从我国生态补偿制度的理论与实践分析，生态补偿与土地使用权限制补偿，以生态环境保护为媒介，实现了一定程度的制度衔接，如森林生态效益补偿与草原生态补偿，既是生态补偿也达到了对林地、草地用途管制予以补偿的目的。甚至，根据一些地方性法规的规定，以生态环境保护为目的的生态补偿与土地使用权限制补偿实现一定程度的融合。如2014年苏州市人大常委会制定、江苏省人大常委会批准的《苏州市生态补偿条例》，明确规定，本条例所称生态补偿是指主要通过财政转移支付方式，对因承担生态环境保护责任使经济发展受到一定限制的区域内的有关组织和个人给予补偿的活动。该规定指向的经济发展受到限制的区域，实质上是土地使用用途因环境保护而受到管制的区域。该条例将因环境保护而对土地使用权进行限制的补偿与生态补偿相融合。
然而，生态补偿不能替代土地使用权限制补偿，理由如下：一是土地使用权的限制事由不仅仅是生态保护还可能是其他公共利益目的。二是生态补偿侧重生态环境的公共补偿，只有生态效益的提供者才有权利受偿；而土地使用权限制补偿侧重因使用权限制遭受的损失补偿，指向土地使用权利人的私利益保护。三是生态补偿如水资源与水土保持生态补偿、重点生态功能区的财政转移支付，主要为地方政府与地方政府之间或中央对地方政府的补偿资金转移，并不指向土地使用权受到限制的村民或原住地居民。根据相关规定，流域生态补偿资金，地方政府可统筹安排进行再分配，主要用于生态保护、水环境治理、森林质量提升、水资源节约保护和与生态文明建设相关的民生工程等；[39]水土保持补偿费的资金支出严格遵守财政国库管理制度有关规定，专项用于水土流失预防和治理，主要用于被损坏的水土保持设施和地貌植被恢复治理工程建设；[40]而对中央转移支付的资金，地方政府只能用于环境保护和治理以及基本公共服务等民生领域。因此，在这些领域如水土保持、重点生态功能区（其中包括自然保护区）的生态补偿，虽因民生工程建设而间接惠及当地居民但主要用于提高生态环境效益。(www.xing528.com)
综上分析，在自然保护区，基于生态环境保护目的而对当地居民的土地使用权进行一定程度的限制，而生态补偿的资金主要用于反哺生态环境效益，并未直接增加当地居民的私利益，并未达到当地居民对物质财富追求的心理预期。因此，通过生态补偿来实现利益衡平的实践努力并未达到衡平生态保护公共利益与当地居民私利益的目的。尽管森林或草原类型的自然保护区居民可以享受森林生态效益补偿与草原生态补偿，但补偿标准单一和补偿标准过低的问题早已饱受诟病，甚至实践中，导致盲目扩大生态公益林范围，侵犯当地居民合法权益。由此，现有生态补偿制度，虽有改善但并未根本解决生态保护公益与当地居民私利益之间的失衡。
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