（一）司法院及其所属中央司法机关
1.司法院。依据1928年10月公布的《中华民国政府组织法》和《司法院组织法》，司法院于1928年11月6日在南京成立。在南京国民政府的司法体制中，司法院是最高司法机关，其下分别设有最高法院、行政法院及公务员惩戒委员会、司法行政部和大法官会议（1947年设立）等机构，分别掌握民事刑事审判、行政审判、公务员惩戒、司法行政和统一解释法律命令等职权。
2.最高法院。最高法院是全国最高的普通审判机关，执掌民刑诉讼案件的最高审判权。1927年，南京国民政府成立后，改原大理院为最高法院，设立于南京。最高法院分设民事庭和刑事庭，根据审判事务需要，民事庭、刑事庭分为数个审判厅，管辖一审终审案件及高等法院上诉案件。根据1929年10月公布的《司法院组织法》，以前由大理院掌握的统一解释法律命令的职权转归司法院行使，解释法律的程序是由最高法院院长及各庭庭长先行共同拟具解答，然后经司法院院长复核后，以司法院的名义公布。
3.行政法院。行政法院负责行政诉讼案件的审判。根据1932年11月公布的《行政法院组织法》，1933年6月设立行政法院。根据《行政诉讼法》，行政法院行使行政审判职权，实行一审终审制。
4.公务员惩戒委员会。公务员惩戒委员会负责对文官、法官等官员违法行为的惩戒。根据1931年6月公布的《公务员惩戒委员会组织法》，公务员惩戒委员会分别设立于中央和各省，前者负责全国高级公务员的违法惩戒事宜，后者负责地方中级以下公务员的违法处理。在公务员惩戒委员会之外，由国民政府委员组成政务官惩戒委员会，负责惩戒政务官违法失职行为。根据1948年4月修正公布的《公务员惩戒委员会组织法》，在司法院之下设立统一的公务员惩戒委员会，不再区分政务官与事务官，也不分中央与地方，由该委员会全面管辖公务员的惩戒事务。
5.司法行政部。南京国民政府成立后，延续民国北京政府的名称，在1927年设司法部。在司法院成立后，为与其在名称上相区别，故改名为“司法行政部”，直接隶属于司法院。依据《司法行政部组织法》，司法行政部负责司法人员训练、司法监督、司法保护、监所管理等司法行政事务。1943年1月，司法行政部脱离司法院管辖，划入行政院系统。
6.大法官会议。大法院会议设立于1947年，专门负责解释包括宪法在内的各种法律命令，保障各执法机关统一适用法律。解释法律命令原先由司法院院长召集最高法院院长及各庭庭长议决，后依据1947年修订公布的《司法院组织法》，该项职权由大法官会议承担。根据该法第3条的规定，司法院置大法官会议，由司法院院长和十六名大法官组成，负责解释宪法并统一解释法律命令。大法官会议，以司法院院长为主席。
（二）地方司法机关(www.xing528.com)
1927年南京国民政府成立后，曾长期沿袭民国北京政府时期的普通司法机关体制，继续采用四级三审制。1935年，新《法院组织法》实施后，改为三级三审制，中央设最高法院，地方各省或特别区设高等法院，基层的县或市设地方法院。
南京国民政府实行三级三审制后，规定地方分别设立高等法院和地方法院。但由于地方财政拮据，司法人才短缺，司法规划难以施行，因此，全国多数县一级的地方法院并未建立，而是由县司法处兼理司法事务。1936年4月以后，国民政府先后公布《县司法处组织条例》《县司法处办理诉讼补充条例》《县司法处刑事案件复判条例》等法规，对司法处进行了规范。县司法处设在县政府内，由审判官负责民刑案件的审判职能，县长兼掌检察职能。据统计，至1947年，全国设立的地方法院只有七百八十二所，占全国县市总数的五分之二左右，多数县仍是以县司法处兼理司法事务。
（三）特殊司法机关
在普通司法机关之外，南京国民政府还设立特殊司法机关，负责特别案件的司法审判。
1.军事审判机关。军人违法犯罪案件由军事审判机关处理。但南京国民政府颁行的一系列刑事特别法，如《惩治盗匪条例》《戡乱时期危害国家紧急治罪条例》《戒严法》等，军事审判机关可优先处理战区内的刑事案件，也可据军事需要接管战区内的一切民刑案件，特别是政治性案件。
2.特种刑事法庭。南京国民政府将危害民国或威胁其统治的案件作为特别刑事案件，由特种刑事法庭采用特别审判程序进行审理。依据1927年12月颁布的《特种刑事临时法庭组织条例》，特种刑事临时法庭分为中央和地方两级。1928年裁撤后，所辖案件改由军法机关审理。1948年4月，南京国民政府颁布《特种刑事法庭组织条例》，重新恢复特种刑事法庭，负责审理“戡乱时期危害国家的犯罪”。组织体系上，在南京设立中央特种刑事法庭，隶属于司法院。在地方，由行政院指定地点设立高等特种刑事法庭，与普通高等法院的审级地位相等。
3.行使司法权的特务机关。南京国民政府设立“国民党中央执行委员会调查统计局”（即“中统”）和“国民政府军事委员会调查统计局”（即“军统”）两大特务机关。它们根据国民党专制统治的需要，行使包括暗杀、军事镇压等特别权力。
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