1.档案管理工作者的素质不能满足信息技术情况下档案管理的需求
在信息技术情况下，医院档案的管理形式发生了改变，应用的档案管理信息系统比较烦琐，要使档案处理得更迅速更精确，对档案管理管理工作者的要求也增强了。然而，医院档案管理工作者的知识未得到更新，培训力度也缺乏，档案管理工作的队伍有许多问题，如专业技能老化、知识结构不适宜、缺乏高层次的档案专业人士等，使得档案管理工作者的素质不能满足信息技术基础下档案管理的需求，档案管理仍然滞留在简化的信息输入、查询和提供运用上，与医院档案管理信息化的建设理念有很大差距。
2.医院电子档案的最初性很难判断与确认
在原有的医院档案管理形式下，档案是用文字的形式写在纸质介质上来储存，人们可以较容易地经过笔迹、字体、印迹、印章以及纸张对档案的最初性来判断与分析。但在信息技术情况下，档案的作者难以留下本人的笔迹，大部分档案是用电子形式储存在磁盘上，是一种较虚的档案，没有能辨别的迹象，使得使用者比较困难对其最初性采取判断与分析，档案的最初性与真实性也受到很大影响。
3.医院电子档案的隐秘性受到危害
在信息技术情况下，医院电子档案全是以电子数据的方式储存在信息系统中。而信息系统当中的数据较容易由于人为的错误、硬件或软件损坏、不法分子蓄谋的欺诈行为等技术性错误与水灾、火灾等自然灾害受到损伤。然而医院档案涉及医患的隐秘性，对保密的要求很高。信息技术在医院档案管理中的频繁应用对需要保密的档案和一定时间内禁止提供使用的档案的管理提出了很大的挑战。
4.医院电子档案容易失去
信息技术在医院档案管理中普遍利用，大部分电子档案文件结构烦琐，储存形式多种多样，信息容易损失，而且处在流动的状态。如果受到网络的袭击，病毒感染，极有可能导致网络瘫痪，电子档案文件有可能就会瞬间失去，很难找回或者找回来的成本较高，因而给医院造成难以补救的损失。
（二）优化医院档案信息化建设(www.xing528.com)
1.提高设施的安全性，保证电子档案的安全性
之前说到电子档案在网络传送当中存有一些安全危险性，所以，要看重这个过程，要有目的地增强档案存储设施的安全性，办法有：对有关软硬件采取检查、升级、更新、维护，要规定时间对相关设备和网络服务期检测、清除和维护，要以此为责任安排网络安全监督人员，定时对入档的电子文件，尤其是重要的电子文件实行备份和更新，还要增强数字签名、身份验证、网络防火墙等，运用这些办法来提高设施的安全性，最大限度地保证电子档案在传送、存储、运用操作当中的隐秘性、连续性、发展性、安全性。
2.健全相关规章体制，规划电子档案操作程序
在使用信息技术对详细的电子档案进行管理当中，要把实际情况作为起点，采取适合、科学的管理制度，如归档制度，电子文件隐秘制度、用户身份确认制度等，最大限度地扩展电子档案管理中的安全范围。在实际的工作当中，应建设一个比较规范的电子档案管理体制和操作准则，要求让各部门的处理方法、存储格式取得一致，对运用、管理、收集等各个步骤的准则进行健全和规范，最大限度地避免在变换过程中，因为兼并性的问题造成电子文件被损坏，减少在实际操作当中出现错误，而且要保证检索过程与电子文件制作中和电子档案管理能很快同步。
3.运用信息技术逐步推进，完成电子档案的信息化建设
要落实从实际出发的方针，在医院给出总体规划基础下，制定出与要求相符的分期方案。注重电子档案管理一定看重的环节，则是安全性与特别性，进而建设系统平台，制定科学、合理的管理方式。要把电子档案的数据累积起来，在这个步骤中，我们需要长久坚持，要明白这不是一天两天就能做完的工作。所以，只能从实际开始，依据医院已有的资源，使之充分运用，来把阶段性指标加以明了。对现在医院电子档案管理信息化的状况解析，一定要逐步推进，完成电子档案信息化的管理。最后要增强该方面的思想方面和技能的训练，进而具备准确的电子档案信息服务观念。
4.增强技能训练，提高电子档案管理人员的整体素质
医院要着重组织或构建一支专业化的电子档案管理队伍，在选择有关管理人员时，要选择责任心强、作风正派、政治上可信的人，同时要偏重于对电子档案管理者的专业训练，定时组织学习业务知识，尽量使工作人员的管理知识得以提高，很好地掌握怎样收集、分辨归档材料、整合、装订档案的技巧，明白怎样把电子档案管理好。要想把新时期的电子档案管理工作做好，就要刻苦学习现代信息技术，很好地做完医院电子档案管理工作。[3]
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