毋庸讳言，医院的中心工作是医疗，在医院的管理工作中重视医疗而轻视档案的观念较为普遍。目前在国内的医院中，计算机应用已经成为不可缺少的一部分，从最简单的管理信息系统和财务系统到完善的医院信息系统、影像存档和通信系统、放射科信息系统、实验室信息系统以及局域网管理、办公自动化等，都已开始在医院实施和运行。但一些领导还是不能充分认识档案信息化建设的作用和迫切性，致使在医院的信息化建设中未将档案信息化建设纳入同步考虑和同步实施。
目前，档案管理软件的开发速度和水平明显落后于计算机硬件技术的发展，尤其是医院档案管理软件方面更为欠缺。多年来，单版机计算机档案管理在各医院档案综合管理中发挥了不可磨灭的作用，改变了传统的手工登记、著录、汇编、检索等，在档案的利用上使检索的途径多种化，便于查找和利用，实现了档案管理上质的飞跃。然而，随着档案的快速增长和对档案信息利用需求的增加，单版机计算机档案管理，已不适应形势的发展，与医院的信息系统无法连接，缺乏可兼容性和可扩张性，急需升级更新。
（三）档案管理标准化程度低
档案管理标准化是保证归档信息有效利用的关键。标准化程度低影响了医院档案信息化建设的进程，造成了低水平的重复建设；从现在阶段来说，医院收费系统统计系统、病历病案系统、检验系统、影像检查系统等部门系统不完全一致，规格不一，不能通用，也与档案管理系统存在着接口、存贮档案数据方式不同和无法交换等问题，档案信息资源无法实现共享。在各医院的信息网络建设中，档案信息系统和网络建设各行其是，层次不一，规范性、开发性、服务性、共享性较差。没有统一的规范和标准，医院内部的数据分析不能够统一，不能实现档案信息共享的要求，就谈不上是档案信息化管理。(www.xing528.com)
1.医院档案管理格局混乱
目前，医院档案管理是一个多部门管理档案的格局。比如医院的综合档案室一般只管理文书档案、科技档案、财务档案等，隶属行政办公室管理，而医疗文书档案、各种检查影像等又分属其他医务部门管理。管理部门采用的工作方式、管理方式不同，在管理职责上也不明确，也没有纳入医院的综合目标管理考核，这样多头管理，各有政策，造成了管理标准化的困难。
2.档案专业人员整体素质有待提高
目前医院现有的档案专业人员，一方面是知识结构单一，尤其是计算机网络技术的应用能力较低，知识面窄；另一方面是缺乏专职的档案信息管理人员，现有人员工作不安心，主动性和创新性不够，不适合现代化的档案管理要求。档案人员除了要有档案专业知识外，还必须具备良好的计算机运用操作能力和网络知识，只有这样才能更好地服务。[2]
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