2002年《水法》虽然明确了水利部门对水资源进行统一管理的权限，但是部门之间矛盾依然存在。在一定的时间、在特定的流域，人们获得可用水资源的数量是一定的，如果流域内水资源利用过度，可能造成取水成本的负外部性。这也就是说，如果一个水权权利人增加取水量将会影响到其他水权权利人的利益，从而提高了取水的单位成本，例如在流域的上下游之间，上游的取用更多的水量必然对下游的取水利益造成不利影响。
流域水资源配置中这种负外部性是造成水资源危机的一个重要原因。从本质而言，流域水资源配置负外部性可以说是一场公共管理体系的危机，这个体系决定了哪些人、在什么时候、通过何种方式、能够得到什么样的水，并决定哪些人有权得到水资源以及相关的服务。由于在水资源配置过程中，水资源的价值没有得到充分的体现，流域区域的政府对其所辖流域的水资源配置的负外部性放松管理的地方保护主义，使得该区域取水行为出现“搭便车”、“拥挤效应”以及“过度使用”等问题。这些情况往往严重破坏了水资源环境，并引起跨界的纠纷。例如，长江流域涉及我国19个省、直辖市和自治区，加上即将建成的南水北调中线和东线工程，长江流域水资源管理涉及20多个省、直辖市和自治区，在协调长江流域防洪、水资源开发利用、河道利用、水资源和水生态系统保护与地方政府经济社会发展关系不仅事物繁杂，而且矛盾突出；不仅技术要求高，而且协调和管理难度大，目前长江流域综合管理虽然取得了长足的进展，但离全面实现流域综合管理的要求还有相当大的差距。为了减少该外部性，流域间的政府横向协调机制的建立是有效的途径之一，但是我国在目前水资源管理制度中还没有建立。
从目前我国水资源管理制度的立法与实践来看，水资源配置机制还存在单一性问题。一般而言，水资源配置有三种形式，即行政配置、市场配置和自主配置。就我国现状来看，行政配置机制依然占有绝对的主导地位，虽然市场机制在实践中已经对水资源进行配置，但由于法律制度的相对滞后，其他两种配置机制的作用很少或者没有发挥作用。(www.xing528.com)
水资源具有公共物品属性是对其进行行政配置的原因之一。固然行政配置在水资源分配中具有一定的优势，有其合理性，但我国长期以来对于水资源行政配置已经形成一定的惯性，影响也极为深刻和深远，导致包括水资源在内的自然资源权属不分、主体不明、权属不稳的状态。在法律的表现，就是只有对自然资源的开发、利用、保护和分配的公法调整，没有对自然资源开发的私法调整，更不注意发挥第三种调整机制的作用。[10]
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