与欧美的做法不同，中国的公共执行将权限按照涉案行为类型分配给三个机构：商务部（负责合并控制）、国家工商行政管理总局（简称“工商总局”，负责不涉及价格的限制竞争行为）以及国家发展与改革委员会（简称“发改委”，负责涉及价格的限制竞争行为）。其中，商务部的权限是较为明确的，而工商总局与发改委之间的权限则存在交叉和重叠。
在几个政府部门都有权制止限制竞争行为的情况下，它们之间即便不存在管辖权的冲突，实践中有时也很难操作。例如，一个占市场支配地位的企业同时有操纵价格和强制交易行为，前一个行为应由发改委管，后一个行为应由工商总局管。“在这种情况下，即便两个部门没有法定管辖权的冲突，两班人马处理同一个企业的违法行为也明显存在执法资源配置不当的问题。”[23]
以目前互联网行业的垄断问题而论，大多涉及非价格竞争，表现为典型的排他行为，理论上应当是由工商总局负责执法。但是在互联网的双面市场中，许多滥用垄断地位可能涉及盘剥式高价，这种情况下不可能将一面市场从另一面割裂开来，同时也会造成重复调查的问题。出于近些年国家培育互联网创新的战略和产业政策的考虑[24]，目前对互联网尚无一例反垄断公共执行，但从各国的实践来看这个领域被纳入反垄断公共执行只是时间问题。
为了协调三头执法的问题，2008年又成立了国务院反垄断委员会，主要负责拟订相关政策、协调反垄断行动。反垄断委员会办公设在商务部反垄断局，与其合署办公，至今只发布过一项指南，未见明显的作用。另一方面，三个执法机构（反垄断执法具体部门）的行政级别都是司局级，而一些具有垄断地位的大央企都是部级，反垄断对调查大型国企明显力不从心，更遑论破除行政垄断。
在《反垄断法》实施之初，商务部是最活跃的执法者，因为立法要求达到门槛的并购大案必须事前向商务部申报。商务部不仅受理案件数多，而且发布的指导意见和配套性法规数量也多。但是，在最近三五年，发改委进行价格反垄断调查的频率明显提高，涉及的行业面也非常广。相形之下，工商总局在制订和发布部门规章和指南上比较勤力，但依《反垄断法》实际调查案件数较少。
截至2014年8月，在《反垄断法》实施的6年里，商务部共立案945件，审结875件，后3年年均审结210件左右。6年里，商务部无条件批准849件案件，约占全部审结案件的97%；附条件批准24件，禁止2件，两者加起来约占全部审结案件的3%，这个比例和其他司法辖区反垄断执法机构附条件和禁止案件的比例大体一致。除了对经营者集中申报进行审查外，商务部还负责对未依法申报的经营者集中进行监管，并为此专门制定了配套立法和工作规则，依法查处未依法申报案件。商务部于2014年5月1日开始对查处的未依法申报案件的审查决定予以公开。[25]
同期，工商总局立案3件，授权省级工商局立案36件，共39件，其中外资案件只有2件（即由国家工商总局立案调查的微软、利乐涉嫌垄断案），仅占案件总数的5%，现已结案15件，中止调查1件。[26]作为对比，工商部门仍然把工作的重心放在对不正当竞争行为（包括仿冒、虚假宣传、商业贿赂、侵犯商业秘密、公用企业和依法具有独占地位经营者限制竞争等）、流通领域商品质量、无照经营、商标广告违法行为、侵害消费者权益等行为进行监管。2014年上半年，工商部门全系统共查处相关违法行为28.2万件，罚款和没收违法所得共计27.7亿元，与反垄断执法形成鲜明对比。[27]
而从2013年开始表现最为活跃的发改委，并没有对外公布执法情况。曾经有律师要求发改委公开自2008年8月1日反垄断法实施以来，收到的反垄断举报材料数量、未立案调查的举报材料数量、立案调查的案件数量、作出反垄断处罚决定的案件数量、结案案件数量和正在反垄断调查的案件数量，但发改委以“此类信息属于加工汇总信息，发改委无此公开义务”回复。[28](www.xing528.com)
除了商务部必须公布其禁止经营者集中和对经营者集中附加限制性条件的决定外，发改委和工商总局并无义务公布其行政执法决定（虽然发改委有时会主动在媒体上曝光其行动，但不涉及详情）。在提高透明度方面，商务部虽然先行一步，但从公布的内容来说大多十分简单，几乎不可能成为民事诉讼可援引的证据。而发改委零星公布的一些决定，也大多数是情况说明，并没有具体的理由和调查依据。相对应地，法院在提高透明度、公开裁判文书方面，这些年来的举措幅度更大。
具体来说，中国公共执法中必须解决的几大问题是：
（1）发改委与工商总局之间因历史原因形成的权限分割，在滥用垄断地位的案件中很难加以区分，有必要重新按标准厘清。建议按照美国的做法，发改委重点负责管制行业或重大战略行业的反垄断调查，而工商总局则负责一般民生行业的反垄断调查。考虑到工商总局的工作重心和人力配置，长远来看，宜将工商总局的反垄断执法权剥离出来并入商务部。[29]
（2）明确规定反垄断执法部门与行业主管部门、央企主管部门之间在调查中的独立与合作问题，保障反垄断执法的独立性和权威性。
（3）全面提高透明度，对收受的举报、并购前通报都应书面回复，对正式受理的案件具体事由都应公开，对处理结果更应书面公开（涉及企业商业秘密的除外）。反垄断主要涉及经济利益和竞争秩序，它应当是公开行动，而不是秘密调查。
（4）必须警惕公共执法过于强势的问题，加大司法审查的监督，进一步规范和理顺行政诉讼的范围和程序。
（5）加强对经营者的指导，通过联合公布指导文件引导市场竞争，而不是分散立法，在“滥用垄断地位”问题上尤其如此，不应也无法将价格垄断与非价格垄断区分开来。
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