1.体制原因：专业化的行政体制。行政事务处理的专业化具备一定的科学性与合理性，但往往忽视了整体的综合协调性目标。专业化可以提升行政效能，但绝对的专业化管理会造成庞大的政府系统，导致效率低下；而绝对的综合化管理相当于不需要政府分工，这在事实上也是办不到的。行政执法本来就具有专业性和技术性，这决定了执法管辖要按照专业和部门来确定，基于专业化分工的部门行政是无可替代和不可避免的。但另外一方面，行政执法部门划分过细，不仅可能不科学，不能适应社会管理事务复杂性、交叉性和综合性的特点，而且由于专业化可能导致“视野盲区”，会造成更大的损失。因此，绝对“综合”与绝对“精细”都是不可取的。
2.主观原因：部门利益的角逐。据公共选择学派理性经济人的假设，政府部门也是经济人。部门在追求公共目标的同时，对于部门利益的追求具有更大的动力。行政机关对于财政资金的争抢以及责任的推诿，公共性价值观念的背离和现实诉求的脱节，加重了碎片化行政行为的产生。行政执法实践中，执法行为与利益挂钩，以罚代管、以罚代养的现象较为普遍，促使执法部门之间的恶意竞争。部门为了自身的小集团利益，刚性的进行制度设置以便阻碍其他部门，以确保本部门利益的最大化，部门壁垒、权限冲突自然难以避免。(www.xing528.com)
3.制度原因：执法权配置的模糊与不合理。除了体制的客观因素，以及部门利益的主观因素，造成碎片化的原因还有制度上的原因。首先，机构设置缺乏严格的组织法依据，这是导致机构林立、各自为政的组织原因。其次，在执法权限的配置上，立法的授权存在不明确，总会存在模糊地带，甚至存在立法冲突，这就难以避免执法机关在利益的角逐之下，“有利争着管，无利都不管”。最后，执法权在纵向上缺乏分解，缺乏上下级权限的划分，没有对级别管辖作出规定，这就难以避免同一事项，存在多层执法。执法权的交叉，也与立法者在划分执法权时模棱两可的分权方式有关。[10]
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