对于集体所有的土地，自然保护区管理机构未经征收、征用，以生态保护的环境公益为名，实施强制性行政管理，尽管有行政法规（自然保护区条例）的授权，符合我国行政法之法律保留原则，但仍会遭受权力来源之权利基础的质疑。
对此，国家可以通过征收，将集体所有土地变为国有土地。根据《土地管理法》第四十五、四十六、四十七条、《物权法》第四十九条及《民法典》第一百一十七条之规定，国家可以征收、征用集体所有的土地，以获取进行保护区管理的权利基础，但应按相关法律、法规、政策进行合理补偿。自然保护区的面积广阔，这必然涉及巨额的补偿资金，以及由此可能引发的社会问题如当地社区居民的安置不仅仅是靠金钱补偿就能解决的。考虑到国家及地方的财政负担、社区居民的生产生活问题、各个地区自然保护区的多样性困境，国家并未采取一刀切的方法概然要求所有的自然保护区都征收集体所有土地，只是有步骤地对居住在自然保护区核心区与缓冲区的居民实施生态移民，[4]更倾向于保持土地权属的原状。土地是原住民生存权的依托基础，中国革命之所以取得农村包围城市的胜利，是与农村土地改革的政策分不开的。因此，自然保护区的土地确权、土地征收必须慎重。根据《自然保护区土地管理办法》第七条第一款、第二款规定，自然保护区内的土地，依法属于国家所有或者集体所有。依法确定的土地所有权和使用权，不因自然保护区的划定而改变。自然保护区的范围划定，并不改变原住民所享有的土地权属状态，甚至包括国家所有土地中依法确认给社区居民的土地使用权。因此，通过土地征收方式来解决自然保护区土地权属问题，难度较大，所需时间也较长。尽管如此，即便国家没有通过征收方式改变土地权属，国家以社会公益为名，对私人权利进行限制，并不违背民法上关于民事权利的法律规定与学者的理论探讨。
民法上的权利并不是绝对的，权利是有限度的。民事权利的行使不得侵害国家利益和社会公共利益。《民法典》第一百三十二条规定，民事主体不得滥用民事权利损害国家利益、社会公共利益或者他人合法权益。与权利相对应的是义务。民事义务一般都是私法上的义务，极少存在着公法上的义务。但随着现代国家对民事权利干预的加强，民法上也出现了一些公法上的义务。[5]《民法典》第九条规定，民事主体从事民事活动，应当有利于节约资源、保护生态环境。因此，所有权理论并不是以个人主义为本位，而是以团体主义为本位。根据特殊情况，国家可以对所有权施加限制，特别是尽管此种限制并未改变私人所有权的归属，但无疑使所有权在内容和行使方式上都受到了法律的诸多限制。[6]在我国，也有学者认为，对所有权而言，政府基于国家利益及社会公共利益的需要，可以对民事权利的行使进行征收、征用以外的其他必要的限制。[7]司法实践中，在德国，征收不仅包括财产的剥夺，而且包括财产限制。[8]但在我国，《物权法》《民法典》均没有对财产权的行使设置限制的规定。由于没有明确的私法上的财产权限制的法律依据，仅根据《民法典》第九条的一般性规定，能否认定国家具备了私权利基础，可以对自然保护区范围内的集体所有土地及村民享有的土地使用权进行限制性环境管理？(www.xing528.com)
当然，没有具体的法律规定也不能概然地认为国家的强制环境管理没有正当性基础，我们可以借鉴英美法系的公共信托原则。自20世纪70年代以来，公共信托原则在美国，特别是在判例法及其注释中得到了广泛的应用。早期的公共信托原则与环境保护并无直接联系。但其理论内核后来被环境保护主义者和环境法学家移植于环境保护法领域，成为环境法的一项重要原则。[9]1970年，萨克森教授提出了“环境公共信托论”，认为，环境资源就其自然属性和人类社会的极端重要性而言，应该是全体公民的公共财产。为了合理支配和保护这种共有财产，共有人委托国家来管理。[10]并且，国家接受委托进行管理的自然资源的范围不断扩张。在美国阿拉斯加，自然资源的范围相当广泛，至少包括：野生生物及其栖息地；州所有的全部土地；可航或公共水域的娱乐利用或风景资源等。[11]根据《自然保护区条例》，我国建立自然保护区主要是为了保护有代表性的自然生态系统、珍稀濒危野生动植物物种的天然集中分布区、有特殊意义的自然遗迹等。这些自然资源由于其代表性、珍稀性、特殊性，是国家全体公民的共同宝贵财产，借鉴美国环境公共信托理论，国家基于全体人民的共同委托，从而获得人民授权对这些自然资源进行管理。然而，这项美国普通法上的原则虽使国家对自然保护区划定范围内的林地、草地、湿地、水域等区域具有了管理权，但因此也带来了更大的公平问题：自然保护区范围内的社区居民由于生态保护所造成的土地使用权限制，应否得到合理补偿？
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