中出了问题，我们怎能不痛心呢？不管有多少客观原因，出事的责任，我们是无法推卸的。如果要追究刑事责任，我第一个去坐牢。
“敦煌是很有名的，很早以前就是全国重点文物保护单位。前年又由联合国确定为世界文化遗产。这次发生壁画被盗，也会震动全国，惊动世界的。我们积极提供线索，协助破案。破案需要什么条件，我们就给什么条件。我们希望很快破案，追回被盗文物，严厉惩处罪犯。”
他那真挚的、发自内心的自责，使在场的不少人深受感动。
他的真诚感动了“上帝”。经过公安部门四个多月的艰苦努力，盗案终于破获。段先生除对破案有功人员表示感谢外，还表示要将被盗壁画很快复原，以便让游人观赏。
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