土地用途管制，从法律层面，始见于2004年修改的《土地管理法》第四条规定。然而，该条规定的国家实行土地用途管制制度，仅指向土地用途的变更，即“严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量，对耕地实行特殊保护”。1994年制定的《自然保护区条例》及《自然保护区土地管理办法》仅规定土地权属不因自然保护区的划定而改变。对于土地用途，不但有土地用途变更的限制性规定而且有对土地原有用途的实质性限制规定，如自然保护区条例第二十六条规定的禁止放牧、狩猎、采药、开垦、烧荒等传统生产生活活动。只不过，条例与办法，均未明确使用“土地用途管制”这个词汇。只是后来，国家环境保护部在2016年10月制定的全国生态保护“十三五”规划中，才明确“推动自然保护区土地确权和用途管制”。
然而，自然保护区土地使用权限制与土地管理法规定的一般性用途管制不同。对于土地管理法上的土地用途管制，理论界争议较大。许多学者认为，这种管制构成了没有补偿的财产权准征收；也有学者持相反观点，认为不构成财产权准征收，从价值判断来看，被管制的是农民的发展性利益，管制保护的是农民的基本生存权，从价值层次上来说，生存权高于发展权。[37]对此，自然保护区的土地使用权限制从管制对象、管制程度、管制的价值判断等方面均有区别：首先，从对象分析，一般性的土地用途管制的管制对象不特定，不指向特定群体或相对人，更接近于基于公益目的对财产权的社会性的一般约束义务。而自然保护区的土地使用权限制的对象特定，指向划入自然保护区范围的社区居民，相对于一般的财产权限制来说，更是一种特别利益的牺牲。其次，从管制程度分析，一般性的土地用途管制并不影响土地原有的使用功能，只是限制其土地用途的变更、限制其进行非农业性的建设开发。而自然保护区的土地使用限制是对其土地原有用途的限制改变，影响了土地使用的基本功能，严重限制了社区居民的传统的生产生活方式，影响了其生活水平。第三，从管制的价值判断分析，一般性的土地用途管制涉及农民的基本生存权，而自然保护区的土地使用限制是为了实现生态保护，其指向的是可持续发展，更接近于发展权的层次，相反，自然保护区社区居民传统生产生活方式被限制，可能会加剧大多居于边远区域的社区居民的贫困，其影响更接近于农民的生存权层次。所以，不管一般性的土地用途管制是否应当补偿，但自然保护区的土地使用权限制从任何角度入手都可得出已使社区居民作出了特别牺牲的结论，应予补偿。
尽管国家环境保护部在“十三五”规划中，明确推动自然保护区土地用途管制，但并未明确对用途管制的土地使用权人进行合理补偿。法律实践中，《土地管理法》仅规定了土地用途管制，但未规定应予补偿。《物权法》中并未涉及土地用途管制，更无是否应进行补偿的规定。然而，这并不能说明《物权法》在制定时，忽略或未考虑到物权及其中的土地使用权限制问题。在2001年中国物权法国际研讨会上，德国学者在考察了我国起草的物权法建议稿时提出，应当注意对私人财产权合理限制问题，不能基于财产权社会化原则而随意限制私人财产权，并不给予补偿。[38]因此，《物权法》最终并未对财产权限制问题进行规范，说明国家是在综合考量多方因素后，进行利益衡量的结果。也许，国家认为，对财产权限制进行补偿的条件在我国尚未成熟或具备。但是，这并不影响环境立法在条件许可时对土地使用权限制补偿作出特别性规定。在将来，由国务院制定的《自然保护区条例》进行修改或改为全国人民代表大会及其常委会进行立法时，对自然保护区土地使用权限制补偿进行规定。(www.xing528.com)
然而，我国虽没有土地使用权限制补偿制度，但在环境管理实践中，已存在生态补偿制度，那么，生态补偿是否能够替代土地使用权限制补偿达到异曲同工之目的？
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