司法协助中的主管机关，是指根据条约或国内法规定有权向外国提出司法协助请求并有权执行外国提出的司法协助请求的机关。
一般而言，各国通过国际民事司法协助程序完成的都是司法行为，因而各国的主管机关主要也是司法机关。[9]但由于各国国情和司法制度的差异，有些国家除了司法机关外，其他机关或人员也可以执行外国提出的司法协助请求。例如，在比利时等国，有关送达文书的请求，通常由司法执达员完成，而司法执达员只是司法助理人员，其地位跟律师相似，显然不属于司法机关或司法机关工作人员。又如，在波兰，对于民商事案件，除了法院是主管机关外，公证处也有权处理数额不大的财产纠纷以及关于遗嘱有效性方面的纠纷。在我国，对于民商事案件均由人民法院管辖，司法执行人员也属于法院工作人员，因此，在（民事）司法协助方面我国的主管机关是法院。
鉴于各国对主管机关认识的差异，我国跟外国缔结的司法协助条约中，有些对主管机关作了专门规定。这可分为二种情形：其一是我国跟比利时缔结的司法协助协定所采用的，即在条文中分别规定缔约双方的主管机关。依该协定第三条第二款的规定，主管机关，在中国方面是指司法机关，在比利时方面是指司法机关和司法执达员。其二是我国跟蒙古缔结的司法协助条约所采用的那种对主管机关只作不完全列举。依《中蒙条约》第二条第二款的规定，主管机关是指法院、检察院和其他主管民事或刑事案件的机关。至于具体哪些机关是两国的其他主管民事的机关，则依缔约双方的国内法去确定。
【典型案例8-4】(www.xing528.com)
宁波凯越国际贸易有限公司诉天津华丰货运代理有限责任公司上海分公司等海上货物运输合同纠纷案
（上海海事法院〔2009〕沪海法商初字第372号）
本案的争议焦点在于华丰公司是否实施了无单放货行为。华丰公司就此提供了涉案货物仍在俄罗斯海关监管仓库内的公证文书。根据《中华人民共和国和俄罗斯联邦关于民事和刑事司法协助的条约》第二十九条第一款规定，缔约一方法院或其他主管机关制作或证明的文书，只要经过签署和正式盖章即为有效，就可在缔约另一方法院或其他主管机关使用，无须认证。据此，华丰公司提供的俄罗斯海关监管仓库签署和盖章，并经俄罗斯公证机构公证的证明文书能够证明涉案货物仍在俄罗斯海关监管仓库内，华丰公司并未实施无单放货的行为，故对原告要求华丰公司承担无单放货赔偿责任的诉讼请求不予支持。
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