自然保护区生态补偿的主体是在生态补偿法律关系中享有受偿权利和承担补偿义务的人。没有无权利的义务，也没有无义务的权利。享有受偿权利者与负有补偿义务者以生态利益为媒介产生权利义务关系。有学者将生态补偿的法律关系主体分为生态补偿的实施主体和生态补偿的受益主体。而生态补偿的实施主体又有给付主体和接受主体之分，生态补偿受益主体同时还包括实施主体中的接受主体。[45]这种分类方法较好的说明了生态补偿主体的多元性和复杂性，但将接受主体包容进受益主体之中，可能会模糊权利主体和义务主体的界限。为此，有学者直接将生态补偿主体分为补偿实施主体即义务主体和补偿接受主体即权利主体。[46]这显然可能对补偿实施主体的理解产生歧义。实质上，从便于权利义务界分的视角，生态补偿法律关系的主体就分为两类：给付补偿的义务主体和接受补偿的权利主体。在自然保护区类型的生态补偿法律关系中，给付补偿的义务主体就是生态系统服务的受益者，而接受补偿的权利主体则是生态系统服务的提供者。
基于自然保护区社区共管的制度构建，本研究主要分析接受补偿的权利主体即生态系统服务的提供者。在此，提供者应为法律上的人，生态资源本身不是主体而是生态补偿法律关系的客体。生态系统服务的提供者有权接受补偿。曹明德教授对生态补偿的受偿主体界定了较为宽泛的范围，包括了生态环境建设者、生态功能区内的地方政府和居民、环保技术研发单位和个人、采用新型环保技术的企业、合同当事人和国家等。[47]然而，在这些受偿主体中，环保技术研发单位和个人、采用新型环保技术的企业这两类主体涵盖范围非常广，可能包括了几乎所有与新型环保技术有关的科研院所、企业和个人。这可能导致生态补偿泛化，带来生态补偿制度设计的困难，使原本就捉襟见肘的财政资金雪上加霜。并且，仅就自然保护区类型的生态补偿来说，不宜将这两类主体作为受偿主体范围。至于生态环境建设者、地方政府和居民、合同当事人，则可能出现交叉，为重复性主体，只不过主体表现出的身份不同而已。生态环境建设者如牧民，同时也是当地居民或原住民。生态环境建设者也可以不是当地居民，可能为外来自然人、法人或其他组织。但他们之所以进行生态环境建设，除少数志愿者外，主要基于成本效益分析的利润追求。在市场机制下，没有企业会亏本进行生态建设，除非法律因其开发利用或污染而强加其义务。在这种情况下，生态环境建设者虽可能使用了生态补偿资金进行生态建设，但不是受偿主体。合同当事人双方就生态补偿来说，则应以资源环境所产生的生态利益为媒介，一方为生态利益提供者而另一方为生态利益使用者。显然，使用者是给付者不是受偿主体，而提供者在自然保护区则为当地居民和地方政府。另外，国家是一类比较特殊的主体。从某种程度上说或按照理想状态，国家是生态补偿利益的中转站，国家从受益主体即给付义务主体收取税费作为补偿利益，然后再以一定标准分配给受偿主体，同时监督受偿主体提供合格生态产品和利益。因此，国家是不宜作为受偿主体的。
综上分析，自然保护区生态补偿的受偿主体主要是地方政府和居民。然而，居民可能是自然保护区建立以后在当地生产生活的自然人。从法理上分析，后来者应该接受对发展权等方面的限制而不予补偿。相对来说，自然保护区建立之前就在当地生产生活的原住民，才是受偿主体。另外，自然保护区管理机构通过对自然保护区的管理保障了受益主体共享的生态利益，因此而产生的管理成本应作为生态补偿核算成本。所以，自然保护区生态补偿的受偿主体应是原住民、地方政府、自然保护区管理机构。(www.xing528.com)
在这些受偿主体中，地方政府和自然保护区管理机构均为行政机关，与中央政府属于纵面的上下从属关系。中央政府与地方政府、自然保护区管理机构之间属于内部行政关系，中央对地方及所属部委具有查明权、指挥权、介入权和纠正权。[48]因此，中央对地方或自然保护区管理机构进行财政转移支付的数额，社会公众关注度并不高，甚至会认为那是政府机构内部事务。然而，对于原住民来说，生态补偿的法律关系属于外部行政法律关系，行政主体应遵循依法行政原则、比例原则、平等权原则。在自然保护区生态补偿法律关系中，国家对原住民的补偿仍需依靠地方政府的贯彻执行。于是，地方政府具有双重身份：一是受偿主体，二是代表国家作为行政主体对原住民进行补偿。这种转换，从外部行政法律关系的视角来看，使地方政府由受偿主体转变为了代表国家分配补偿利益的行政主体。从而，这种利益分配成为自然保护区生态补偿的终端考量，也是自然保护区生态补偿制度设计的关键。因此，本研究认为，原住民是自然保护区生态补偿的主要或关键受偿主体。
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