1.提前介入侦查难落实。提前介入并引导侦查是检察机关在实践中逐步探索形成的，对提升案件侦查质量发挥了重要作用，但从实践情况来看，局限性也很明显。首先是检察机关提前介入侦查缺乏明确、具体的法律依据。刑诉法第85条规定：“公安机关要求逮捕犯罪嫌疑人的时候，应当写出提请批准逮捕书，连同案卷材料、证据，一并移送同级人民检察院审查批准。必要的时候，人民检察院可以派人参加公安机关对于重大案件的讨论。”刑诉法虽然规定了检察机关可以参与讨论，但对检察机关特别是公诉部门的引导侦查权并未明确，因而造成约束力不足、可操作性不佳、操作标准混乱的尴尬局面。其次是介入的案件范围有限。在实践中，往往只有专案或有重大社会影响的案件才会提前介入，大量颇具争议的疑难复杂案件因为没能提前介入而出现侦查质量问题，最后影响诉讼的顺利进行。最后是介入方式受限，目前仅限于侦查机关的通知或邀请。公诉部门无法主动介入侦查，在分工负责模式下，侦查、公诉各司其职，公诉部门对于侦查机关的立案、侦查活动往往无从了解，因此缺乏主动介入的时机条件，只能被动接受邀请，同时也容易错过最佳取证时机。
2.补充侦查难监督。退回补充侦查是刑事诉讼法赋予公诉部门促进侦查质量的最基本手段，然而在实践中，退而不查、查而不透的现象十分普遍，归纳起来主要有以下几个方面的原因。一是具有滞后性。公诉部门只有在对案件进行审查后才能提出补查意见，往往此时距离立案已过去较长时间，很多需要补查调取的关键证据已然灭失，而进入审判阶段后这一问题更加突出。同时，侦查人员在接到补查要求时，往往已经投入其他案件的侦办工作中，难以抽出时间、精力来进行补充侦查，因此往往以情况说明应付了事。二是缺乏约束力。一旦案件移送审查起诉，侦查机关往往认为案件事实已经查清，相关证据已充分调取，认为没有补查必要，难以积极执行补查要求。检察机关对此缺乏制约手段，无法及时、有效地监督补充侦查活动，导致个别案件的补查无法达到证据标准。(www.xing528.com)
3.自行侦查难执行。《刑事诉讼法》第171条第二款规定：“人民检察院审查案件，对于需要补查侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。”关于检察机关自行侦查权的规定长期存在，但在实践中却难以得到有效运用，主要有以下几种原因：一是缺乏精力。公诉部门人员少、案件多，工作压力大，办案人员疲于审查大量公诉案件，无法抽出人员、挤出时间自行侦查。二是侦查的资源不充分。检察机关历来对公诉部门的自行侦查权重视度不够，并未专门配置相关资源，且各地检察机关协作机制尚不完善，异地取证困难重重，让人望而却步。三是相关程序规定不明晰。刑诉法仅规定检察机关可以自行侦查，但检察机关内部对自行侦查的程序无明确规定，缺乏可操作性，于是案件承办人往往选择退回侦查机关补充侦查。
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