按照目前占主流地位的刑事诉讼目的理论，刑事诉讼目的体系由根本目的和直接目的组成：根本目的在于维护宪政制度及其赖以巩固和发展的秩序；直接目的在于控制犯罪（惩罚犯罪）和保障人权。[35]不过，由于所谓根本目的实为所有法律之目的，不能体现刑事诉讼本身之特点，因此学界在讨论刑事诉讼目的时一般专指后者，并且保障人权之主体，亦发展为专指被告人。[36]
从既有的研究来看，对于控制犯罪（惩罚犯罪）与保障人权的双重目的体系，批评较多。陈瑞华教授、梁玉霞教授等均曾不同程度地批评过双重目的论，一些青年学者近期的批评尤为猛烈：郝银钟认为惩罚犯罪不应该成为刑事诉讼的目的，而主张刑事诉讼的目的应该是通过正当程序保障人权；[37]李长城既批评惩罚犯罪作为刑事诉讼目的之不当，也批评郝银钟的“通过正当程序保障人权”论，而主张将“发现真实、保障人权”作为刑事诉讼的目的；[38]王天林则从所谓原则和目的区分的角度批评双重目的论，指出刑事诉讼的目的只能是惩罚犯罪，不应包括保障人权。[39]
这些批评可能均有其支撑，值得关注。不过这里将沿袭前面的思路，认为从刑事诉讼目的应当具有的品性来看，犯罪控制（惩罚犯罪）和保障人权无疑都不宜作为刑事诉讼目的。因为这样的双重目的理论不仅难以涵盖“被害人/加害人”这一结构性主线，从而不符合刑事诉讼目的自身的定位；而且从刑事诉讼目的属性来看，无论是犯罪控制（惩罚犯罪）还是保障人权，实际上要么等同于追诉者的目的，要么等同于被追诉者的目的，亦与刑事诉讼目的应当具有的公正属性不相容。
那么，刑事诉讼目的体系应当是什么呢？本书认为，应当从过程目的和结果目的两个层面思考刑事诉讼目的体系问题。亦即国家进行刑事诉讼，[40]希望刑事诉讼过程能够达到什么效果，又希望刑事诉讼结果是怎样的？以往的理论，无论是保障人权还是控制犯罪，虽然均既可以从过程角度加以理解，也可以从结果层面加以解释，[41]但是遗憾的是，有如前述，其将刑事诉讼目的等同于某一方当事者目的颇为不当，因此必须从另外的途径概括刑事诉讼的过程目的与结果目的。(www.xing528.com)
笔者认为，一方面，从过程的角度来看，受程序正义价值理念的指引，刑事诉讼的目的应当是程序公正，或者按照西方国家习惯性的说法，叫“正当程序”。也就是说，国家进行刑事诉讼，除了追求某些实体性结果之外，还要求刑事诉讼过程本身是公正或者正当的。正当程序的核心，乃是将刑事诉讼的各个利益相关者视为有尊严的主体，并充分关照其意思和利益。与传统的人权保障相比，正当程序包含了人权保障的部分内容，但并非人权保障的全部，因为正当程序侧重于程序性权利的保护且在保护主体上不限于被告人，而人权保障除了还包括实体性自由之保障外，保护主体亦仅限于被告人。当然，正当程序也不同于犯罪控制，正当程序或许有着控制犯罪的“潜功能”，但是功能毕竟不同于目的：因为功能乃是客观的，而目的是主观的。[42]
另一方面，从结果的层面来看，刑事诉讼的目的应当是查明事实真相和纠纷解决。前者主要关注（但不限于）的是国家与被告人之间的争斗关系，后者主要关注（同样不限于）的是被告人与被害人之间的纠纷关系。在刑事诉讼中，对被告人的追诉乃是以国家名义进行的，国家要使追诉具有正当性，除了上文所说的诉讼过程的正当性之外，另外一个同样重要的内容就是实体结果也必须有客观基础的，所谓查明事实真相的目的，即是为了满足此一正当性需要而设定的。此外，正如前面已经论证了的，被害人与被告人之间的纠纷关系在事实上构成了贯穿刑事诉讼活动的另外一根结构性主线，将纠纷解决作为刑事诉讼目的，有利于纠正刑事诉讼的过度国家化、惩罚化的倾向，并助益于深层次改善刑事诉讼各种利益相关者的处境，因此也应当成为刑事诉讼的目的。
由此看来，刑事诉讼目的体系即为：过程性目的—正当程序；结果性目的—查明事实真相和纠纷解决。应当说，这样的刑事诉讼目的体系是符合刑事诉讼目的本身的定位和应当具有的属性的。因为一方面，从刑事诉讼目的的定位来审视，这样的刑事诉讼目的体系能够涵盖整个刑事诉讼制度的主要内容并足以作为法律解释的依据，因为其内涵了刑事诉讼的两根最基本的结构性主线；另一方面，从刑事诉讼目的应当具有的属性来看，由于其包容了所有利益相关者并通过正当程序充分关照各自的可能利益与需要，因此具有公正之基本属性。
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