博物馆从建馆之初就注重科普宣传和教育，积极开展各种科普教育活动，每年在春节、劳动节、端午节、火把节、中秋节、国庆节等节日开展特色惠民活动，在世界水日、世界地球日、科技活动周、全国防灾减灾日、国际博物馆日、国际生物多样性日、世界环境日、全国科普日、世界旅游日、世界土壤日等主题活动日，举行形式多样的科普宣教活动，并主动与环保、教育、旅游、科技、科协等相关部门联合举行科普联动活动，组织开展主题性、全民性、群众性、公益性的科普进社区、科普下乡、科普进校园等科普活动。
开馆至今，博物馆累计接待游客260万余人次，举行科普活动300余场，活动参与人数约110万余人次，发放科普宣传材料120万余份，赠送科普书籍1万余册，通过科普展览、科普活动、科普宣传等形式，让更多的群体和个人感受地质文化魅力，共建保护环境、珍爱地球信念。
因科普成效显著，博物馆2013—2015年连续3年在全国科普教育基地年度考核中被评为优秀，2014—2017年连续4年在科技活动周均获科技部政策法规与监督司授予的成效显著奖，2015—2016年连续2年获“云南省科普宣传效果显著先进单位”称号，2015年精心组织了云南省科技资源和科普场馆对外开放活动，成效显著。(www.xing528.com)
除日常科普工作开展，博物馆还不断深挖展品内涵，积极开发丰富而具有特色的研学课程和科普活动，如真人科普剧表演、小小考古家、未来玉雕师、发光探秘、拼图大作战、石情画境、恐龙“复活”夜等活动，得到了参与者的高度评价。博物馆自编自导自演的科普剧连续两年荣获全国科学表演大赛一等奖和二等奖，博物馆设计的科普研学活动多次入选全国科普教育基地优秀科普活动案例，各项活动也得到了参与者的高度评价，被评为“中国科普研学联盟优秀品牌”。
一直以来，博物馆不断开发优质、生动而有趣的科普教育资源，已建立起大众旅游、科学普及、研学实践三大科普教育工作体系，并配备了符合国家标准的展览系统、解说展示系统、游客接待系统和安全保障系统，成为广大游客，特别是喜爱地球科学的游客优先选择的文旅融合旅游目的地，以及青少年学生所喜爱的科普教育基地和研学旅游基地，为提升公众科学素质做出了应有贡献。
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