（一）研究对象的复杂性
临床科研的对象是患者，乃疾病之载体，患者除疾病本身特点之外，其自身的内外环境及人文情感、病理生理等等诸多因素表现迥异，形成了相当复杂的结构性状态，因此，传统的临床科研，由于缺乏科学的研究手段，只能做出颇为单纯的因果结论。例如对相对同质性的患者，应用某种药物治疗，有效率为70%，30%则无效，当进一步追问为什么同一疾病，应用同一药物治疗，有的有效、有的却无效呢？为什么即使在有效者中，彼此间仍有差别呢，原因在哪里呢？如果试验药物真有价值的话，最佳的适应证人群是哪些患者呢？……诸如这类问题通常在文献中难有答案，这是因为研究本身将复杂的状况简单化了。
（二）疾病病程的复杂性
当代临床科研，十分强调疾病的预防，早诊断、早治疗，如何能在疾病自然病程的早期阶段，即生物学反应期（分子、细胞、组织水平）或临床早期（有病理损伤而无临床症候）予以早期精确诊断，这是临床科研面临的挑战性问题。已出现临床症状的中期、晚期阶段，则是临床常见的患者，现在的临床科研需要解决的恰恰是这些复杂的临床问题。(www.xing528.com)
（三）研究资源及可持续性的保证
开展临床科研所需人、财、物花费巨大，要有“咬定青山不放松”的毅力和打持久战的准备，特别是对某一重大疾病的有效防治，要取得原创性的重大成果，是要付出毕生的心血和努力，即便如此，也不一定就能成功。例如，国外于20世纪60年代开始，陆续有个案报道用颈内动脉狭窄斑块切除术治疗脑卒中患者成功的案例，但后续开展的临床科研以失败而告终；20世纪70年代又开展颈外-颈内动脉搭桥术的随机对照试验，证明搭桥术并不优于内科非手术治疗；继之开展的微创剥离斑块术式与药物对照研究也未显示组间差异有统计学意义；直到现在对“介入性支架疗效的研究与评价”这个问题历经几代人、半个多世纪的攻关，至今仍未有定论。因此，要开展有重大意义的临床科研，一定要有充足的资源保证：①研究人才资源的保证，重大临床科研不是3～5年就可以完成的，要视情况作相应长期规划，故领衔人物及关键执行者，应作好梯队建设的人力资源保障；②经济与研究资源的保证，这是研究实施的物质基础；③研究人员时间保证，应确保足够的研究时间。
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