在美国，反托拉斯法的执行程序（enforcement procedure）包括两方面：政府调查与法院程序。司法部（DOJ）与联邦贸易委员会（FTC）是主要的调查机关，拥有主动发起调查的权力，也接受私人的请求，或其他政府部门（如国会）的要求发起调查。在DOJ和FTC的调查过程中，它可以在调查对象或第三方自愿配合下工作，也可以通过两种强制的程序要求获得某项文件、书面答复或听证：传讯（subpoenas）和民事调查请求（civil investigation demands）。[17]
美国的反托拉斯公共执行是典型的双元体制，DOJ和FTC的权限有很大的重合，除了个别专属权限外。例如，依据《谢尔曼法》提起刑事诉讼的任务是由DOJ来承担的，因为DOJ一直承担检察官的角色；而FTC在执行《联邦贸易委员会法》方面有着排他的权力，此法还包括一些消费者保护和贸易救济的内容。但是，在反托拉斯问题上这两个机构的管辖权重合之处较大。例如，它们都有权执行《克莱顿法》。
为了减少摩擦，DOJ和FTC曾在1948年达成一个备忘录。即双方一致同意，在一方发动反托拉斯调查之前，需通告另一方，以避免管辖权的冲突或民事诉讼冲突。此外，这两个机构还设置了“联络官”，负责双方之间的沟通。这种沟通除了发生在一方对限制竞争案件的调查之前，也会发生在一方对某个行业的竞争环境进行调查之前。一方通告另一方之后，如果对方没有异议，那就是得到了对方的认可（clearance）。如果一方在没有得到对方认可的情况下就开始调查企业，在这种情况下，两个机构的矛盾就不可避免。如果出现了这种情况，根据备忘录，首先是由DOJ反托拉斯局一位副局长和FTC竞争局的局长进行协商。如果不能达成协议，便由反托拉斯局的局长和FTC主席出面协商。此外，反托拉斯局局长和FTC主席还定期举行会议，协调两个机构在执法中的问题。[18]
在实践中，两个机构在划分管辖权方面基本上按照约定俗成的标准，这个标准其实就是依据两个机构的专家各自偏重在不同领域的执法经验。一般来说，DOJ反托拉斯局负责处理计算机软件、金融服务、媒体和娱乐以及电信市场的竞争问题，FTC负责处理汽车和运输、计算机硬件、能源、医疗、药品制造和生物技术等领域的反竞争行为。[19]
一项调查可以在任何时候被中止或放弃（dropped），法院无权审查行政机构中止调查的决定。一项调查也可以在任何时候达成和解而结案。FTC作为独立的行政部门，可以经全体委员的多数投票自行同意一项和解协议；而DOJ作为检察执法机构，其达成的和解协议必须得到法院的同意。(www.xing528.com)
一项调查也可以引发诉讼。DOJ调查完成后须在联邦法院起诉，按联邦司法程序进行一审二审；FTC则有自己的行政法庭，对FTC决定不服的可以上诉至委员会，然后才能申诉至联邦上诉法院。需要注意的是，美国联邦制的双轨法院体系决定，适用联邦反托拉斯法的案件由联邦法院听审，州法院可以处理违反州反托拉斯法的案件。
值得一提的是，DOJ和FTC都向企业提供指导服务，DOJ该程序称为“商业评论程序（business review process）”；FTC称为“咨询建议程序（advisory opinion process）”。[20]在对计划中的某项行为的违法性感到不确定时，企业可以向DOJ或FTC提交书面请求，描述相关的行为和提供相应的文件和信息。DOJ或FTC只能对计划中的行为，而不是已经发生的行为提供指导，他们也可以拒绝提供指导。此类指导将对外公布，但并不具有约束力。不过实践中，DOJ和FTC都不太可能就某项已经遵照其指导意见开展的商业行为再进行反托拉斯调查。
美国的公共执行受经济学影响很大，芝加哥学派对FTC的影响、哈佛学派对DOJ的影响都可以从他们的执法风格上寻到痕迹。互联网滥用垄断地位的调查目前来看主要由FTC负责。近些年来对维护动态竞争、效率和本国创新优势的观点在FTC渐占上风，这也直接导致了许多关于互联网企业的调查被中止或和解，没有再发布行政决定或认定，因此也直接影响了跟进民事诉讼的开展。
相对于行政执法的宽松倾向，在司法裁判程序中，法院的态度有很大的分歧。不同的地方法院、巡回上诉法院对反托拉斯法的执行态度有很大差别。例如，在苹果电子书案中，主审的地方法院法官不仅完全驳回苹果的抗辩，判决4.5亿美元的民事赔偿，而且要求苹果在五年内不得与美国五大主要出版商签署新的电子书经销协议。此外还要求苹果聘请外部观察员，负责监控苹果的电子书商业策略不违反反垄断法，为期两年。这使得苹果深陷泥淖，电子书业务陷入停顿。
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