明朝灭亡之后，顾炎武和其他学者一样多方寻找原因。除了法制废弛之外，顾炎武还从政治制度和军事制度等方面寻找病因。与黄宗羲非常相似，顾炎武也认为根源是出在制度这里。因此，他写出《军制论》进行分析。在顾炎武看来，明末军制已完全崩坏，与明太祖的设想相去甚远。顾炎武对必要的变革表示赞同，但也反对胡乱作为，反对瞎折腾。在他看来，明朝的军制就是因为不必要的折腾而导致弊端丛生：“居不得不变之势，而犹讳其变之实，而姑守其不变之名，必至于大弊。”[100]
对于明初军制，顾炎武进行了回顾和总结：“二祖之制：京师设都督府五，卫七十二；畿甸设卫五十；各省设都指挥使司二十一，留守司二，卫百九十一，守御屯田群牧千户所二百十有一；边徼设宣慰安抚长官司九十五，番夷都司卫所百有七。以五千六百人为卫，千一百二十人为千户所，百十有二人为百户所，给军田，立屯堡，且耕且守。人受田五十亩，赋粮二十四石，半赡其人，半给官俸，及城操之军有儆，朝发夕至。若是，天下何病乎有兵，而又乌乎复立兵？”[101]在顾炎武眼中，如果能够始终按照明朝初期所设计的军制运行的话，则完全不用担心任何内忧外患。遗憾的是，随着“久安弛备，政圮伍虚”，从正统到正德，原有的军制逐渐颓坏，以至于“民兵不足用，募新兵倍其糈，以为长征之军，而兵再增，制再变”，并且“新募而民壮为无用之人”。[102]兵众虽多，竟然没有可用之人：“臣尝合天下卫所计之，兵不下二百万。国家有兵二百万，可以无敌，而曾不得一人之用；二百万人之田，不可谓不赡，而曾不得一升一合之用。”[103]兵员虽多，却最终断送大好江山，顾炎武的愤懑之情可以想见。
经过再三折腾，到了明朝末期，军制已与明太祖当初的设计理念完全背道而驰，所以才出现了不少问题：“今日之军制，可谓高皇帝之军制乎？其名然，其实变矣。而上下相与守之至于极，而因循不改，是岂创制之意哉？高皇帝云：‘吾养兵百万，不费民间一粒。’自今言之，费乎不费乎？百万之兵安在乎？而犹以为祖制则然，此所谓相蒙之说也。”[104]在这段话中，顾炎武连续使用了反问句式，对违背祖制的不当行为予以痛斥。事实上，在《军制论》中，他经常使用这一句式，对军制颓坏的愤慨之情溢于言表。因此，他致力于分析、探讨军制的沿革与得失。
在顾炎武的心目中，理想的军制为“寓兵于农”，而且只此一种。在他看来，所有将兵、农分开的军制，都是违背了古代圣贤的意志，都是不好的军制。顾炎武说：“尝考古《春秋》《周礼》寓兵于农之说，未尝不喟然太息，以为判兵与农而二之者，三代以下之通弊。”[105]他认为三代军制为“寓兵于农”，便将其视为最理想军制，如果与其稍有不合，则视之为有病之制。我们姑且不论这种观点的正确与否，顾炎武由此出发分析出明朝军制所存弊端，多少还有几分道理。在他看来，把兵与农分开，就等于让人有了双重身份，也就此多了一重职责，反倒会误事：什么都想做，什么都做不好。所以，顾炎武指出：“判军与兵而又二之者，则自国朝始。夫一民也，而分之以为农，又分之以为兵，是一农而一兵也，弗堪；一兵也，而分之以为军，又分之以为兵，是一农而二兵也，愈弗堪；一兵也，而分之以为卫兵，又分之以为民兵，又分之以为募兵，是一农而三兵也，又益弗堪。不亟变，势不至尽驱民为兵不止，尽驱民为兵，而国事将不忍言矣。”[106]
正所谓“英雄所见略同”，顾炎武所总结的明朝军制的变化情况，黄宗羲也曾经述及。简单地总结，就是“兵制三变”：由卫所制到募兵制，再由募兵制到屯兵制。顾炎武认为，这样来回变化，越来越导致兵与民的分离，弊端便随之而增多。在他看来，这种反复折腾，只会造成民众的负担不断加重，而且军队的战斗力非但没有得到增强，反而愈发下降。在他看来，只有进行一场彻底的变革，才能真正做到富民强兵，改变明军羸弱的局面。有感于此，顾炎武在《军制论》的最后再次大量使用反问句，表达自己的愤慨之情：“然则将尽卫所之军而兵之，官而将之乎？曰不能。抑将尽卫所之军而废之，田而夺之乎？曰不能。请于不变之中，而寓变之之制，因已变之势，而复创造之规。举尺籍而问之，无缺伍乎？缺者若干人？收其田，以新兵补之。大集伍而阅之，皆胜兵乎？不胜者免，收其田，以新兵补之……则物力乌得不诎？军政乌得不窳？又何以兆谋敌忾，成克复之勋哉？”[107]
顾炎武对于军制的探讨，包括其对明朝军制种种弊端的无情鞭挞，虽已无法挽救明王朝大厦既倾的命运，但这番思考也有积极意义，除了帮人们厘清明朝军制的演变历史之外，也分析比较了各种军制的优缺点，也向世人展示了其积极救世的儒者情怀。
众所周知，政制与军制密切相关。军制的颓坏也可以从政制的崩坏中找到原因。顾炎武在研究明代政治制度之后，将矛头指向郡县制。(www.xing528.com)
秦统一天下之后，改封建制为郡县制，而且被历代统治者所继承。但是，由于历时已久，郡县制日益呈现其弊端，到了明代末期更是达到顶点：“方今郡县之敝已极。”[108]这些弊端，也已带来非常严重的恶果：“民生之所以日贫，中国之所以日弱而益趋于乱也。”[109]对比封建制和郡县制，二者各有利弊。顾炎武指出，二者的区别在于：“封建之失，其专在下；郡县之失，其专在上。”[110]也就是说，封建制会造成诸侯坐大的局面，但是郡县制也会造成君主专制的局面出现。皇帝因为拥有至高无上的权力，会将天下视为其私有财产，加上监督机制的缺失，所以胡作非为。他对这种专制的恶果进行了总结：“今之君人者，尽四海之内为我郡县犹不足也，人人而疑之，事事而制之，科条文簿日多于一日，而又设之监司，设之督抚，以为如此，守令不得以残害其民矣。”[111]既然郡县制已经造成了如此严重的问题，那么必须进行变革。顾炎武不仅积极主张变革，而且也指出了变革的方法：“寓封建之意于郡县之中。”[112]也就是说，将郡县制和封建制结合在一起，这样便既可以杜绝藩镇割据的局面，也防止君主专制，避免权力过于集中。他还指出更为具体的方法为：“尊令长之秩，而予之以生财治人之权，罢监司之任，设世官之奖，行辟属之法。”[113]顾炎武相信，统治者如果采纳他的建议，就一定可以“厚民生，强国势”，继而实现“二千年以来之敝可以复振”的局面。[114]
除了“寓封建于郡县”之外，顾炎武还积极呼吁“复权于郡县”，也就是说，应将“辟官、莅政、理财、治军”[115]这四项大权归还给郡县。对于派出去担负军事任务的将帅，统治者也应给予充分信任，而不应派出所谓监军对其加以掣肘。顾炎武指出，通常情况下天子都会将所有的权力收归己有，所谓“执天下之大权”，又因为天下之大，“固非一人之所能操也”[116]，所以要移权于法，希望借助法令对权臣加以约束。但是，这些做法只能说是统治者的一厢情愿而已。高度集权和专制，可以制住那些大奸大恶之人，却也使得贤智之臣变得谨小慎微：“相与兢兢奉法，以求无过而已。”[117]所以，顾炎武大声疾呼：“而今日之尤无权者莫过于守令，守令无权而民之疾若不闻于上，安望其致太平而延国命乎！”[118]
对比以往的历史，尤其是唐宋之世，顾炎武指出“复权于郡县”的好处是：“兵虽不及于唐，义勇民丁，团结什伍，衣装弓弩，坐作击刺，各保乡里，敌至即发，而郡县固自兼领者也。”[119]与之形成鲜明对比的是，一旦守令手中无权，会造成“兵、农益分”的局面。遇到紧急情况发生，根本无法得到及时处置，遂有可能“坐至流亡”：“今则官以钱粮为重，不留赢余，常俸至不能自给，故多赃吏；兵则自近戍远，既为客军，尺籍伍符各有统帅，但知坐食郡县之租税，然已不复系守令事矣。夫辟官、莅政、理财、治军，郡县之四权也，而今皆不得以专之，是故上下之体统虽若相维而令不一，法令虽若可守而议不一。为守令者既不得其职，将欲议其法外之意，必且玩常习故，辟嫌碍例，而皆不足以有为。又况三时耕稼，一时讲武，不复古法之便易，而兵、农益分。遇岁一俭，郡县之租税悉不及额，军无见食，东那西挟，仓廪空虚，而郡县无复赢蓄以待用。或者水旱洊至，闾里萧然，农民菜色而郡县且不能以振救，而坐至流亡。是以言莅事而事权不在于郡县，言兴利而利权不在于郡县，言治兵而兵权不在于郡县，尚何以复论其富国裕民之道哉！”[120]在顾炎武看来，解决这一隐患的办法只有一条——“复四者之权一归于郡县”，如此则不仅是“守令必称其职”，而且也会达成“国可富，民可裕，而兵、农各得其业”[121]的局面。
赋予郡县太多的权力，会不会造成如唐朝末年那种藩镇割据的局面呢？顾炎武继续结合历史教训对此加以分析，总结认为“削藩”是“一得一失”。在顾炎武看来，“明代之患，大略与宋同”，那么分析削藩之得失也正好可将宋代作为切入点。[122]当初，宋太祖赵匡胤看到唐朝因为藩镇割据而灭亡，便以“杯酒释兵权”，致力于削藩。但是，削藩也给宋代带来了惨痛的代价。对此，宋人岳飞、文天祥已经有所总结，其中又以文天祥的分析更为精到：“本朝惩五季之乱，削除藩镇，一时虽足以矫尾大之弊，然国以浸弱，故敌至一州，则一州破；至一县，则一县残。今宜分境内为四镇，使其地大力众，足以抗敌，约日齐奋，有进无退。彼备多力分，疲于奔命，而吾民之豪杰者又伺间出于其中，则敌不难却也。”在文天祥看来，削藩固然可以除去藩镇割据的危险，但也造成边防衰败：“敌至一州，则一州破；至一县，则一县残。”[123]宋代也由此而国土逐渐沦丧，接连收到惨痛的教训。
《宋史》观点与之类似，有“削其兵柄，收其赋入”[124]之举，于是也被顾炎武所引用。因为这正好证明了顾炎武的认识：如果一味“削藩”，就会造成严重的边患，宋代的历史教训已足以为后人所借鉴。在《藩镇》一条中，顾炎武不停地引用前贤的分析和评论。除了岳飞、文天祥、王应麟之外，他也大量借鉴《宋史》《路史》等古代典籍的分析，由此而总结“削藩”所带来的危害有三：“城池堕圮，一也；兵仗不完，二也；军不服习，三也。”[125]这三种危害，无论哪一种都会给边防带来巨大隐患，所以充实边关、“复权郡县”，便显得尤为迫切。在他看来，如果明朝末年早点采取措施，就一定可以有效避免崇祯末年之患：“渐葺城壁，缮完甲胄，则郡国有御侮之备，长吏免剽掠之虞矣。”[126]
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