（一）中央行政机构
蒙古国时期，实行军政合一的建制。元世祖建元后，元朝采用行政、军事、监察和宗教分立之制，设置中书省、枢密院、御史台和宣政院等机构各司其职。
1.中书省。中书省是元朝设在中央的最高行政机关。元初，世祖曾试图继续采取唐宋的三省制，汉族官僚高鸣谏阻道：“方今天下大于古，而事益繁，取决一省，犹曰有壅，况三省乎！且多置官者，求免失政也，但使贤俊萃于一堂，连署参决，自免失政，岂必别官异坐，而后无失政乎！故曰：政贵得人，不贵多官。不如一省便。”[21]元世祖采纳了这一建议，以中书省一省代替三省。史称：“中书政本也，军国之务大小由之。”[22]元代中书省不仅权重，而且所设官员也比以往大为增加。中书省长官为中书令，中书令以下有左右丞相、平章政事、左右丞、参知政事等官职。为防止中书长官擅权独断，世祖以后不常设置中书令，即便设置也以皇太子兼领。在通常情况下，太子并不到职视事，因此丞相以下各官，实际担负着指挥政务的责任，统称宰相。中书省下设吏、户、礼、兵、刑、工六部，分管国家各种事务。其他从属于六部的行政管理机关基本上沿袭唐制，只略作增减而已。
2.枢密院。枢密院掌军事，是元朝设在中央的最高军事机关。但与宋不同的是，元朝的枢密院不再与中书省并列为“二府”，其地位低于中书省。蒙古贵族依靠武力建立政权统治，十分重视军事事务的管理。枢密院的长官枢密院使通常由皇太子兼领，其下设枢密副使、同知院事等官。有关布防、兵籍、军队调遣等军事机密，仅由皇帝与两三个亲近的蒙古贵族密议掌握。所谓“虽枢密近臣职专军旅者，惟长官一二人知之。故有国百年，而内外兵数之多寡，人莫有知之者”。[23]汉人即使在枢密院担任职务，也没有资格参与军机。
3.御史台。御史台是元朝最高监察机构，于至元五年（1268年）设置，职掌纠察百官善恶、政治得失，并负责纠劾百官奸邪贪贿、不称职者等贪赃枉法行为。御史台最高长官为御史大夫，副长官御史中丞，属官有侍御史、治书御史等，协助御史大夫治理一切监察事务。
4.宣政院。宣政院掌理全国佛教及吐蕃（西藏）地区军民政教事务，以国师（兼称帝师）总领，设同知、副使、佥院等官职。宣政院权势很大，遇重大军事，则须会同枢密院商定。
（二）地方行政机构
元代的地方行政机构分为行省、路、府、州、县各级以及宣慰司。
1.行省。全称行中书省，最初只是临时性的中央派出机构，由于它有利于加强中央集权，不久便演变成为常设的地方政府。行中书省设丞相，权力极大，“军国重事无不领之”，[24]因此，多由蒙古亲王、贵族充当，下置平章政事、左右丞、参知政事等官。行省制的建立，是元朝统治者在行政区划和政治制度上的创新，具有重要的历史价值。它创立以行省为枢纽，以中央集权为主，辅以部分地方分权的新体制，不仅对明清两朝省级政权机构的设立产生明显的影响，而且在客观上也促进全国各民族间的政治、经济和文化方面的交流。行省中，行中书省、行枢密院、行御史台是代表元朝中央分治地方的行政、军事、监察三大机关，它们的设置加强了元朝中央政府对地方的控制。元初设行省时，数量较少（六个），后又陆续增设。到文宗至顺元年（1330年）时，全国除中书省直辖的河北、漠南、山东、山西（史称“腹里”）等地和宣政院直辖的吐蕃外，共分十一个行省。另外，元代还在边疆地区专设四个行省管理少数民族事务。(www.xing528.com)
2.路、府、州、县。元行省下有路、府、州、县。路设总管府，以总管为长官；府设知府为长官；州设知州为长官；县设县尹为长官。四者分掌路、府、州、县各级行政。自路以下，元照例设蒙古管理官达鲁花赤一员。达鲁花赤与所在地方行政长官的品级相同，掌握印章和实权，实际上为地方政务的最高负责人。
3.宣慰司。宣慰司是设在边疆少数民族地区负责军民政务的机构，分统若干路、府、州、县，沟通中央与地方的军政关系。
4.地方基层组织。元代的基层组织实施以自然村落为基础结成的民间乡村组织——村社制，即在县以下建立村社、里甲等基层组织。五十家编为一社，社长通常由汉族地主、乡耆担任。社长的主要任务是管理居民、催收税役等。在社长以上，还有蒙古提点官对各种事务进行监督。为了加强军事监控，元代还派蒙古军队或探马赤军以与民共同编社的名义驻扎在社中。村社以下有里甲，二十家编为一甲，由蒙古人或者色目人担任甲主，甲主对居民有很大的权力，其衣食支出也依靠所属居民供给。
（三）行政监察制度
元朝的行政立法与行政管理制度中，行政监察制度较为发达，也独具特色。这主要是受元朝政权性质与政治体制的影响与制约。正如元世祖忽必烈所说：“中书朕左手，枢密朕右手，御史台是朕医两手的。此其重台之旨，历世遵其道不变。”[25]
御史台是元朝中央最高监察机关。元朝将御史台提高到与中书省并列的位置，御史台与中书省地位相同，互不统属，其长官御史大夫的官品，由二品提高到从一品。元朝还对御史台原有的三院制进行改革，御史台只设察院，台院的职权并入察院，殿院降为殿中司，置殿中侍御史二员。察院因台院的并入而一跃为御史台的主要组织。御史台之人多权重为历代罕有。这种三院制向一院制的过渡发展，体现了专制主义中央集权不仅需要行政权的高度统一，也十分需要监察权的一体化，以便于皇帝控制。另外，元朝废除唐末以来以审判活动为主要职责的大理寺，扩大刑部的司法权。原大理寺与刑部之间的监督、制衡权归御史台，这在客观上使御史台的司法监察权有较大的扩张。元朝法律规定，监察机关的职权是纠察百官、审理犯罪官吏及平反冤假错案，具体是指考察百官、监督司法、参与司法审判。
元朝将全国分为二十二道监察区，各设肃政廉访司（最初名为提刑按察使司）常驻地方，负责对地方各级官吏进行纠察、监督，以使他们恪尽职守。廉访司设置使、副使、佥使、经历等官员，职责重大而又广泛，据《元典章》记载，共有三十余种，主要是纠察地方官的违法作恶行为、政治过失以及分巡、按覆各路已结的案件。廉访司对所辖各路实行监察，称为“分巡”。“每年八月中分巡，至次年四月中还司。”[26]凡遇重刑要案，廉访司须当面复审查实，然后移交本路结案，申刑部待报。另外，肃政廉访司有权断决六品以下官吏所犯的轻罪。
由于监察机构任重权大，所以对监察官员的任用、考纠也就成为一项十分重要的工作。元朝御史大夫一职，“非国姓（蒙古贵族）不以授”。[27]通常情况下，一般汉族官吏连充当地方监察机关的书吏的资格都不具备。除了民族因素外，元朝监察官的选任还特别注重品德和才能。为防止监察官利用特权损害朝政，元朝还对监察官的行为规定严格的规范和奖惩手段。监察官吏一旦犯赃则加等断罪，虽不枉法也要被除名。
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