在2010年时，全球排名前几位的阅读器提供商Adobe在美国对苹果的App Store提出反垄断指控，针对它的全封闭的不兼容特点。在Adobe提出控诉后，美国联邦贸易委员与欧盟委员会都开始对苹果展开反垄断调查。之后苹果宣布放宽软件开发商厂商为iOS提供App的相关限制，这等于对Adobe Flash松绑，而Adobe也宣布恢复将flash移植到iOS相关工具的开发程序。苹果让步放宽限制的其实还有google voice相关App。随后美国和欧盟停止了此项调查。
2011年，苹果推出了App Store订阅服务，允许用户订阅应用商店内的杂志、报纸、视频及音乐等内容。价格和订阅期限由发行商来制定，支付处理则由苹果来执行，苹果将抽取营收的30%。苹果的规定并不禁止内容提供商在自己的网站上销售数字内容，但苹果规定的支付形式可在苹果应用商店内完成，使得内容提供商的支付系统失去了吸引力。此外苹果还要求内容提供商为应用商店制定的订阅价格必须和外部价格保持一致，以便于用户订阅。
这个订阅服务立即引起业界的强烈反响，苹果的抽成政策以及支付形式要求都被认为排除了内容提供商自身的系统和平台，是一种明显的滥用垄断地位行为。但是，在反垄断机构着手进行调查后，这样的垄断行为被认为很难定性。因为苹果当时在智能手机的市场份额不到20%，作为高端手机品牌，苹果一向以高利润低受众为营销方针。也有人提出，尽管苹果的受众人群比例小，但应计算其占据高端消费的市场份额，因为这些消费者愿为收费软件付费，所以苹果的影响力实际上在这部分人群中是很大的。
之后，美国加州的7位消费者提起了针对苹果的应用垄断的民事诉讼。原告代理律师认为，苹果的iSO系统是全封闭不兼容的，iPhone用户无法从其他地方，只能从苹果应用商店购买相关应用，如iPhone版《愤怒的小鸟》，苹果应用商店往往定价过高。苹果则反驳道，应用软件的价格是由应用开发商自行定价，用户自行决定是否购买，苹果没有干涉，只是从应用开发商利用苹果平台的销售收入中提成。苹果不认为存在违反反垄断法的行为。美国加州奥克兰地方法院法官伊温妮·罗杰斯（Yvonne Gonzalez Rogers）判定，苹果向应用开发商收取的提成，可能转嫁至用户，但并不是直接向用户收取，用户不具有反垄断法上的原告资格，因此驳回了原告的诉讼请求。[111]
另一起持续十年针对苹果应用的案件是对iTunes的反垄断诉讼。该诉讼案的原告方是在2006年到2009年间购买了iPod的个人和企业用户，指控苹果公司滥用垄断地位排除竞争对手，要求赔偿约3.5亿美元。[112]原告方指称，苹果公司当时受到RealPlayer开发商Real Networks的竞争压力，RealPlayer作为在线音乐播放软件是兼容的，可以在iPod及其他音乐播放器上播放歌曲。为了排除RealPlayer的竞争，苹果公司以保护知识产权为由，进行了软件更新，限制了iPod只能播放通过iTunes购买或下载的音乐。[113](https://www.xing528.com)
这是一起集体诉讼，涉及版本较老的iPod。它们只能播放iTunes Store销售的音乐，以及从CD上导出的音乐，无法播放从对手的商店购买的音乐。作为原告的消费者称，苹果违反了反垄断法，因为为了保留购买的音乐，人们不得不一直使用iPod，购买价格较高的iPod产品，而非更便宜的其他音乐播放器。[114]苹果公司则予以反驳，提出这种软件更新是为了改善用户体验，其中包含了许多新的功能改进，如下载音乐自动同步等。
2014年12月，北加州第九地方法院对此案作出判决。陪审团一致认定，苹果在案件所涉期间，通过iTunes版权保护机制（FairPlay）限制了iPod用户使用第三方音乐同步软件的行为，并不适用美国《谢尔曼反托拉斯法》，因为一款对正规产品的改进并不能被认为是反竞争的，即使这种改进可能会损及竞争对手。“一家公司没有法律义务去帮助竞争对手，这包括了要保证产品的可互操作性、向竞争对手授权或共享信息等。”北加州第九地方法庭法官伊万（Yvonne Gonzalez Rogers）如此表示。[115]
但苹果并不能就此高枕无忧。2015年5月，Spotify和其他数字音乐流媒体服务商，指控苹果利用对iOS内容服务商“抽成三成”的手段，给予自家产品竞争优势，打击对手。据之前报道，由于在流媒体市场远远落后，苹果计划采取一些非常规的手段追赶对手，包括将包月费从行业统一的10美元降低到8美元等。美国彭博社也报道称，美国联邦公平贸易委员会（ITC）已经对苹果公司和音乐行业在流媒体业务上的版权谈判展开了调查。[116]
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