由于两淮地区的水系发达、地形复杂等，南宋在两淮地区的防御主要是以水军为中心的多兵种的联合防御。在缺少战马、没有强大的骑兵的情况下，南宋水军的强大战斗力、灵活机动性是南宋军队取得防御胜利的一大利器。南宋之所以把行都放在位于江海之滨的杭州，正是依赖于水军的强大。历史证明，南宋水军的贡献确实不小，在对金、对蒙古（元）的战争中战绩彪炳。如金兀术十万骑兵在黄天荡被韩世忠的八千水军堵截了49天，好不容易受人指点挖河引水突围北去后，心有余悸之余，看到南人“行船如驾马”，只得望洋兴叹。建炎初年，张守强调南宋军队应重视水军的优势，尽量避免与金军陆战。
又况敌人长技惟恃鞍马，彼舍鞍马从舟楫，已非所利。我以舟师御之，则以我所易攻彼所难，击于上流，诚为至计，若庐、寿、光、楚、泅、薪、黄、舒、和不能防遏，或不幸而渡江，则亦当急击于中流，使不得济。若其及岸，则势力十倍矣[91]。
到南宋中期，南宋水陆联合作战战术的运用已经非常纯熟。在宋开禧二年，金泰和六年（1206），纥石烈执中兵出清河口，南宋的防御布置就是“以步骑万余列南岸，战舰百艘拒上流”。在此等防御力度之下，金兵也是一筹莫展，“相持累日”。最后是纥石烈执中声东击西，以骑兵自下流渡淮，才打败南宋防淮军队，进围楚州[92]。然而经过清河口的战斗，金兵已经是强弩之末，“金围楚州已三月，列屯六十余里”[93]，已不能像以往一般轻松攻破楚州城。(www.xing528.com)
南宋两淮水军的地位和防守作用十分之显著，除了协同作战，还有攻击敌后，北面捣虚及输送兵员、物资的作用。比如绍兴二十九年，在宋金战事爆发前，李宗闵上书所献三策中，第二策就是募新军，据江淮，并以水军攻敌后。他说：“（金）且空国而与人战，兵家所深忌……别以陈敏所招数万人，兴战船，取海道，不旬日可至山东，径入燕山，捣其巢穴，此所谓攻其所必救者。”[94]而后绍兴三十一年海陵王大举南下时，李宝率领的北上偷袭的水军，于十月二十七日顺风纵火，焚战船600艘，使得金水军全军覆灭[95]。淳祐四年（1244），宋和蒙古之间的寿春争夺战中，宋军吕文德部经长江、运河到淮水而突破蒙古军截击，进入寿春城内救援，就是水军为主，水陆军协同的多军种联合作战的典型战例[96]。宋理宗淳祐八年（1248），蒙古军进围淮河北岸的泗州城（今江苏盱眙县东北）。当时督视江淮的赵蔡在得知蒙古军步兵多为山东人后，遣水军沿海道北上，袭击山东胶州（今山东胶县）和高密县（今山东高密），有效地牵制了侵淮之师，这成为了当年蒙古撤军的主要原因之一[97]。
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